Со временем появлялось все больше примет усилившихся разногласий между Никоном и Алексеем. Как раз когда Макарий с Павлом покидали Москву, чтобы возвратиться в Антиохию, их догнал царский гонец с призывом вернуться. На обратном пути им повстречалась группа греческих купцов, которые рассказали, что в Страстную пятницу царь принародно поспорил с патриархом в церкви из-за какой-то мелочи в обряде. Алексей в гневе назвал патриарха «шутом гороховым», на что Никон резко отвечал: «Я твой духовный отец, как смеешь поносить меня?» «Не ты мой духовный отец, а святейший патриарх Антиохийский, и я пошлю людей воротить его», – парировал царь. Макарий вернулся в Москву и сумел на время их примирить.
Однако к лету 1658 года позиции Никона серьезно ослабли. Когда царь начал пренебрегать им, Никон попытался припугнуть Алексея. Как-то после службы в Успенском соборе он оделся простым монахом и удалился из Москвы в Новый Иерусалим, заявив, что останется там, покуда царь не вернет ему своего доверия. Но он просчитался. Царь, теперь уже зрелый двадцатидевятилетний человек, был вовсе не прочь избавиться от властного патриарха. Он не только предоставил изумленному Никону два года тщетно ждать в монастыре, но созвал церковный собор, чтобы обвинить патриарха в том, что он «самовольно покинул Высочайший Великорусский патриарший престол, оставив без надзора свою паству, и тем вызвал всеобщее смятение и непрестанные раздоры». В октябре 1660 года собор постановил, что «поведение патриарха равносильно полному отречению, а потому он более патриархом не является». Никон отказался признать решение собора, обильно уснастив свое опровержение цитатами из Священного Писания. Обвинения, предъявленные Никону, и его ответ Алексей отослал четверым православным патриархам – в Иерусалим, Константинополь, Антиохию и Александрию – и умолял их приехать в Москву, чтобы «рассмотреть и утвердить решение по делу бывшего патриарха Никона, который использовал во вред высшую патриаршую власть». Двое из патриархов, Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский, согласились приехать, хотя прибыли лишь в 1666 году. В декабре был созван Большой церковный собор для суда над Никоном, в котором двое иноземных патриархов председательствовали над собранием тринадцати митрополитов, девяти архиепископов, пяти епископов и тридцати двух архимандритов.
Суд происходил в палате нового Патриаршего дворца, построенного Никоном в Кремле. Никона обвинили в возвышении церкви над государством, в незаконном смещении епископов, в том, что, «самовольно покинув свой престол, он обрек церковь на девятилетнее вдовство». Защищаясь, Никон утверждал, что его престол выше цесарского: «Хочеши ли навыкнути, яко священство и самого царства честнейший и больший есть начальство… царие помазуются от священническую руку, а не священники от царские руки… Царь здешним вверен есть, а аз небесным… священство боле есть царства: священство от Бога есть, от священства же царстви помазуются. Сего ради яснейше: царь имать быти менее архиерея и ему в повиновении». Однако собор не согласился с ним и восстановил традиционное соотношение сил между церковью и государством: царь является высшим авторитетом для всех своих подданных, не исключая и духовенство во главе с патриархом. В ведении церкви остаются только вопросы церковной доктрины. Одновременно собор поддержал и утвердил введенные Никоном изменения в чине богослужения.
Самого Никона приговорили к ссылке. До конца своих дней он жил монахом в отдаленном монастыре, в крохотной келье, куда вела винтовая лестница, такая узкая, что человек едва мог протиснуться. Умерщвляя плоть, он спал на гранитной плите, покрытой камышовой циновкой, и носил тяжелые вериги.
Со временем гнев Алексея утих. Он, правда, не отменил решения собора, но писал Никону, прося благословения, посылал гостинцы, а когда родился Петр, пожаловал ему от имени новорожденного соболью шубу. Последние годы Никон посвятил целительству. Рассказывают, будто он всего за три года совершил 132 чудесных исцеления. После смерти Алексея юный царь Федор пытался подружиться с Никоном, а когда в 1681 году стало известно, что престарелый монах умирает, Федор даровал ему частичное прощение и разрешил вернуться в Новоиерусалимский монастырь. Никон тихо скончался в дороге в августе 1681 года. Позже Федор сумел получить от четырех восточных патриархов письменные свидетельства посмертного восстановления его в правах, и в смерти Никон вновь обрел сан патриарха.