Пино писал, что он нарисовал все декорации в большом зале Зимнего дворца, где сначала стоял гроб Петра I, и надзирал за мастерами при исполнении этих декораций, «чем был занят 6 недель дневно и ночию вкупе с живописцем Каравакою, резчиком Симоном и столяром Мишелем», и что большая лестница с балкона на набережную «с лица для выходу во время помпы через меня состроена была»2. [2 Дени Рош. Рисунки Николая Пино, предназначенные для России. Журн. «Старые годы», 1913, май, стр. 15.]
Архиепископ Феофан Прокопович, принимавший участие в составлении «Истории Петра Великого», над гробом царя произнес речь, в которой отдал дань Петру, проложившему новый путь развития России, основателю города на Неве, крепости и собора.
Набальзамированное тело Петра в запаянном медном ковчеге находилось здесь почти до окончания постройки храма и было предано земле лишь в 1731 году.
С той поры Петропавловский собор стал усыпальницей русских императоров и императриц.
Пока высокий шпиль собора не имел громоотвода, он не раз страдал от грозовых разрядов. Так, 26 июня 1735 года в шпиль ударила молния. Однако начавшийся пожар быстро погасили. 19 июля 1748 года повреждения собора от молнии были значительными. Электрический разряд пробил своды и опалил росписи и позолоту иконостаса. В связи с восстановительными работами И. Сляднев «с учениками» по поручению Канцелярии от строений сняли план фасада и профиль соборной церкви. Эти документы сыграли важную роль при восстановлении собора в 1756 году в связи с третьим и катастрофическим ударом молнии.
Гроза разразилась в ночь на 30 апреля. От удара молнии загорелся деревянный каркас шпиля; пожар заметили, когда справиться с огнем было уже невозможно. К утру сгорели все деревянные части здания - шпиль, вершина колокольни, стропила крыши и купол. От сильного жара расплавились колокола, погибли часы. Обломки горевших стропил и сорванные вихрем кровельные листы, падая, разрушили беломраморную паперть. Внутрь собора пламя не проникло, но от высокой температуры пострадало его убранство. При поспешной разборке был поврежден иконостас.
Вот как описывает пожар свидетель его Андрей Иванович Богданов: «И сего 1756 года апреля 30 дня в 1-м часу пополуночи, ударил гром в Петропавловскую колокольню, и от того учинился великий пожар, и в 3-м часу явился огнь наружу, который уже весьма разродился и виден стал быть всем, в чем знатно, что оного ко утушению преодолеть было невозможно. Итак, божиим благоволением, Петропавловский собор совсем сгорел. Впрочем, утварь церковная вся в целости вынесена. Иконостас, который был превосходной резьбы и архитектуры и богатой позолоты, хотя оный и весь выбран, но на многие и дробные части разломан, который к исправлению своему, как чаятельно было всем, едва исправлен в совершенство в надежде не имелося.
Часы, ох жаль!… Итак царствующий С.-Петербург ныне без органных часов остался. Впрочем, церковь каменным своим строением вся в целости осталась» 1. [1 А. А. Титов. Дополнение к историческому, географическому и топографическому описанию Санктпетербурга с 1751 по 1762 год, сочиненное А. Богдановым. М., издание П. А. Фокина, 1903, стр. 131 - 132.]
Решение о восстановлении здания с колокольней последовало немедленно. Уже 2 мая комиссия из крупнейших петербургских архитекторов и мастеров разных специальностей осматривала «погорелую Петропавловскую церковь». В комиссии были архитекторы М. Башмаков, А. Вист, Дж. Трезини, С. Чевакинский и другие.
Комиссия установила, что каменные части здания надежны и что надо восстановить только уничтоженные огнем деревянные конструкции. При этом было высказано пожелание: «Во избежание повторения пожаров шпиль, крышу и купол нужно построить вновь, не употребляя нигде дерева», только из огнестойких материалов: железа и кирпича. Восстанавливать собор решено было в прежнем виде.
14 мая пришло распоряжение императрицы Елизаветы Петровны во что бы то ни стало отремонтировать собор к престольному празднику - к 29 июня. Естественно, что меньше чем за полтора месяца можно было выполнить только первоочередные работы. К указанному сроку был восстановлен интерьер: окрашены стены и пилоны «под мрамор», восстановлены росписи на сводах, собран и заново позолочен иконостас. Ни крыша, ни купол, ни тем более колокольня так быстро восстановлены быть не могли.