Из крепости Ф. М. Достоевский писал: «Ненастные дни невыносимы, каземат смотрит суровее».
Достоевского не пугал ни тюремный режим, ни предстоящая каторга: его волновало, разрешат ли ему писать и печататься и не потухнет ли в заключении огонь творчества. «Неужели никогда я не возьму пера в руки?.. — пишет он брату. — Сколько образов, выжитых, созданных мною вновь, погибнет, угаснет в моей голове или отравой в крови разольется!.. Лучше пятнадцать лет заключения и перо в руках!»
О тяжести одиночного заключения, о переживании человека, за которым все время наблюдает стража через «глазок», рассказывал и Н. В. Шелгунов.
Секретный дом Алексеевского равелина существовал до 1884 года. Царское правительство выстроило новую секретную тюрьму подальше от столицы — в Шлиссельбургской крепости.
Туда и перевели узников Секретного дома вместе с имуществом тюрьмы, вместе со смотрителем Соколовым — Иродом.
В конце XIX века Секретный дом Алексеевского равелина был уничтожен. В 1895 году на его месте выстроили здание Военно-исторического архива. В настоящее время в нем находятся редакция и типография газеты ЛВО «На страже Родины».
В 60―70-е годы, когда в Петропавловской крепости содержалось много политических узников и камер и казематов не хватало, комендант крепости генерал Корсаков обратился в Главное инженерное управление с просьбой приспособить для мест заключения пустующие казематы Трубецкого бастиона. В дело вмешался великий князь Николай Николаевич. На его докладе о необходимости постройки новых арестантских помещений Александр II дал указание «исполнять немедля».
Летом 1870 года в присутствии генералитета и высшего духовенства состоялась закладка тюрьмы Трубецкого бастиона. В Трубецком бастионе была разрушена валганговая стена, и на освободившемся месте возведено двухэтажное, пятиугольное в плане, здание тюрьмы, которое прикрывала эскарповая стена бастиона. Расстояние между тюрьмой и крепостными стенами (4―4,5 метра) образовало внешний дворик тюрьмы. Высота здания такова, что его не видно из-за стен бастиона.
В 1872 году тюрьма Трубецкого бастиона стала действующей политической тюрьмой России. За период ее существования (до 1917 г.) через нее прошло около 1500 человек. Это были революционеры, находившиеся под следствием. В отдельных случаях здесь отбывали сроки политические заключенные, осужденные на каторгу. Приговоренные к смертной казни оставались в тюрьме до отправления на казнь.
Арестанта везли в тюрьму в специальной закрытой карете. Рядом с ним сидел жандармский офицер, а на передней скамейке — два жандармских унтер-офицера. Карета останавливалась сначала у подъезда Комендантского дома. Жандармский офицер в канцелярии получал пропуск, после чего карета следовала к тюрьме Трубецкого бастиона.
Первое помещение, в которое попадал арестант, — кордегардия — караульное помещение. В ней находилась наружная охрана тюрьмы. Когда проводили нового арестанта через кордегардию, солдатам давалась команда повернуться лицом к стене. Им не полагалось видеть узника. Караул в крепости несли разные полки Петербургского гарнизона.
Из кордегардии арестант поступал в приемную. «Это была довольно длинная и высокая комната, довольно неприглядного вида… — рассказывал бывший узник тюрьмы П. С. Поливанов. — В переднем углу вдоль стен тянулась глаголем длинная деревянная скамейка, перед которой стоял деревянный стол. В противоположном углу, слева, была узкая деревянная дверь, окрашенная в какую-то темную краску. Она, как оказалось, вела во внутренность тюрьмы».
При приеме арестанта присутствовал смотритель тюрьмы. В приемной арестанта подвергали тщательному и унизительному обыску.
Поливанов вспоминал: «Я снял шляпу и положил ее на стол. Стоявший рядом жандарм подхватил ее, лишь только она коснулась стола, и передал другому, тот третьему, и не успел я глазом моргнуть, как моя шляпа очутилась вне камеры. Быстрота и отчетливость этого процесса поразили меня… Видно было, что люди набили себе руку и стали артистами своего ремесла и что в этом ремесле выработались свои точно определенные приемы. Быстро, при содействии полдюжины рук, освободился я от разных частей своего костюма и еще быстрее исчезли они из моих глаз. Наконец я остался в чем мать родила…
— Садись, — буркнул кто-то, и пара дюжих рук легла сзади на мои плечи.
Я опустился на подставленный мне стул, и один из унтеров стал перебирать гребенкой мои волосы, другой шарить под мышками, третий искал, не спрятано ли чего у меня между ножными пальцами, четвертый полез ко мне в рот…