Далі відбулася колізія, яка не раз виникала як у політичних, так і у воєнних стосунках козаків і поляків. Розвиваючи успіх, козаки увірвалися в турецький обоз, але не змогли захопити його, оскільки коронний гетьман Ходкевич не підтримав їх своєчасно. Тяжко поранений перед цим Сагайдачний відверто висловив від імені козацтва своє обурення. У справу втрутився королевич Владислав, який через своїх депутатів провів слідство для заспокоєння козаків. З-поміж депутатів був і каштелян краківський Яків Собеський, який звернувся до козаків з палкою промовою. Згодом у своєму літописі-хроніці він віддав належне Сагайдачному та українському козацтву за героїзм і бойовий вишкіл.
Потім було кілька днів спокійніших. Козаки робили шанці та виводили укріплення бліндажного типу, вдень тримали оборону, опираючись наскокам турків міцним мушкетним вогнем, вночі робили вилазки у ворожий табір. Уночі з 6-го на 7-ме, з 8-го на 9-те, з 16-го на 17-те, з 19-го на 20-те та з 22-го на 23-тє вересня під покровом темряви козаки плазом пробиралися до вражого стану і, за сигналом розпочавши атаку, сіяли довкола себе безладдя і смерть, починали шалений галас, підпалювали шатра й вози, захоплювали зброю, амуніцію та припаси. Найбільшого успіху козаки досягли в ніч на 9 вересня.
Сагайдачний твердо дотримувався тактики утримання жорсткої оборони вдень і вилазок уночі. Турки, переконавшись, що взяти польсько-козацьке військо наскоком не вийде, спробували взяти його замором. Тривали гарматні обстріли. Ногайська орда Кантемира зайшла за Дністер і перервала сполучення з Кам’янцем. Усе вказувало на довгу й затяжну війну, що тривожило польсько-козацьке військо. Довезення припасів переривалося, коням бракувало вівса й паші, було багато хворих. Вода з Дністра була погана, зіпсована вапняком із розмитих берегів, від неї вмирали люди й коні. Тяжко захворіли королевич Владислав та коронний гетьман Ходкевич. Багато шляхтичів навіть з найзначніших родів ховалися до возів, що мали йти за провізією, і так намагалися втекти з табору.
Потрібні були рішучі й радикальні дії. Було вирішено провести нічну атаку ворога. План цей було обговорено на військовій раді, його гаряче підтримав Сагайдачний. Головну роль мали відіграти козаки. Вони повинні були підповзти до турецького табору, а першими вдарити належало кінноті. «Психологічна» атака кінноти польської з трубами, бубнами і барабанами мала відволікти увагу турків і посіяти з-поміж них паніку, козаки повинні були завершити справу.
Опівночі дали знак, і запорожці як тіні поповзли до турецького табору. Та на біду пішов дощ. Козаки боялися, що рушниці й самопали замокнуть. Операцію довелося скасувати.
Наростали проблеми продовольства. Коней уже доводилось годувати дубовим листям. Козаки на власний розсуд здійснили ще одну нічну вилазку, трохи не зловили колишнього візира Гусейна-пашу, погромили турецький табір за Дністром.
Проте і туркам було непереливки. 6 вересня прийшла невтішна звістка, що запорожці потопили 20 суден з гарматами й припасом, які йшли на допомогу Османові. Запорозькі чайки знову бачили під Константинополем. Султан вирішив розпочати другий рішучий штурм.
7 вересня турки почали щільний гарматний обстріл. Від 60 до 150 гармат (тут різні джерела розбігаються в даних) декілька годин вели артилерійську підготовку, після якої в атаку пішла кіннота і яничари. За п’ять годин турки чотири рази атакували козацькі позиції, але козаки вистояли, а за четвертим разом навіть контратакували. Тоді Осман звелів зосередити вогонь на польському таборі. Після щільного обстрілу турки пішли в атаку і навіть змогли зайняти кілька рядів шанців. Але вночі турки були змушені припинити штурм.
8 вересня сталася подія, про яку вже було згадано раніше, – суд над Яковом Бородавкою, якого скинули з гетьманства, та його страта. М. Грушевський, якого було процитовано раніше, викладає точку зору Якова Собеського, автора трьох книг латинською мовою про Хотинську війну (і, до речі, батька майбутнього польського короля Яна Собеського).
Трохи інакше пояснюють страту Бородавки українські літописці різних часів. Бородавка ще до походу під Хотин був призначений козацьким гетьманом від польської сторони і повинен був поспішати до своїх військ. Але під час походу він захопився пиятикою та грабунками, а тому запізнився з прибуттям у визначений термін. Під час просування на Молдову Запорозьке Військо втратило вбитими та дезертирами понад 5000 осіб, – цього Бородавці не можна було простити у вирішальний момент, коли кожна людина, кожна шабля дуже багато важили.