Из осужденных по этим процессам до перевода в Шлиссельбургскую крепость (то есть с 1880 по 1884 г.) умерли С. Г. Ширяев, Л. Д. Терентьева, А. Д. Михайлов, Н. Н. Колодкевич, М. В. Тетерка, Н. В. Клеточников, М. Р. Ланганс, А. И. Баранников.
В 1887 году в тюрьму Трубецкого бастиона были заключены члены террористической фракции «Народной воли». Они обвинялись в подготовке покушения на Александра III. Пятеро из них — А. И. Ульянов, В. Д. Генералов, П. Я. Шевырев, П. И. Андреюшкин, В. С. Осипанов — были казнены в мае 1887 года в Шлиссельбургской крепости.
Отмечая ошибочность теоретических воззрений народников, отвергая их метод борьбы путем террора, В. И. Ленин высоко оценил их революционность и героизм: «Они проявили величайшее самопожертвование и своим героическим террористическим методом борьбы вызвали удивление всего мира. Несомненно, эти жертвы пали не напрасно, несомненно, они способствовали — прямо или косвенно — последующему революционному воспитанию русского народа. Но своей непосредственной цели, пробуждения народной революции, они не достигли и не могли достигнуть.
Это удалось только революционной борьбе пролетариата».
Развитие капитализма в России во второй половине XIX века выдвигает на арену политической борьбы с самодержавием рабочий класс. Передовые рабочие пытаются найти свои пути борьбы, создать рабочие организации.
В 1879 году узником тюрьмы Трубецкого бастиона становится один из создателей первой самостоятельной рабочей организации Петербурга Виктор Обнорский. Организация, созданная В. П. Обнорским и С. Н. Халтуриным, носила название «Северный союз русских рабочих». Союз заявил о своем существовании в конце декабря 1878 года принятием программы, целью которой было «ниспровержение существующего политического и экономического строя государства, как строя крайне несправедливого». Девизом «Северного союза русских рабочих» стали слова: «На нас, рабочих, лежит великое дело освобождения себя и своих братьев». Появление союза означало новый крупный шаг в развитии рабочего движения. Ближайшая задача союза — завоевание политической свободы. «Северный союз» просуществовал недолго, так как после ареста В. П. Обнорского в 1879―1880 годах были арестованы и другие его члены.
Быстрое развитие капитализма, рост промышленного пролетариата создают благоприятную почву для распространения марксистских идей в России. Но существовали еще и народовольческие организации. В 1894 году по делу организации «Группа народовольцев» был арестован и заключен в тюрьму Трубецкого бастиона М. С. Ольминский.
Рост рабочего движения, деятельность марксистских кружков подготовили третий, пролетарский период революционного движения, который начинается с 1895 года.
Именно в этом году в Петербурге В. И. Лениным создается единая социал-демократическая нелегальная организация «Союз борьбы за освобождение рабочего класса». Этот союз, по словам В. И. Ленина, был первым серьезным зачатком революционной партии, которая опирается на рабочее движение и руководит классовой борьбой пролетариата.
С выступления пролетариата, как самой могучей революционной силы, началась новая мрачная страница истории Петропавловской крепости — тюрьмы. Ее узниками становятся пролетарские революционеры.
В 1896―1898 годах в тюрьме Трубецкого бастиона находились А. С. Шаповалов, Ф. В. Ленгник, М. А. Сильвин, З. П. Невзорова, Н. Э. Бауман — члены петербургского «Союза борьбы за освобождение рабочего класса».
За распространение общерусской марксистской газеты «Искра» в октябре 1901 года в тюрьму Трубецкого бастиона был заключен В. П. Ногин, а в 1902 году — П. К. Флегонтов.
В ноябре 1902 года там же оказались члены организационного комитета по созыву II съезда РСДРП П. Н. Лепешинский и И. И. Радченко. В 1903―1904 годах в этой же тюрьме были искровцы Л. Н. Сталь и С. В. Андропов (Андропов был вторично заключен в тюрьму Трубецкого бастиона. Первый раз он находился там в 1901―1902 гг.).