Большей стала изоляция узников от внешнего мира.
Весь режим тюрьмы, вся обстановка камер были рассчитаны на то, чтобы сломить волю и человеческое достоинство заключенных. Особенно тяжело переносилась зловещая тишина в тюрьме. В. Н. Фигнер писала: «Молчание, вечное молчание… От бездействия голосовые связки слабели, атрофировались; голос ломался, исчезал; из грудного контральто он становился тонким, звонким, вибрирующим, как после тяжелой болезни, слова плохо срывались с языка, оставляя перерывы. Наряду с этим физическим расстройством органа речи изменялась психика. Являлось настроение молчать. Кроме вынужденной необходимости — пропадал внутренний импульс — уже хотелось молчать, и, когда нужно было развязать язык, сказать что-нибудь, требовалось усилие воли, преодоление…
И чем дальше, тем тяжелее становился этот выход из одиночества, из молчания».
«…Так тихо бывает только в гробу, — вспоминал другой узник А. С. Шаповалов. — Редко, редко звякнут шпоры жандарма, медленно крадущегося по коридору от двери к двери; случайно забренчат у него ключи; застучат тяжелые засовы отворяемой двери, и затем опять все погружается в безмолвие могилы. Но тем не менее тюрьма полна своеобразной жизни, протестующей против неволи. Приложите ухо к двери камеры, приподнимите „глазок“, и вы услышите и увидите, как заключенный быстро шагает из угла в угол по своей камере. Так бьется птица в клетке. Так мечется зверь в неволе…
Как душно в этом каменном мешке, как тяжело… Как гнетут эти стены, как давит сводообразный потолок! Как ненавистна эта железная, ржавая решетка!.. Страшно хотелось разбить эти ненавистные стены, вырвать решетку и снова очутиться на воле. Но крепки стены. Толсты решетки. Зорка стража. Все бесполезно. Нельзя отсюда вырваться».
Действительно, вырваться из крепости было невозможно. За 200 лет существования политической тюрьмы из нее не удалось бежать ни одному узнику.
В 1897 году одна из заключенных — М. Ф. Ветрова — не вынесла тяжелого тюремного режима, облила себя керосином из лампы и умерла от ожогов. После этого случая керосиновые лампы заменили свечами.
С того времени начинается третий период в истории тюрьмы.
Внешне камеры изменились мало: те же железные стол и кровать, укрепленные неподвижно, тот же асфальтовый пол.
Вместо свечей в 1904 году появились над столом электрические фонари, вместо умывальника — фаянсовая раковина, парашу заменил унитаз.
В 1907 году на окнах с наружной стороны прикрепили металлические сетки, сделанные для того, чтобы на окно не могли садиться голуби. Арестанты научились приманивать птиц и к лапкам их привязывали записки. Это «зло» было замечено комендантом крепости и пресечено.
Перестукивание также всячески пресекалось. В одном из писем узников из Петропавловской крепости на волю говорилось, что за малейшую попытку перестукиваться их по неделям держат в крошечной, душной каморке на одном мякинном хлебе и воде. Зимой их заставляют спать на голом каменном полу и дрогнуть в арестантской одежде. Для наказания пускают в ход «горячечную рубашку», распиная человека на голой железной койке, отчего мучительно болят все члены, начинается онемение их, и арестант впадает в глубокий обморок. Принимались меры и для предупреждения перестукивания: арестантов старались разместить так, чтобы в камерах по соседству не было заключенных.
Узникам не разрешалось заниматься каким бы то ни было ремеслом. Хождение по камере, чтение да тяжелый сон — так томительно и однообразно проходило время заключенных. Сон скоро расстраивался, большинство арестованных страдало бессонницей.
Только в исключительных случаях разрешали писать. Записи подследственных выдавались родственникам или им самим при освобождении из тюрьмы лишь с разрешения III отделения или департамента полиции.
В конце XIX — начале XX века в большинстве случаев сроки пребывания в тюрьме не превышали полугода. Но режим ее причинял заключенным столько физических и нравственных страданий, что Петропавловская крепость не утеряла славы страшного тюремного застенка.
На первом этаже у камеры № 5 помещена тюремная азбука, с помощью которой арестанты устанавливали связь между собой. Азбука была придумана декабристами братьями Н. А. и М. А. Бестужевыми в период заключения их в Секретном доме Алексеевского равелина. В дальнейшем она совершенствовалась.
В азбуке буквы алфавита разбиты на шесть строк, каждая строка имеет пять букв. Буквы выстукивали в два приема: сначала номер строки, а затем порядковый номер буквы в строке.