Во второй половине XIX века репрессии царского правительства против растущего революционного движения еще более усиливаются.
В 1870 - 1872 годах в пятиугольном дворе Трубецкого бастиона сооружается здание новой секретной тюрьмы. Имена лиц, причастных к сооружению этого нового застенка, нанесены на закладной доске, которая была помещена в основании тюремного здания. На первом месте имя самодержца Александра II, затем следуют имена великого князя Николая Николаевича, военного министра, коменданта крепости.
Секретная тюрьма Трубецкого бастиона, построенная по проекту и под руководством военного инженера Пасыпкина «по всем правилам строжайшей тюремной изоляции», заменила срытую в 1884 году тюрьму Алексеевского равелина. И в центре города на одном берегу НеЕы возвышались чертоги царя - блестящий Зимний дворец, а на другом - «гнусный памятник самодержавия» - Петропавловская крепость, ставшая теперь по сути только политической тюрьмой.
Толстые каменные стены пятиугольного здания тюрьмы отстоят на 3 - 5 метров от стен бастиона и лишь немного возвышаются над ними.
По периметру тюрьмы шел широкий коридор, окна которого обращены в небольшой замкнутый пятиугольный двор. По другую сторону коридора в обоих этажах были расположены 69 одиночных камер с тяжелыми сводчатыми перекрытиями, толстыми каменными стенами и асфальтовым полом. В каждой камере было четыре предмета - кровать, стол, табурет и параша.
Условия заключения в тюрьме Трубецкого бастиона были ничуть не лучше, чем в Алексеевской равелине. Наоборот, тюремные смотрители и следователи здесь еще более жестоко обращались с узниками. В тюрьме было два карцера, куда заключенных помещали за малейшее нарушение тюремного режима.
8 февраля 1897 года в знак протеста против тюремного режима покончила самоубийством народоволка Мария Ветрова. Она облилась керосином из светильника, подававшегося вечером в камеры, и подожгла себя. В страшных мучениях Ветрова умерла. С тех пор в камеры стали выдавать свечи, и по вечерам особо следили за поведением заключенных. Электричество в камеры провели лишь в 1904 году.
В последние годы XIX века и в начале нашего века комплекс Петропавловской крепости пополнился еще несколькими сооружениями. На территории Алексеевского равелина, примерно на месте снесенного Секретного дома, е 1895 году было выстроено дугообразное в плане здание для военно-исторического архива и три административных флигеля.
В 1908 году рядом с удивительно стройным силуэтом собора появился приземистый купол великокняжеской усыпальницы и дом для церковнослужителей.
В 1907 - 1908 годах была перестроена гауптвахта. Ранее одноэтажное здание надстроили, и фасад его украсил стройный четырехколонный портик.
Это были последние штрихи в формировании архитектурного облика крепостного ансамбля.
Творения искусных мастеров
В создании ансамбля Петропавловской крепости, складывавшегося на протяжении более двух столетий, участвовали многие архитекторы - Иван Зарудный, Александр Вист, Николай Львов, Антонио Порта, инженеры - Герман фан Боллес, Дмитрий Журавский, живописцы - Андрей Матвеев, Иван Меркурьев, скульпторы - Конрад Оснер, Николай Пино и многие другие. Но первым среди них следует назвать архитектора Доменико Трезини (1670-е - 1734 г.). Если композиционная идея проекта крепости исходила от Петра I, инженерная часть принадлежала специалисту-фортификатору Жозефу Ламберту, то осуществлением проекта в камне ведал архитектор Доменико Трезини. Он воспроизводил замысел Петра в натуре и разрабатывал чертежи всех остальных строений в крепости. Его творческому гению принадлежат ее важнейшие архитектурные сооружения - Петропавловский собор, Петровские ворота, кавальер, Обер-комендантский дом.
В одной из записок, переданных царю в 1724 году, зодчий писал, что кроме нескольких зданий в городе он выстроил «каменное строение Санкт-Петербургской фортификации и касающееся в той фортификации всякое (курсив мой. - В. П.) строение»1. [1 Центральный государственный архив древних актов (ЦГАДА), ф. Канцелярии от строений, оп. 73/187, кн. 28, лл. 723 - 725.]