Именно такой, с одним шпилем, церковь изображена на гравюре Ф. Н. Никитина, исполненной в 1705 году. Эта гравюра - одно из первых изображений крепости и храма.
После Полтавской баталии 1709 года и после взятия в 1710 году Выборга молодому городу на Неве была обеспечена полная безопасность. Наряду со строительством Самсониевской церкви в память недавней победы над шведами под Полтавой перестраивается и несколько видоизменяется крепостная церковь. На гравюрах 1712 года она изображена по-прежнему деревянной, но уже с двумя фланкирующими вход башнями, фигурным куполом и колокольней со шпилем над серединой здания. На планах крепости тех лет храм имеет крестообразную форму. Описание церкви, исполненное первым историографом Петербурга А. И. Богдановым, совпадает с этими новыми ее изображениями. Богданов пишет, что церковь «видом крестообразная о трех шпицах, на которых шпицах по воскресным дням и праздничным подымалися вымпелы, расписана была под каменный вид желтым мрамором…»1 [1 Г. Богданов. Историческое, географическое и топографическое описание Санктпетербурга…, стр. 34.]
Неизвестно, кто был автором проекта первой деревянной церкви, но в отношении второй можно предполагать, что она была создана Доменико Трезини. Ведя все строительные работы в крепости, Трезини не мог не заниматься крепостным храмом. Именно его участие в известной степени может объяснить нерусский характер композиции храма.
Новую столицу России не могла удовлетворить деревянная церковь - ей нужен был каменный и достаточно представительный храм. Такой храм и был заложен летом 1712 года.
После закладки нового храма деревянная церковь еще долго оставалась внутри его медленно возводившихся каменных стен.
Строившийся храм по виду и плану не был похож на традиционные русские четырехстолпные, крестово-купольные, шатровые или пятикупольные православные церкви. Он представлял собой удлиненное с запада на восток прямоугольное здание, внутреннее пространство которого расчленяли мощные пилоны на три пролета, почти равные по ширине и одинаковые по высоте. Такой тип культовых зданий в западноевропейском зодчестве называется зальным, в отличие от базили-кального типа храмов, у которых при том же плане средний пролет обязательно выше и часто шире боковых. Над западным фасадом и главным входом в церковь должна была подняться высокая колокольня со шпилем, а ближе к пристройке алтарной части - восточному концу здания - должен был быть размещен купол на высоком барабане.
Зальная композиция возводимого собора была едва ли не первой в России. Но для городов Прибалтики она была типичной. Петр побывал в Ревеле (ныне Таллин), Риге и других прибалтийских городах. Учитывая сходство природных условий этих городов и строящегося Санкт-Петербурга, он стремился сделать город на Неве похожим на прибалтийские города, раскинувшиеся на низких приморских берегах и имеющие живые силуэты за счет высоких башен и шпилей на храмах, гильдейских и ратушных зданиях. Петр хорошо знал зальные храмы - Иоанновскую церковь в Нарве, превращенную в 1704 году по его распоряжению в православную церковь Александра Невского, храм немецкого прихода в Нарве, по его приказу тоже преобразованный в Спасо-Преображенский собор, Михайловскую, или шведскую, церковь в Ревеле и другие.
Обращает на себя внимание тот факт, что в прибалтийских городах, вошедших в состав России, Петр I превращал в православные церкви именно зальные, а не базиликальные постройки, считая их, очевидно, наиболее подходящими для православных церквей. Возможно, это в какой-то степени и объясняет появление в только что возникшем городе на Балтике именно зального храма.
Проект Петропавловского собора разработал архитектор Доменико Трезини, он же осуществил его полностью в натуре.
Если стены церкви возводились без торопливости, то с постройкой колокольни Петр очень спешил. 24 января 1715 года перед отъездом за границу он писал князю А. М. Черкасскому, возглавлявшему Канцелярию городовых дел и фактически ведавшему всем строительством в крепости, чтобы колокольню, «которая в городе (в крепости. - В. П.), как возможно скорее отделать, дабы в будущем 1716 году возможно на оной часы поставить, а церковь делать исподволь» 1. [1 П. Н. Петров. История Санк-Петербурга с основания города… 1703 - 1782. СПб., 1884, стр. 169.]