К тому времени, когда Федор скончался (27 апреля 1682 г.), отношения во дворце явно определились. Кружок Лихачевых и Языкова, царских любимцев, готовый к провозглашению царем Петра, успел заранее сблизиться с его родней Нарышкиными. Сторона Милославских оставалась в тени, готовая, конечно, к престолу и борьбе. В самый день кончины Федора с необыкновенной торопливостью последовало совещание бояр с патриархом, и на этом совещании было условлено воцарить Петра, но для виду передать дело собору. Собор был собран немедля, в тот же день, из случайных людей, даже не во дворце, а на площади у дворцового крыльца. После речи патриарха, с вопросом, кого собор избирает в цари, криками приготовленного большинства был провозглашен Петр; однако, в толпе были и такие, кто кричали за Ивана. Хотя во всей этой процедуре не было и тени законности, тем не менее бояре ею удовлетворились, и Петр стал царем. Так как при этом недееспособность Ивана ничем не была удостоверена, а форма избрания Петра была явно незакономерна, то для Милославских создалась возможность протеста и борьбы за попранные права царевича Ивана.
Этот момент поспешного и сомнительного в юридическом и моральном смысле избрания послужил завязкой той кровавой драмы, в которой Петру пришлось сыграть пассивную и тяжелую роль. Сторона Милославских сорганизовалась под руководством царевны Софьи Алексеевны и ее родственника боярина Ивана Михайловича Милославского. Софье было тогда не более 25 лет; но ее ум и энергия делали ее опасным противником. А Иван Михайлович был давний, на все готовый интриган. Не успело еще осмотреться новое правительство маленького царя Петра, в котором первенство принадлежало его матери царице Наталье, а главные роли ее дядьям и братьям, — как Милославские возмутили стрельцов. Стрельцы — московская гарнизонная пехота — давно, еще с 1648 года, заставляли задумываться московскую власть. Живя в особых «слободах» в Москве со своими семьями, промышляя и торгуя, стрельцы многими житейскими нитями были связаны с низшими слоями московского населения и легко увлекались вместе с ними во всякого рода «гиль», то есть в бунты. В знаменитых волнениях московского «мира» в июне 1648 года стрельцы принимали не малое участие; они открыли для бунтовавшей толпы Кремль и подступы ко дворцу и вместе с московским простонародьем громили и грабили боярские дворы. Тогда в первом припадке страха, царь Алексей потерял веру в преданность и верность стрелецкого войска и намеревался заменить его иностранной дворцовой стражей.
Мысль о такой страже из наемников долго бродила в дворцовых кругах, но в конце концов была оставлена. Царь Алексей произвел какой-то отбор в стрелецкой массе и выделил из нее особо надежные части, которые держал на своем царском коште. Такие отборные части составились первоначально из трех новых полков или «приказов» стрелецких, состоявших в ведении Тайного приказа под командой Полтева, Соловцева и знаменитого впоследствии А. С. Матвеева. Поздней количество таких «приказов» возросло. Новый подбор стрельцов был оправдан московской смутой 1662 года. Во время острых народных волнений этого года стрельцы остались верны присяге и по царского приказу «бунтовщиков имали и до смерти их побивали, а бояр побить им и домов разорять и грабить не дали». После этого благоволение царя к его новым стрельцам еще больше возросло. Других служеб служилые люди отмечали, что царь стрельцов балует, «дает им свое государево жалование многое», не в пример людям других служеб. По-видимому это было верно: царь Алексей уделял стрельцам очень много, даже слишком много внимания, ласки и подачек; он их избаловал, и современники справедливо начали сравнивать их с янычарами, привыкшими играть видную роль и сознавшими свое значение для дворца.
Вот эту-то «надворную пехоту» противники царя Петра, царицы Натальи и их родни и друзей двинули во дворец на правительство в мае 1682 года. Стрельцы шли в Кремль с привычной для них мыслью, что в них видят защитников и охранителей династии, что на них лежит обязанность защитить царскую семью, восстановить обиженных в их правах и покарать насильников. Им представили дело так, что старшая царская семья царевича Ивана угнетена Нарышкиными, а сам Иван пожалуй уже и не жив. Стрельцы, едва ли понимая, что они делают, избили до смерти многих бояр, свергли правительство Петра, провозгласили царем Ивана вместе с Петром и передали всю власть в руки царевны Софьи и ее друзей. Во время происходивших во дворце насилий и кровопролития маленький Петр дрожал за свою жизнь и видел своими глазами гибель своих близких и родных.