В тюрьме было два карцера (на первом и втором этажах). Карцер почти в два раза меньше камеры; он отделен от коридора свободным помещением и тремя дверями.
В карцере железная кровать и небольшой металлический столик. Карцер фактически не отапливался. Обычная пища в карцере — хлеб и вода.
Сюда попадали за малейшее нарушение тюремного режима, например за пение в камере, за перестукивание. Заключали в карцер на срок от одного до десяти дней. Часто наказывали темным карцером: тогда окно плотно закрывалось металлической ставней на замок, и узник оставался в полной темноте.
О своем пребывании в карцере рассказал А. С. Шаповалов: «…как только я вошел в карцер и очутился в полной темноте, я испытал пронизывающий холод — такой, что меня тотчас начало всего трясти от озноба. В этом карцере, очевидно не топленном целую зиму, который весь промерз, впору было сидеть лишь в полушубке, шапке и валенках, а я оставался здесь почти голый — в одном нижнем белье и тонком халате…
Чтобы согреться, я начал быстро взад и вперед мерить ногами карцер, но тотчас, потеряв в темноте направление, ударился со всего маху лбом об стену. От боли у меня искры из глаз посыпались. Оправившись, я опять начал ходить, но тотчас сильно ударился ногой о железный переплет кровати. От невыносимой боли я опустился на асфальтовый пол, но немедленно должен был вскочить как от ожога: пол был холоден как лед. Итак, нельзя ни ходить, ни сидеть, ни лежать на полу. Попробовал лечь на кровать, но холодные, круглые головки железных заклепок, которыми, как орехами, было усеяно полотно кровати, состоявшее из железных полос, переплетающихся вдоль и поперек и скрепленных этими заклепками, заставили меня тотчас вскочить. Холод железа был еще чувствительнее, чем холод асфальтового пола и кирпичной стены. Я отскочил также от стен, к которым вздумал прислониться: и они были холодны как лед.
…Когда по прошествии трех суток отворили карцер и я вышел в светлый коридор, я зашатался и упал бы от бессонницы, изнурения и душевной муки, если бы меня не поддержал жандарм».
Пробыв в карцере зимой несколько суток, человек заболевал. Обычными болезнями в тюрьме были туберкулез, цинга, нервные заболевания. Тюремный врач практически ничем не мог помочь больному.
За карцером в первом этаже коридора представлены манекены тюремщиков — жандармского унтер-офицера и присяжного унтер-офицера.
В тюрьме было три рода стражи: жандармы, караульные солдаты и присяжные. Караульные солдаты назначались на суточное дежурство из всех полков Петербургского гарнизона. Присяжными были отставные унтер-офицеры, поступавшие сюда после особой присяги.
Присяжные и жандармские унтер-офицеры взаимно шпионили друг за другом: даже в камеры дежурные входили вдвоем.
Из первого этажа можно сразу выйти в тюремный дворик. Он со всех сторон окружен стенами тюрьмы. Сейчас в нем растут деревья. Они были и раньше, когда существовала тюрьма. Во дворике, по воспоминаниям заключенных, были даже кусты сирени и клумбы с цветами. Все делалось для того, чтобы подчеркнуть контраст между камерой и жизнью на свободе.
В этот дворик на прогулки выводили заключенных поодиночке, в сопровождении двух жандармов. Ходить арестанту разрешалось только вдоль тюремной стены по дорожке, выложенной плитами. Прогулки обычно давались через день продолжительностью от 10 до 30 минут. По произволу тюремного начальства режим прогулок часто нарушался.
В центре дворика находится одноэтажное здание — бывшая тюремная баня. Сюда арестантов водили дважды в месяц, тоже поодиночке.
Баня использовалась и как кузница: перед отправкой на каторгу или смертную казнь в ней заковывали в кандалы.
Экскурсионные группы осматривают кордегардию, приемную тюрьмы, камеры первого и второго периодов на первом этаже, останавливаются у камер, где висят портреты бывших узников тюрьмы, осматривают один из карцеров и выходят в тюремный дворик.
Галерея портретов узников начинается с портрета И. Н. Мышкина. В Петропавловской крепости Мышкин побывал дважды: в 1876―1878 и 1883―1884 годах. Содержался он не только в этой тюрьме, но и в Секретном доме Алексеевского равелина.
И. Н. Мышкин (1848―1885) был хорошо известен в революционной среде своими смелыми действиями. Одно из них — попытка освободить из сибирской ссылки Н. Г. Чернышевского. В 1875 году Мышкин один, в форме жандармского офицера, явился в Вилюйск, где содержался тогда Чернышевский, и предъявил исправнику подложный приказ III отделения собственной его величества тайной канцелярии о передаче ему Н. Г. Чернышевского для препровождения его в Благовещенск. Исправнику показалось подозрительным, что предъявитель документа обошел высшую местную инстанцию — якутского губернатора, и он предложил Мышкину отправиться в Якутск, приставив к нему двух жандармов. Мышкин понял, что дело проиграно, и решил отделаться от провожатых. Он застрелил одного из них, другой успел скрыться.