Разом із заснуванням друкарні в Печерському монастирі виникає фундація Галшки Гулевичівни, жінки маршалка мозирського Стефана Лозки – «Добра свои власные дедычные, прав и вольностий шляхетскихъ будучие». Ця подробиця дуже важлива, оскільки тільки засновані на «дідичних» шляхетських ґрунтах православні церкви і монастирі не підпадали під заборони й утиски польської католицької влади. Для більш повного і безпечного здійснення своїх планів Галшка Гулевичівна заявляє, що «зараз у той двір впровадила благовірного священоінока отця Ісаю Копинського й інших ченців, а також школу».
Київська братська школа стала родоначальницею славетної Київської академії і єдина з усіх братських шкіл досягла вищого ступеня. Програма школи передбачала викладання слов’янської, книжної української, грецької, латинської та польської мов, а також граматики, піїтики, риторики, філософії, арифметики, геометрії, астрономії, історії, музики. До викладання цих предметів Борецький запросив знаних вчених, письменників, громадських діячів. Багато важило опікунство Петра Сагайдачного як члена братства і ктитора училища Києво-Братського монастиря, на утриманні якого була школа. Пізніше братчики напишуть московському царю Михайлові Федоровичу Романову: «Ми влаштували з великим накладом школу, щоб навчати дітей своїх слов’яно-руської й елліно-грецької мов та інших наук… для того, щоб вони не пили з чужого джерела смертоносну отруту західної схизми і не схилялись у темряву римлян».
В оплоті православної віри – Києво-Печерській лаврі засновується вчений гурток, членами якого стали Захарій Копистенський – визначний православний церковний діяч, Тарасій Земка – ігумен Братського монастиря в Києві, ректор Братської школи та керівник друкарні Києво-Печерської лаври, Памва Беринда – відомий лексикограф, письменник і сам Іов Борецький. Усі вони однодумці гетьмана Сагайдачного в його піклуванні про майбутнє України, про відновлення православної митрополії.
Трохи пізніше в Києві з’являється постать, що стала знаковою в українському культурно-просвітницькому та релігійному житті. Це був Петро Могила, який під час Хотинської війни перебував у стані гетьмана Сагайдачного.
Проте не будемо забігати вперед.
Хотинська Іліада
За вітчизну-бо краще і голову скласти,
Ніж піддатись ганебно, навколішки впасти.
Тож коли хто не хоче за край умирати,
Той з вітчизною згодом піде погибати.
Отже, репутація Сагайдачного, що трохи похитнулася після Раставицької угоди, зміцнилася завдяки відновленню Київської митрополії. І ось тут знову козацька стихія вирвалася з його твердих рук. Козаки не корилися курсу старшини і не мирилися з поступками, зробленими для нейтралізації зазіхань шляхти. Особливо ремствували козаки через обмеження реєстру та заборону морських походів. Коли Сагайдачний вийшов на Перекоп зі старшиною та реєстровцями, з-поміж невдоволених, особливо виписаних з реєстру, почався рух проти нього. У результаті це свавільне козацтво скидає Сагайдачного з гетьманства й обирає Яцька Неродича-Бородавку, «зі всіх найнецнотливішого і найбунтівнішого», як характеризує його польський зверхник Жолкевський. Бородавка заявляє козакам, що «не тільки на море, а й до пекла готовий іти з ними». Грандіозний похід на море – це було перше, чого жадала свавільна козаччина, і відразу почалися приготування до нього. Не тільки в Польщі, але й по всій Туреччині пішли поголоски, що козаки на трьохстах чайках готуються до великого походу.
Одначе Сагайдачний зберіг своє верховенство і вплив у Києві та Трахтемирові – центрі твердої козаччини. Городове козацтво продовжувало горою стояти за Сагайдачного. Офіційно Сагайдачний числився полковником Запорозького Війська, реально – був повним господарем на волості. І тим часом як свавільна козаччина Бородавки готувалась до великого морського походу, всупереч домовленостям із поляками, Сагайдачний із «твердою козаччиною» проводив у життя план відродження православної конфесії.