Сагайдачний скористався з нагоди проїзду Феофана через київські землі. Він гарантував захист і свободу як самому патріархові, так і тим із православних ієрархів, кого він поставить на єпископство в Київщині.
У свою чергу, Феофан суворо ганив Сагайдачного за напад на московські землі, казав, що Військо Запорозьке тепер прокляте за свої дії. Сагайдачний уклінно благав прощення за себе і всіх козаків, аж поки серце Феофана не зм’якшилося. До того ж гетьман мав своєрідну «індульгенцію» – грамоту від московського царя, у якій він, хоча й відмовлявся від служби, але ж робив «мале пожалування», отже – прощав козаків.
Висвячення семи єпископів і одного митрополита відбулося потаємно, у підвальному приміщенні Київської лаври, вночі, під міцною козацькою охороною. На митрополита висвятили Іова Борецького, ігумена Києво-Михайлівського монастиря, ректора Київської братської школи. На той час Київ був найбільш покозаченим містом України, центральним вогнищем культурного й національного життя.
Король Сигізмунд, дізнавшись про цю акцію, був страшно розгніваний. Він оголосив Феофана турецьким шпигуном та самозванцем, а поставлених ним єпископів – незаконними. Уніатські єпископи, що сиділи на їхніх кафедрах, заявили, що не пустять їх до своїх міст. Проте гнів короля був безсилий: міцна козацька охорона проводила Феофана, на Іова Борецького також ніхто не міг підняти руку.
Подальшим кроком було запровадження братства, яке було заявлено вже раніше, але чекало на благословення константинопольського патріарха. До братства вписалося «безчисленно» різного народу, міщанства і шляхти. І завершив це переможне дійство відновлення православ’я гетьман Петро Конашевич Сагайдачний, який вписався у братство усім Військом Запорозьким, приймаючи тим самим братство під свою опіку.
Запорозькі козаки шанували православну церкву. Досить лише поглянути на місця колишніх запорозьких Січей, на різні речі церковного вжитку, що дійшли до наших днів, щоб переконатися в цьому. Знайшовши якийсь величний острів посеред Дніпра або примітивши який-небудь підвищений «ріг», запорозькі козаки перш за все зводили церкву, найчастіше в ім’я Покрови Пресвятої Богородиці, а вже потім споруджували всі інші будівлі. Вони казали: «Нехай красується храм Божий у небесній височині, і нехай святі молитви несуться від нас прямо від землі до престолу Господа Бога». У найтяжчих ситуаціях і сумних подіях церква завжди складала найголовнішу турботу січових козаків: коли в 1709 році запорозькі козаки тікали від «москаля», то передусім захопили з собою церковне майно.
Перша церква існувала в запорозьких козаків уже близько 1576 року, саме тоді, коли польський король Стефан Баторій дарував їм «місто Трахтемирів з монастирем і перевозом та старовинне містечко Самар з перевозом і землями вгору Дніпра по річку Оріль». Так чи інакше, але запорозькі козаки, маючи головним центром своїх поселень місто Стару Самару, вже близько 1576 року звернули увагу на віковий дрімучий ліс, «дубову товщу», що знаходилася вище міста. Саме тут, на просторому острові, між річкою Самарою та її рукавчиком Самарчиком, влаштували церкву, першу у своїх вольностях «з шпиталем, дзвіницею та школою при ній» в ім’я святителя і великого чудотворця Миколая; забезпечили її церковним майном, богослужбовими книгами, ризницею і виписали для новоствореної церкви ієромонахів з Київського монастиря, а в 1602 році цю церкву перетворили на Самарський Пустельно-Миколаївський монастир і ввели там богослужіння по чину Афонського монастиря.
Саме цей монастир був оспіваний у славнозвісному романі Олеся Гончара «Собор». Коли майстер Погребняк почав проектувати собор, у нього з’явилися сумніви і він, за переказами, усамітнився в самарських очеретах. Там йому явився святий Миколай і показав, яким має бути храм. Майстер з оситнягу створив модель храму і тільки тоді взявся за його будівництво. Собор був закладений за благословенням київського митрополита Гаврила Розанова в 1773 році, як значиться у старому «Описі майна», що зберігався у церкві Новомосковська. Охоронцями побудови храму були відставний запорозький суддя Антон Головатий та кошовий отаман Іван Чепіга. Уся будова, окрім кам’яного фундаменту, споруджена була із дубового і соснового лісу і складена за допомогою тиблів-шипів між колодами та замків. Храм було освячено місцевим протопопом Григорієм Порохнею. За побудову величного храму майстрові Якиму Погребняку видано було самарською запорозькою старшиною відповідний атестат.
Відтоді запорозькі козаки, дбаючи про святість православної віри за відведений їм історичний шлях, влаштували у себе 44 церкви і відкрито виступили на боротьбу за предківські святині. До козаків приходили духовні особи із Польщі, Афона, Єрусалима, Константинополя. Січовики кілька разів посилали подарунки константинопольському патріархові і, у свою чергу, не раз одержували від нього дорогі подарунки. Це були чудові золототкані ризи та аналой із арабського дерева, який, за переказами, належав знаменитому проповіднику Іоаннові Златоусту.