Об этой крепостной тюрьме тюремный врач Вильмс как-то сказал одному из заключенных: «Я старик, и голова у меня тут поседела на службе, а не помню, чтобы отсюда куда-нибудь увозили иначе, как на кладбище или в сумасшедший дом».
В 4С-х годах XIX века узниками этой тюрьмы были петрашевцы, несколько позже революционеры-демократы, народовольцы.
Крепость в XIX и начале XX веков
Архитектурно-строительные работы, проводившиеся в крепости с начала XIX века, зафиксированы в летописи Петропавловской крепости, хранящейся в Музее истории Ленинграда. Из года в год безвестный хроникер записывал все, что делалось на ее территории, в том или ином крепостном здании. В Музее хранится и другой ценный документ - «Ведомость о крепостных зданиях», составленная в 1873 году и уточняющая время постройки ряда сооружений.
В 1800 году против Головкина бастиона сооружается двухэтажное здание казначейства, в 1822 году оно расширяется за счет пристройки. В 1801 - 1802 годах против Инженерного двора строится Артиллерийский цейхгауз.
В западной части крепости в начале 1800-х годов строятся административные и производственные корпуса Монетного двора. Его трубы высоко поднялись над стенами крепости, монументальный главный фасад оградил с запада обширную, вымощенную булыжником площадь перед домом коменданта и западным входом в Петропавловский собор.
Наводнение 1824 года принесло неисчислимые бедствия Петербургу. Полностью была залита и территория крепости. Крепостные строения оказались поврежденными; были выпучены полы, подмыты печи, стены пропитались водой. Сразу после наводнения крепость начали приводить в порядок. Вскоре были засыпаны каналы, отделявшие равелины от ворот крепости.
В 1839 году по проекту архитектора Куцы в северной части крепости строится одноэтажное здание для хранения мер и весов, позднее надстроенное и приспособленное под офицерское собрание. В 1844 году против Аннинского кавальера возводится каменная кладовая для хранения денежных фондов, огражденная высокой металлической решеткой. В 1837 году перестраивается дом, где размещалась тайная канцелярия, в 1843 - 1844 годах надстраивают Плац-майорский и Обер-офицерский дома.
В 1828 - 1832 годах ведутся работы по переделке северных стен и бастионов, остававшихся кирпичными. Первоначально их предполагалось, как и южные, облицевать гранитом. Но на большие затраты правительство не пошло. Была обновлена кирпичная кладка и, так же как у южных стен крепости, уклон стен снаружи с 70° доведен до 85°, а верхняя часть их - бруствер стал почти вертикальным. (На отвесных стенах влага меньше задерживается и меньше разрушает их.) Два яруса бойниц - бойницы верхнего и подошвенного боя, согласно новым военным требованиям, были заменены одним рядом более широких бойниц примерно на середине высоты стен 1. [1 В. А. Б у т м и. Перестройка Петропавловской крепости в 30-х гг. XIX века. Историческая справка. Рукопись. Государственный музей истории Ленинграда.]
В 1850-х годах работы развернулись на территории кронверка, валы которого к началу XIX века настолько обветшали и были в таком запущенном состоянии, что в «Санкт-Петербургских ведомостях» даже появилось извещение о сдаче в аренду сенокоса на его бастионах и валах.
Во время Крымской войны (1853 - 1856 гг.) царское правительство вспомнило о Петропавловской крепости как об оборонительном сооружении. Крепость привели- в боевую готовность, увеличили число орудий и количество артиллерийских запасов. На территории кронверка было выстроено большое, дугообразное в плане здание, превращенное вскоре в главный арсенал страны (ныне Военно-исторический музей артиллерии, инженерных войск и войск связи). Проект этого здания принадлежал архитектору П. И. Таманскому.
В 1858 году колокольня и шпиль Петропавловского собора были окружены лесами и прежняя деревянная обветшавшая конструкция шпиля заменена новой, металлической. Она была создана по проекту талантливого инженера Д. И. Журавского.
Но царское правительство думало не только об украшении собора и крепости. Самодержавной власти уже давно не хватало камер тюрьмы Алексеевского равелина. Так, в 1820 году, когда чуть ли не весь Семеновский полк, восставший против деспотизма и жестокости своего командира, бросили в Петропавловскую крепость, солдатами полка была заполнена и Никольская куртина. После подавления восстания 14 декабря 1825 года декабристы были заключены не только в Алексеевский равелин, но и в казематы Зотова и Трубецкого бастионов и казематы Никольской, Крон-Ееркской и других куртин.