На гетьманському уряді, який він держав десять років, Сагайдачний наполегливо і систематично проводив реорганізацію війська. Він також очищав його від усіляких зайд, що нищили військову дисципліну. У його умові, що її він прийняв разом із польською стороною, читаємо: «Ремісникам, купцям, шинкарям, війтам, бурмистрам, кафаникам, бакалезям, різникам, кравцям та іншим неосілим людям, а також усім новоприбулим, що були міщанами і від двох років ухилилися від присуду урядів та прилучилися до нашого війська, наказуємо, щоб не називалися козаками, й вилучаємо їх від себе і на майбутнє таких до нашого війська приймати не будемо».
Сагайдачний подбав про те, щоб усі козаки мали рушниці й коні. Були заведені муштра й огляд усього війська. Дисципліна при ньому стала дуже суворою – за провини карав на горло. Він розумів, що без війни козаки не зможуть жити; плата була невелика, і тільки воєнна здобич могла вирішити справу. Для цього був потрібен великий флот, і Сагайдачний збільшив число козацьких чайок до трьохсот.
Його великий дипломатичний хист завжди йшов на користь козацькому війську та Україні. Переговорами він досяг того, щоб поляки скасували наслідки баніції (урядовий присуд до вигнання з краю і позбавлення громадських прав шляхетних осіб, які провинилися перед Річчю Посполитою). Це дало змогу козакам осідати по містах, визнано було окремий козацький присуд, запроваджено постійну плату козацькому війську.
Проте всі ці заходи не могли вдоволити низовиків, яких не брали до реєстру. Ішов поголос, що козацтво перетворюється на нове панство. Сагайдачного звинувачували у зраді, у тому, що він хотів знищити козацтво.
Певною мірою ці закиди були справедливі – Сагайдачний насправді хотів позбутися того недисциплінованого, зарозумілого, жадібного на здобич та байдужого до державних інтересів козацтва старої формації. Воно зробило свою справу, воно має піти. Сагайдачний вважав своїм дітищем інше козацтво – дисципліноване, добре обізнане з військовою справою, осіле на землі – а отже, пов’язане корпоративними інтересами. Він сам виносив, викохав, випестив це дітище і ніколи не віддав би його до чужих рук, а хіба що мертвий. Петиція до московського царя була лише політичним ходом – на Москві навіть найшляхетніші бояри почуваються «царськими холопами», а хіба він гідний такої долі? Хоч Корона і прагнула раз по раз одійняти козацькі вольності, проте ці вольності в неї можна було вибороти і зробити Річ Посполиту такою, якою вона є за своєю назвою – Справою Суспільною, і там Сагайдачному знайшлося б гідне місце.
Отже, Сагайдачний міцно тримався лояльності до Корони. Він твердо знав: хоч би що мислив собі Сигізмунд, а у скрутну годину він звернеться по допомогу до Запорозького Війська.
Година ця неминуче наближалася. У лютому 1618 року в Туреччині внаслідок палацового перевороту до влади прийшов юний Осман II, який посів трон свого дядька Мустафи I, скинутого яничарами. Уклавши перемир’я з Персією, молодий султан розпочав активну підготовку до війни з Польщею. Спроби польського уряду залагодити суперечності між двома державами за допомогою дипломатичних переговорів успіху не мали.
Незважаючи на таке непевне становище, воєнні приготування Польщі не відповідали викликам часу. Коронний гетьман Станіслав Жолкевський спромігся зібрати лише десятитисячне військо. З цими мізерними, як на такий випадок, силами він перейшов Дністер і рушив у напрямку Ясс, щоб з’єднатися з військами молдавського господаря Граціані. Невдовзі на Цецорські поля, що у Волощині-Молдові, прибуло величезне турецько-татарське військо на чолі з Іскандер-пашею та кримським ханом Джанібек-Гіреєм. Розпочалася запекла битва, яка тривала сімнадцять днів. Наслідки її для польського війська були катастрофічними. Полягли на полі бою кращі полководці Польщі. Загинув і Жолкевський. Його відрубану голову турки відправили до Стамбула. З-поміж полеглих був і Михайло Хмельницький – батько майбутнього гетьмана України Богдана Хмельницького, сам Богдан Хмельницький, а також майбутній коронний гетьман Станіслав Потоцький. Переможцям у Цецорській битві дісталися великі воєнні трофеї, в тому числі 120 гармат, величезний військовий обоз.
Окрилений успіхом Осман II розпочав широкомасштабну підготовку до вирішальної війни з Польщею. Перед султанським палацом з’явився бунчук із кінської гриви, що свідчило про особисту участь турецького правителя в поході. По всіх провінціях величезної імперії, володіння якої розмістилися на трьох континентах, зачитувалися султанські грамоти, що сповіщали про майбутню війну.