Было сделано несколько выстрелов из орудий. Площадь, набережная, прилегающие улицы, лед Невы были завалены телами. Так закончилось восстание декабристов. Несмотря на поражение, значение его в революционной истории страны огромно. «В 1825 году, — писал В. И. Ленин, — Россия впервые видела революционное движение против царизма…»
По делу декабристов было привлечено около 600 офицеров и гражданских чинов и 2500 солдат. Из них около тысячи прошли через Петропавловскую крепость.
В ночь на 15 декабря 1825 года сюда были доставлены первые арестованные — А. Н. Сутгоф, Д. А. Щепин-Ростовский, К. Ф. Рылеев. Затем последовали аресты и заключение в крепость Д. И. Завалишина, И. Д. Якушкина, П. Г. Каховского, И. И. Пущина, А. И. Одоевского, С. П. Трубецкого и других.
Следствие по делу декабристов возглавлял сам Николай I. Допросы велись сначала в Зимнем дворце. По воспоминаниям декабристов, дворец напоминал тогда полицейскую управу, где царь ругался, увещевал, льстил. Декабрист А. М. Муравьев рассказывал: «Какими красками описать отвратительный вид, который представлял царь и его дворец в эти часы, посвященные мести?! Можно было видеть офицеров в полной форме, со связанными за спиной руками, с оковами на ногах, являвшихся так перед новым императором! А он, с угрозами и проклятиями на устах, допрашивал их, даруя прощение, которое не выполнял».
После допросов декабристов отправляли в крепость с записками царя коменданту, как содержать заключенных. Их бросали в Секретный дом Алексеевского равелина и в казематы куртин и бастионов.
Одновременно с офицерами в крепость стали поступать арестованные солдаты. Их размещали по нескольку человек в одном каземате.
Следствие над декабристами велось полгода. Николай I в июне 1826 года писал брату Константину: «В четверг начался суд, со всей подобающей торжественностью. Заседания идут без перерыва с 10 часов утра до 3 часов дня, и несмотря на это я еще не знаю, приблизительно к какому числу может кончиться. Затем последует казнь — ужасный день, о котором я не могу думать без содрогания. Предполагаю произвести ее на эспланаде крепости».
По приговору пятеро — П. И. Пестель, К. Ф. Рылеев, П. Г. Каховский, М. П. Бестужев-Рюмин, С. И. Муравьев-Апостол — были приговорены к смертной казни через повешение. Более 100 декабристов ссылалось на каторжные работы в Сибирь. Солдат-декабристов прогоняли сквозь строй и отправляли в действующую армию на Кавказ.
О приговоре декабристы узнали 12 июля 1826 года в доме коменданта крепости. В их воспоминаниях рассказывается, что в Комендантском доме находились священник, лекарь и два цирюльника на случай оказания врачебной помощи. Но она не потребовалась: декабристы мужественно встретили приговор.
Николай I, вникая во все детали процесса декабристов, будучи сыщиком, тюремщиком и судьей, взял на себя и роль палача.
В бумагах начальника Главного штаба И. И. Дибича, через которого Николай I посылал суду распоряжения, был найден листок с описанием проведения казни, на обороте его — схема расположения войск. Это — записка о казни декабристов, составленная если не самим Николаем I, то при его ближайшем участии. В записке, адресованной генералу П. В. Голенищеву-Кутузову, которому было поручено провести казнь, говорилось: «В Кронверке занять караул. Войскам быть в три часа. Сначала вывести с конвоем приговоренных к каторге и разжалованных и поставить рядом против знамен. Конвойным оставаться за ними, считая по два на одного. Когда все будет на месте, то командовать на караул и пробить одно колено похода, потом господам генералам, командующим эскадроном и артиллерией, прочесть приговор; после чего пробить два колена похода и командовать на плечо, тогда профосам сорвать мундиры, кресты и переломить шпаги, что потом и бросить в приготовленный костер. Когда приговор исполнится, то вести их тем же порядком в крепость; тогда взвести присужденных к смерти на вал, при коих быть священнику с крестом.
Тогда ударить тот же бой, как для гонения сквозь строй, докуда все не кончится; после чего зайти по отделениям направо и пройти мимо, и распустить по домам».
В соответствии с распоряжением Николая I в ночь на 13 июля 1826 года на территорию Кронверка были введены войска.
Вначале состоялась гражданская казнь.
Всех осужденных на каторгу (кроме морских офицеров, гражданская казнь над которыми происходила в Кронштадте) построили и под конвоем вывели на Кронверк. Большинство офицеров было в мундирах, со знаками отличия, с орденами. Декабристов построили внутри четырехугольника войск. Началось чтение приговора. В знак гражданской смерти над головами осужденных ломали шпаги. Сорвали мундиры, ордена — все это сожгли на кострах. Затем осужденных на каторгу увели снова в крепость.