Справа перед иконостасом находится обитое вишневым бархатом возвышение в две ступени под балдахином с кистями — царское место. На балдахине деревянная резная подушка, на ней вырезанные из дерева скипетр, меч и царская корона — атрибуты царской власти.
На бархате вышит золотыми и серебряными нитями двуглавый орел — герб царской России.
Когда шло богослужение, царь обычно стоял на этом возвышении. Во время посещений службы царем простой народ в собор не допускали.
Петропавловский собор играл большую роль в распространении религиозно-монархических идей. Церковь всеми средствами старалась воздействовать на психологию человека. Богатство собора, пышные богослужения, проповеди — все это должно было помогать укреплению идеи «божественного» происхождения власти царя.
Петропавловский собор на протяжении нескольких десятилетий служил усыпальницей русских императоров. Хоронить в соборе стали по указанию Петра I.
Сам Петр I похоронен у южной стены собора. Он умер 27 января 1725 года рано утром. В течение 40 дней проходило прощание с покойным. Под звон колоколов церквей Петербурга и пушечную стрельбу со стен крепости и Адмиралтейства гроб с телом Петра I перенесли по льду Невы из старого Зимнего дворца (он стоял на месте Эрмитажного театра) в Петропавловский собор. По сторонам процессии стояли 1250 гренадеров с факелами, тысячи солдат принимали участие в похоронах. Гроб с телом Петра I был установлен в специально для этого построенной деревянной часовне посередине недостроенного собора.
Когда собор был окончательно достроен, гроб с телом Петра I предали земле. В соборе похоронены все русские императоры (последним — Александр III) и многие великие князья — представители дома Романовых.
30 могил отмечены белыми мраморными надгробиями. Два надгробия — Александра II и его жены — сделаны из камней-монолитов; на могиле Александра II установлен монолит из серо-зеленой алтайской яшмы весом около 5,5 тонны, на могиле его жены — из розового уральского орлеца весом 6,5 тонны. Более 10 лет мастера Петергофской гранильной фабрики вручную шлифовали и обрабатывали очень хрупкий полудрагоценный камень. Установкой в 1906 году этих надгробий правительство Николая II стремилось поднять престиж дома Романовых: Александр II прославлялся как «освободитель крестьян».
Долгие годы собор был своеобразным музеем славы русского оружия: здесь хранились трофейные знамена, ключи от городов и крепостей, взятых русскими войсками во время войн со Швецией и Турцией в XVIII веке. В начале XX века эти трофеи были переданы в различные музеи России (в основном в Эрмитаж).
Сейчас в соборе находятся 42 копии трофейных шведских и турецких знамен.
С 1924 года собор стал музеем и сохраняется как уникальное произведение русской архитектуры и искусства XVIII века.
Великокняжеская усыпальница
Рядом с собором в 1908 году по проекту архитектора Д. Гримма и при участии архитекторов А. Томишко и Л. Бенуа было построено здание усыпальницы для великих князей. В ней сочетается архитектура русских купольных церквей XVII―XVIII веков, черты классического стиля и барокко.
Сейчас в здании Великокняжеской усыпальницы размещена выставка Музея истории Ленинграда, посвященная истории строительства Петропавловской крепости.
Места заключения в крепости
Сохранилось несколько казематов бастиона Зотова, дающих представление о казематах как местах заключения.
Казематы (помещения внутри крепостной стены) напоминали погреб. Кирпичные стены, часто неоштукатуренные, сводчатые потолки. Земляной пол покрыт досками. Были и каменные полы. Стекла окон закрашивались белой краской, окна заделывались толстыми решетками. Вход в каземат закрывался деревянной дверью, обитой железом.
По воспоминаниям декабриста А. М. Муравьева, у него в каземате были нары, на которых лежало какое-то лоснившееся от грязи тряпье. В одном углу находилась печка. В стену была вделана цепь с шейным кольцом. Муравьева в цепи не заковывали, но некоторые декабристы носили ножные и ручные кандалы весом до 23 фунтов (около 9,2 килограмма).
Кровать в камере декабриста В. П. Зубкова состояла из нескольких досок, соединенных железными полосами. «Соломенный тюфяк и подушка лежали на двух узких досках с большим пустым промежутком, причем одна доска была значительно толще другой. Простыня была, разумеется, из грубого холста и очень грязна. Стула не было, а стол надо было прислонять к стене, чтобы он не упал… В углу… стояла деревянная кадушка, издающая отвратительный запах».