В указе о предании Радищева суду Уголовной палаты разгневанная Екатерина II писала, что книга наполнена «самыми вредными умствованиями, разрушающими покой общественный, умаляющими должное ко властям уважение, стремящимися к тому, чтоб произвесть в народе негодование противу начальников и начальства, наконец, оскорбительными изражениями противу сана и власти царской».
Радищев находился в крепости на положении секретного арестанта. В каком из казематов он содержался во время следствия, неизвестно. Следствие и суд продолжались более двух месяцев. Екатерину II особенно волновал вопрос: не имел ли Радищев «сообщников к произведению намерений, в сей книге изображенных»? Вести следствие было поручено одному из «мастеров» сыскных дел — Шешковскому.
Карьера Шешковского началась с «успехов», достигнутых им допросами под пыткой. К концу 80-х годов Шешковский был полным хозяином в политическом сыске и надежным исполнителем воли Екатерины. Впрочем, по отношению к Радищеву можно сказать, что следствием руководила сама Екатерина: ею были сформулированы вопросы, на которые Шешковский требовал письменных ответов Радищева. Шешковский вызывал писателя на допросы в разное время, а когда сам уходил спать, заставлял Радищева писать бесконечные дополнения к ранее написанным ответам. Система допросов и режим содержания в крепости были рассчитаны на то, чтобы подавить узника психически, морально, физически. Радищев с честью выдержал это нелегкое испытание.
Уголовная палата, Сенат и Государственный совет вынесли Радищеву смертный приговор. Екатерина II проявила лицемерное милосердие: смертный приговор был заменен ссылкой в Сибирь на 10 лет. Радищев был закован в кандалы и отправлен за 7000 верст от Петербурга — в далекий Илимский острог.
Ни тюрьма, ни приговор, ни тяжелый путь не сломили волю Радищева. На пути в ссылку он пишет:
В Петропавловскую крепость попадали не только революционеры и вольнодумцы из дворян. Росло недовольство во всех слоях общества. Характерный пример — волнения солдат Семеновского полка, отказавшихся служить под начальством садиста полковника Шварца. Они выступили против жестоких порядков в царской армии, против палочной дисциплины, деспотизма, отражавших произвол всей системы крепостнического государства. Вместе с тем это возмущение свидетельствовало о пробуждении чувства человеческого достоинства в солдатской массе после войны 1812 года.
В 1820 году в крепость была заключена 1-я гренадерская («государева») рота Семеновского полка, самовольно вышедшая на перекличку и высказавшая своему ротному командиру жалобы на полковника Шварца. Арест роты поднял весь полк.
Около 1,5 тысячи семеновцев — весь полк — были заключены в Петропавловскую крепость. Впервые крепость стала местом массового заключения. Правительство жестоко расправилось с семеновцами: одних прогнали сквозь строй и отправили в рудники на каторгу, других сослали в северные крепости.
В 1825 году Петропавловская крепость приняла в свои казематы и в Секретный дом Алексеевского равелина декабристов.
Именно с восстания декабристов начинал В. И. Ленин периодизацию русского освободительного движения. Оно «прошло три главные этапа, соответственно трем главным классам русского общества, налагавшим свою печать на движение: 1) период дворянский, примерно с 1825 по 1861 год; 2) разночинский или буржуазно-демократический, приблизительно с 1861 по 1895 год; 3) пролетарский, с 1895…» Наиболее выдающимися деятелями первого, «дворянского» периода В. И. Ленин считал декабристов и А. И. Герцена, который так оценивал своих предшественников: «…богатыри, кованные из чистой стали с головы до ног, воины-сподвижники, вышедшие сознательно на явную гибель, чтобы разбудить к новой жизни молодое поколение и очистить детей, рожденных в среде палачества и раболепия».
Мировоззрение декабристов складывалось под влиянием русской действительности. Деспотизм и произвол самодержавия, отсутствие законности, забитость народа, крепостное рабство — все это являлось тормозом дальнейшего экономического развития России. Декабристов вдохновляли идеи А. Н. Радищева и русских просветителей XVIII―XIX веков, идеи французской революции XVIII века. Отечественная война 1812 года, участниками которой были многие из них, способствовала подъему и пробуждению национального и политического самосознания русских людей.
В 1821 году возникают революционные декабристские организации: в Петербурге — Северное и в Тульчине на Украине — Южное тайные общества. Главными целями обществ были освобождение крестьян и установление в России новой формы правления. Декабристы не раз обсуждали вопрос об открытом выступлении и готовились к нему. Но обстоятельства сложились так, что им пришлось выступить неожиданно.