Мышкин не избежал ареста. Он был одним из обвиняемых в «процессе 193-х». По поручению товарищей — народников-пропагандистов Мышкин выступил на суде. В яркой речи он раскрыл причины возникновения в России революционных организаций, их цели. Суд приговорил Мышкина к 10 годам каторги. Он побывал в самых страшных тюрьмах России: Новобелгородской, Мценской, Иркутской, в Восточной Сибири, на Каре, в Петропавловской крепости.
В тюрьмах Мышкин не раз выступал против зверского режима, за облегчение участи своих товарищей. В Иркутской тюрьме он выступил с протестом во время отпевания в церкви политического заключенного Л. Дмоховского.
За произнесение речи «противоправительственного содержания» срок каторги Мышкину был увеличен до 15 лет.
В 1882 году Мышкин с несколькими товарищами бежит с карийской каторги. Бежавшие сумели добраться до Владивостока, там их опознали. После этого побега Мышкин был доставлен в Секретный дом Алексеевского равелина.
По воспоминаниям народника Попова, сидевшего в камере, соседней с камерой Мышкина, он умело обходил все строгости тюремного режима, быстро налаживал связи с товарищами. На широких полях книг религиозного содержания Мышкин писал записки обожженным концом спички, обрывал их, во время прогулок клал на определенное место. Он убеждал товарищей выступить коллективно за смягчение тюремного режима. Мышкин предлагал всем заключенным в определенное время поднять крик, бить окна, требуя выдачи книг, разрешения свиданий, переписки. Товарищи поддержали Мышкина, но протест был отложен: появилась надежда, что заключенных из крепости отправят в Сибирь. На самом деле в августе 1884 года их отправили в Шлиссельбургскую крепость.
Режим Шлиссельбургской крепости — строжайшая изоляция узников, лишение прогулок, отсутствие переписки, сырость и холод — угрожал гибелью всем заключенным.
Мышкин и здесь пытался протестовать. Он считал, что, нанеся начальству «оскорбление действием», будет вызван на суд, где расскажет о режиме в крепости и ценой своей жизни облегчит участь товарищей.
Мышкин бросил тарелку в смотрителя тюрьмы Соколова — Ирода. Гласного суда, на который рассчитывал Мышкин, не было: в период жесточайшей реакции в России 80-х годов власти решили не церемониться.
26 января 1885 года И. Н. Мышкин был казнен в Шлиссельбургской крепости.
Рядом с камерой, где помещен портрет Мышкина, витрина с аннотациями. Они напоминают о революционной борьбе 70―80-х годов XIX века в России, о революционерах-народниках, о политических «процессах 50-ти и 193-х». Здесь же можно видеть портреты участников «хождения в народ», заключенных в эту тюрьму в 1874―1878 годах, — Д. М. Рогачева (1851―1884), С. Ф. Ковалика (1846―1926), С. И. Бардиной (1853―1883), С. С. Синегуба (1851―1907), а также членов «Земли и воли», находившихся здесь же в 1877―1881 годах: М. А. Натансона (1850―1919), А. Ф. Михайлова (1853―1929), В. Ф. Трощанского (1843―1898), О. А. Натансон (1850―1881).
Выдающимся пропагандистом, человеком кипучей энергии, огромной воли, больших организаторских способностей был А. И. Желябов. С 4 по 25 марта 1881 года он находился в камере № 7.
А. И. Желябов (1850―1881) — один из видных деятелей партии «Народная воля», член Исполнительного комитета. Он считал необходимой политическую борьбу с царизмом и принял участие в организации ряда покушений на Александра II. Он же должен был руководить покушением 1 марта 1881 года. Но 27 февраля Желябов был арестован и 4 марта заключен в тюрьму Трубецкого бастиона. Еще 2 марта он узнает о состоявшемся покушении, о смерти Александра II. Один из участников событий бомбометальщик Н. И. Рысаков был арестован на месте покушения. Началось расследование дела.
2 марта Желябов подал на имя прокурора заявление, в котором просил приобщить его к делу 1 марта. Своим заявлением Желябов бросил смелый вызов только что возведенному на престол Александру III, говоря, что он ветеран революции и если бы не арест, то он, Желябов, принял бы участие в умерщвлении царя.
На суде Желябов пытался изложить программу «Народной воли», показать заслуги революционеров перед Родиной и народом. Его речь неоднократно прерывалась судьями, но то, что он сумел сказать, прозвучало грозным обвинением самодержавному строю.