Пішов він із життя у квітні 1622 року.
Достеменну згадку про смерть гетьмана знаходимо в поминальникові Київського Михайлівського Золотоверхого монастиря, писаному кіновар’ю і надрукованому вперше професором Максимовичем. «Року 1622 10 дня, благочестивий муж, пан Петро Конашевич Сагайдачний, війська його королівської милості запорозького, по багатьох знаменитих воєнних заслугах і перемогах, на ложі своїм простер нозі свої, повернувся до отців, з добрим сповіданням, сповнений добродійних справ і милості, у Києві. Похований при церкві школи Слов’янської на Подолі, з почестями, в домі братства церковного».
Смерть ця була тяжким ударом православним, взагалі українцям, що мали підставу покладати великі надії на заступництво Сагайдачного перед королем у релігійних та національних українських справах, бо всі знали його вагу і вплив у керівних колах Речі Посполитої. Сумним почуттям віє від епіграфа, поставленого на панегірику братської школи на його «жалосний погреб»:
Не весте ли, яко властелинъ паде въ сій денъ въ Ізраили.
Поляки, хоч і ошукали Сагайдачного, не поспішаючи виконувати своїх обіцянок, але покладали багато надій на його лояльність та тверезий розум. Князь Юрій Збаразький, перший сенатор Корони, який мав титул українського магната і вважався спеціалістом в українських справах, перший забив тривогу: «Аби ми знову не потрапили в турецьку війну! З козаками до нинішнього дня не покінчено, хоч мали ми досить часу, аж занадто, для переговорів з ними. П. Обалковський не відправлений був вчасно з грошима, а тут ми дістаємо відомість – помер Сагайдачний, такий вірний і відданий королівській милості і Речі Посполитій. Легко зміркувати, наскільки легше було домовлятися з козаками за його влади. Тепер Бог зна, якого гетьмана виберуть». Князь-референт в українських справах радив поспішати з висилкою великого посольства до Туреччини, щоб пояснити появу козаків на морі. Інтересами козаків було пожертвувано для інтересів політичних Корони. Обалковський з грошима виїхав до козаків. Та запорожці нагадали, що це гроші за минулий час. За те, що вони не підуть на море, вони домагалися збільшення платні, а також права «квартирування на волості». Говорили також про незабезпеченість старих і хворих козаків. Про виписку ж та зменшення війська і чути не хотіли.
Поляки робили все, що можна, аби не допустити козацького морського походу. Та козаки вже проривалися в море. Князь Збаразький писав, що ходило п’ять чайок і здобули турецький корабель. Потім французький посол писав зі Стамбула, що тридцять козацьких чайок появилося за 15 льє від міста і руйнували узбережжя Анатолії, взяли багато турецьких кораблів на морі; у небезпеці була також Кафа. У турецькій столиці був великий страх, бо «поголоска про чотири козацькі чайки на Чорнім морі лякає турків більше, ніж чума в Мореї або Берберії», – писав французький посол.
Соратник Сагайдачного Іов Борецький та православні ієрархи ініціюють «Суплікацію до сенату Корони і Великого князівства Литовського, від обивателів коронних і стану шляхетського, релігії старинної грецької, послушенства східного». Написана сильно і навіть різко, вона була суголосна козацькому меморіалу-протесту, вказуючи на беззаконні дії уряду у справі дотримання прав православного люду та утисків уніатських владик. Вона характеризує польську політику як таку, що прагне, «аби на Русі не було Русі». «Старатися змінити віру руську значить силкуватися знищити руський народ. А силкуватися знищити руський народ – чи це не значить замислювати знищення визначної частини самої отчизни». Автори звернення наводять факти: у Львові українців видалено з усіх цехів, магістрат не дозволяє дзвонити по церквах, проводити небіжчиків через місто та справляти публічно інші обряди.
Та польський сейм і король вирішили не попускати козакам і православному люду. Як у справах загальнонаціональних, так і в суто козацьких українські делегати стали перед незрушною стіною католицько-шляхетського «non possumus» – не попускати! Такий політичний поворот позбавив булави гетьмана Оліфера Голуба. На його місце заступив вірний соратник Сагайдачного Михайло Дорошенко (дід відомого гетьмана Петра Дорошенка).
Попереду ще було багато перемог і поразок. Але попереду було й появлення України-Гетьманщини під проводом великого гетьмана Богдана Зиновія Хмельницького.