Адже напевне відомо, що перед тим як стати гетьманом, Сагайдачний був генеральним обозним, тобто відав артилерією і, як тепер кажуть, логістикою. А на той час артилеристи становили інтелектуальну еліту армій. Обравши саме цю галузь військової справи, Петро Сагайдачний показав, по-перше, добру поміркованість – бо відчайдушних розбишак у Війську Запорозькому було хоч греблю гати, а попит на інтелект існував протягом усіх віків, а по-друге, цілком можливо, що іще в стінах Острозької академії юний Петро приділяв увагу не тільки гуманітарним наукам, які тоді вважали вершиною всіх наук, а й математиці та механіці. У бібліотеці Острога він міг мати доступ до робіт Тартальї, Кардано, дель Ферра, і слід нагадати, що саме в той час сходила зірка Галілея. Никифор Парасхес міг перетинатися з Галілеєм у стінах Падуанського університету та принести його новаторські ідеї з галузі механіки до Острога, а латиною Сагайдачний володів добре – отже, читати праці з механіки й балістики йому було неважко.
Саме артилерія була найзначущішою прикладною сферою для застосування цих наук, отже, Сагайдачний міг піти на Січ помірковано, розраховуючи на знання в цих галузях і спланувавши своє сходження військовими щаблями заздалегідь.
У ті часи гетьманом на Запорожжі часто обирали залежно від конкретної ситуації: для організації походу чи для проведення якихось господарських робіт, зведення укріплень. Немало козацьких ватажків називали себе гетьманами з власної ініціативи. Зокрема, в листах до польського уряду гетьманами іменують себе козацькі ватажки Полоус, Шаула, Байбуза, Наливайко. Щодо перших десятиліть XVII століття історичні джерела називають гетьманами кількох запорозьких зверхників: це Самійло Кішка (загинув у 1602 р.), Григорій Іванович (згадується як гетьман близько 1606 р.), Олевченко (1609 р.), Григорій Тискиневич (1610 р.), Дмитро Барабаш (1617 р.), Яків Неродич-Бородавка (1620—1621 рр.). У проміжках між гетьмануванням декого з цих козацьких ватажків неодноразово перебував на гетьманському уряді і Сагайдачний. Після поразки Наливайка в 1596-му протягом лише десяти років змінилися п’ятнадцять козацьких гетьманів. 1606-го або 1609 року одержує гетьманську булаву Сагайдачний.
Центром тодішнього Запорожжя було гирло річки Чортомлик. Про дислокацію запорожців у цій місцині свідчить посол німецького імператора Рудольфа II Еріх Лясота. Активно взявшись за організаційні справи і виявивши неабиякий талант зверхника, Петро Сагайдачний вирішує податися вище річки, навпроти острова Велика Хортиця. Це було вище гирла Чортомлика і нижче останнього порога Вільного. Очевидно, саме від тих часів збереглися назви «Попелище Сагайдака» та уламки «Крісла Сагайдачного» – напроти «Вищої голови» острова Хортиці та німецької колонії Кічкас, що з’явилася значно пізніше на лівому березі Дніпра.
Самий кіш, чи фортецю, було обнесено земляним валом, на якому стояли військові гармати, що обстрілювали підходи до Запорожжя з усіх боків, і особливо з півдня – кримський бік. Курені, у яких розмістилося товариство, і склади, де зберігався військовий обладунок, зроблено було із хмизу і вкрито кінськими шкурами. Утім, козаки не любили жити в куренях – вільній козацькій душі тісно було під дахом. Улітку, весною і сухої осені вони любили спати просто неба на траві чи на розісланій киреї, із сідлом під головою, а то й просто під деревом, де-небудь коло води, щоб уранці очі промити, на купині головою. Якщо козак уночі прокидався, то відразу міг узнати, скільки ночі минуло й скільки лишилося. Йому допомагали в цьому зірки, які він знав не гірше за астрономів вавилонських, халдейських. Вирізняв козак на нічному небі і Чепігу, і Віз, і Мамаєву Дорогу, і Утяче Гніздо, і Зінське Щеня, і Волосожари, і Леміш. Усе небо і Великий Луг були його рідною стороною. Козак любив природу і користався нею. Ніхто так, як козаки, не призвичаювався до степу і води, до рідних просторів і морських глибин.