Саме за Дорошенка протистояння реєстрових козаків та «випищиків», яке тільки намічалося при Сагайдачному, дійшло кульмінації. Дорошенко мав тримати на Січі залогу, аби хоч якось здержувати низовиків, а ті раз по раз вчиняли заколоти з вимогою поширити реєстр.
Михайло Дорошенко використовував козацьку силу, яку успадкував від Сагайдачного, фактично як найманців, і загинув, втрутившись у династійні чвари кримських ханів Гіреїв. Так запорожці із захисників української землі поволі перетворювалися на кондотьєрів.
За Дорошенком успадкував гетьманську булаву (проте тільки над Запорожжям) ще один «хрещеник» Сагайдачного – Тарас Трясило, уславлений у Московському поході. Саме він командував козаками-найманцями на австро-угорській службі. Суперечності між запорожцями й реєстровцями посилилися аж до того, що Трясило стратив гетьмана реєстровців Грицька Чорного і підняв повстання проти Корони. Після тривалої і кровопролитної битви під Переяславом між козацькою старшиною та Короною була укладена нова угода, після якої Трясило очолив невдоволених і повернувся з ними на Січ.
Так спадок Сагайдачного остаточно був розірваний надвоє – аж допоки не з’єднався під прапорами Богдана Хмельницького.