В июле 1862 года туда же были заключены Н. А. Серно-Соловьевич и армянский общественный деятель и писатель М. Л. Налбандян. Они обвинялись в сношениях с А. И. Герценом и Н. П. Огаревым, которые еще в 50-е годы создали за границей вольную русскую прессу. В «Полярной звезде» и «Колоколе» они клеймили крепостничество, разоблачали самодержавно-полицейский деспотизм.
В июле 1862 года был заключен в Невскую куртину критик Д. И. Писарев, пробывший в одиночном каземате более четырех лет. Он был арестован за написание статьи-прокламации, обращенной к молодежи. В этой прокламации Д. И. Писарев разоблачал подлые намерения агента русского правительства барона Фиркса, под псевдонимом Шедо-Ферроти написавшего грязную книжонку, стремившуюся опорочить А. И. Герцена. Писарев не только защищал Герцена от клеветы, но и призывал к революционному действию. «Династия Романовых и петербургская бюрократия должны погибнуть… — говорилось в заключение статьи. — Нам останется только дать им последний толчок и забросать грязью их смердящие трупы». Свою статью Писарев передал для напечатания в тайную типографию, но ее раскрыла полиция, была обнаружена и рукопись Писарева.
В заключении Писарев занимался литературной работой. Здесь он написал 25 литературно-критических статей, в том числе «Реалисты», «Промахи незрелой мысли» и другие. Они полны оптимизма и призывали к борьбе за торжество справедливости.
7 июля 1862 года двери камеры захлопнулись за Н. Г. Чернышевским — идейным вождем революционной демократии 60-х годов. Он обвинялся в написании листовки «Барским крестьянам от их доброжелателей поклон».
Листовка разъясняла подлинную суть реформы 19 февраля 1861 года и «воли», которую она предоставляла бывшим крепостным крестьянам. Прокламация призывала крестьян готовиться к восстанию. Реформу, подготовленную и проведенную крепостниками, Чернышевский назвал «мерзостью», «новым крепостным правом».
К аресту Чернышевского различные круги русского общества отнеслись по-разному. В кругах реакционеров наступило ликование. Один из анонимных авторов писал в III отделение: «Спасибо вам, что засадили Чернышевского — спасибо от многих. Только не выпускайте лисицу — пошлите его в Солигалич, Яренск, что-нибудь в этом роде — это опасный господин, много юношей сгубил он своим ядовитым влиянием».
Но среди демократической интеллигенции, особенно молодежи, арест Чернышевского вызвал негодование. Его имя не сходило с уст. От лица этой интеллигенции писала Чернышевскому в тюрьму неизвестная женщина: «Благословение Вам, честнейший, благороднейший Николай Гаврилович, — благословение от женщины, за всех мужчин и женщин — от женщины, матери семейства, от женщины, никогда Вас не видавшей, но хорошо Вас знающей, потому что Вас знают и сочувствуют Вам, благоговеют перед Вами все люди мыслящие и честные. Где бы Вы ни были, Вас всюду сопровождать будет глубокое и задушевное сочувствие лучших людей, потому что Ваши убеждения — их убеждения, их правила, их судьба».
Никаких юридических доказательств того, что Чернышевский являлся автором прокламации «Барским крестьянам…», в руках следствия не было. Царское правительство использовало подлог и лжесвидетельство.
Чернышевский был признан виновным в «противозаконных сношениях с изгнанником Герценом», в «сочинении возмутительного воззвания к барским крестьянам» и «приготовлении к возмущению», признан «особо вредным агитатором». Его приговорили к 14 годам каторжных работ. Этот срок был сокращен наполовину. В действительности же Чернышевский пробыл в Сибири 20 лет.
Прежде чем отправить на каторгу, над Чернышевским совершили обряд гражданской казни. 19 мая 1864 года он был привезен на Мытнинскую площадь (сейчас на этом месте находится сад имени Чернышевского), там был сооружен помост, на котором возвышался столб с цепями. Публика стала стекаться с самого утра. По подсчетам полицейских агентов, собралось около 3 тысяч человек.
Чернышевского поставили к столбу, продев его руки в кольца, прикрепленные к цепям. На груди его висела дощечка с надписью: «Государственный преступник»… Началось чтение приговора. Из толпы к эшафоту полетел букет ярко-красных цветов… После чтения приговора палач сломал над головой Чернышевского шпагу. Вслед карете, увозившей его, неслись крики: «Прощай, наш товарищ! Прощай, наш учитель!»
В. И. Ленин высоко ценил деятельность Чернышевского. «Чернышевский, — писал В. И. Ленин в статье „„Крестьянская реформа“ и пролетарски-крестьянская революция“, — был социалистом-утопистом, который мечтал о переходе к социализму через старую, полуфеодальную, крестьянскую общину, который не видел и не мог в 60-х годах прошлого века видеть, что только развитие капитализма и пролетариата способно создать материальные условия и общественную силу для осуществления социализма. Но Чернышевский был не только социалистом-утопистом. Он был также революционным демократом, он умел влиять на все политические события его эпохи в революционном духе, проводя — через препоны и рогатки цензуры — идею крестьянской революции, идею борьбы масс за свержение всех старых властей».