Участие Петра в государственных делах ограничивалось, во время регентства Софьи, присутствием при торжественных церемониях. По мере того как Пётр подрастал и расширял свои военные забавы, Софья начинала все более тревожиться за свою власть и стала принимать меры для её сохранения. В ночь на 8 августа 1689 г . Пётр был разбужен в Преображенском стрельцами, принёсшими весть о действительной или мнимой опасности со стороны Кремля. Пётр бежал к Троице; его приверженцы распорядились созвать дворянское ополчение, потребовали к себе начальников и депутатов от московских войск и учинили короткую расправу с главными приверженцами Софьи (кн. В.В. Голицын, Сильвестр, Шакловитый). Софья была поселена в монастырь, Иоанн правил лишь номинально; фактически власть перешла к партии Петра. На первых порах, однако, «царское величестве оставил своё правление матери своей, а сам препровождал время своё в забавах экзерциций военных».
Правление царицы Натальи представлялось современникам эпохой реакции против реформационных стремлений Софьи. Пётр воспользовался переменой своего положения только для того, чтобы расширить до грандиозных размеров свои увеселения. Так, манёвры новых полков кончились в 1694 г . Кожуховскими походами, в которых «царь Федор Плешбурской» (Ромодановский) разбил «царя Ивана Семеновского» (Бутурлина), оставив на поле потешной битвы 24 настоящих убитых и 50 раненых.
Расширение морских забав побудило Петра дважды совершить путешествие на Белое море, причём он подвергался серьёзной опасности во время поездки на Соловецкие острова. За эти годы центром разгульной жизни Петра становится дом нового его любимца, Лефорта, в Немецкой слободе. «Тут началось дебошство, пьянство такое великое, что невозможно описать, что по три дни, запершись в том доме, бывали пьяны и что многим случалось оттого и умирать» (Куракин). В доме Лефорта Пётр «начал с домами иноземскими обходиться и амур начал первый быть к одной дочери купеческой» (А. Монс). «С практики», на балах Лефорта, Пётр «научился танцевать по-польски»; сын датского комиссара Бутенант учил его фехтованию и верховой езде, голландец Виниус — практике голландского языка; во время поездки в Архангельск Пётр переоделся в матросский голландский костюм. Параллельно с этим усвоением европейской внешности шло быстрое разрушение старого придворного этикета; выходили из употребления торжественные выходы в соборную церковь, публичные аудиенции и другие «дворовые церемонии». «Ругательства знатным персонам» от царских любимцев и придворных шутов, так же как и учреждение «всешутейшего и всепьянейшего собора», берут своё начало в той же эпохе.
В 1694 г . умерла мать Петра. Хотя теперь Пётр «сам понужден был вступить в управление, однако ж труда того не хотел понести и оставил все своего государства правление — министрам своим» (Куракин). Ему было трудно отказаться от той свободы, к которой его приучили годы невольного удаления от дел; и впоследствии он не любил связывать себя официальными обязанностями, поручая их другим лицам (например, «князю-кесарю» Ромодановскому, перед которым Пётр играет роль верноподданного), сам оставаясь на втором плане. Правительственная машина в первые годы собственного правления Петра продолжает идти своим ходом. Пётр вмешивается в этот ход лишь тогда и постольку, когда это оказывается необходимым для его военно-морских забав. Очень скоро, однако же, «младенческое играние» в солдаты и корабли приводит Петра к серьёзным затруднениям, для устранения которых оказывается необходимым существенно потревожить старый государственный порядок. «Шутили под Кожуховым, а теперь под Азов играть едем» — так сообщает Пётр Ф. М. Апраксину в начале 1695 г . об Азовском походе.
Уже в предыдущем году, познакомившись с неудобствами Белого моря, Пётр начал думать о перенесении своих морских занятий на какое-нибудь другое море. Он колебался между Балтийским и Каспийским; ход русской дипломатии побудил его предпочесть войну с Турцией и Крымом, и тайной целью похода назначен был Азов — первый шаг к выходу в Чёрное море. Шутливый тон скоро исчезает; письма Петра становятся лаконичнее, по мере того как обнаруживается неподготовленность войска и генералов к серьёзным действиям. Неудача первого похода заставляет Петра сделать новые усилия. Флотилия, построенная в Воронеже, оказывается, однако, малопригодной для военных действий; выписанные Петром иностранные инженеры опаздывают; Азов сдаётся в 1696 г . «на договор, а не военным промыслом». Пётр шумно празднует победу, но хорошо чувствует незначительность успеха и недостаточность сил для продолжения борьбы. Он предлагает боярам схватить «фортуну за власы» и изыскать средства для постройки флота, чтобы продолжать войну с «неверными» на море. Бояре возложили постройку кораблей на «кумпанства» светских и духовных землевладельцев, имевших не меньше ста дворов. Остальное население должно было помогать деньгами. Построенные «кумпанствами» корабли оказались позднее никуда не годными, и весь этот первый флот, стоивший населению около 900 тыс. тогдашних рублей, не мог быть употреблён ни для каких практических целей.