Основной корпус Обер-комендантского дома был в плане прямоугольным, западный фасад его обращен к большому внутреннему двору, образованному одноэтажными службами, с трех сторон схватывающими его. От главного корпуса служебные флигеля, где находились кухня, ледник, конюшня, каретник и т. д., отделились воротами. Через эти ворота подъезжали к парадной лестнице, два наружных марша которой с разных сторон вели прямо в вестибюль второго этажа. Рядом с вестибюлем находился приемный зал. Ему соответствует чуть заметно выступающая средняя часть главного фасада с тремя окнами.
Напротив парадной лестницы, в западном служебном флигеле находились третьи ворота.
Почти сразу после окончания постройки здание стали расширять. Сначала появились пристройки со стороны дворового фасада. В 1750 году расширили весь главный корпус, и наружная фигурная лестница оказалась теперь внутри здания. В 1837 году выстроили помещения над воротами. Коренные изменения были внесены в 1892 году: одноэтажные служебные корпуса надстроили до уровня главного. Причем оформили их, придерживаясь архитектурных форм главного корпуса. Также рустами были отделаны углы, фигурные наличники украсили окна второго этажа. В итоге перед нами здание, выдержанное в стиле барокко. Вот почему Обер-комендантский дом родствен по архитектуре Петропавловскому собору, с южным фасадом которого он образовал как бы кулисы дороги, идущей от Петровских ворот к площади, раскинувшейся перед главным фасадом Монетного двора.
В Комендантском доме неоднократно менялась планировка: каждый вновь назначаемый комендант предъявлял свои требования, согласно которым и велись те или иные переделки.
Стены этого дома немало повидали на своем веку. Они являются безмолвными свидетелями беспримерной стойкости многих революционеров.
В 1794 году в Комендантском доме находился под арестом тяжело раненный в битве под Мацеёвицами непоколебимый борец за независимость Польши Тадеуш Костюшко, с именем которого связано польское национально-освободительное движение. Известно, что восстание, начавшееся 24 марта 1794 года в Кракове, в результате измены крупной шляхты и превосходства объединенных сил царской России, Пруссии и Австрии кончилось поражением, а его идейный вдохновитель Костюшко был пленен и препровожден в Петропавловскую крепость, где пробыл около двух лет.
Позднее здесь же, в Обер-комендантском доме, велось следствие по делу декабристов.
Об этом мы находим интересные сведения в записках декабристов, в частности И. Д. Якушкина. Он писал, как однажды плац-адъютант Трусов вошел к нему в камеру и, накинув на его голову платок, повез в дом к коменданту. «Тут, - вспоминал Якушкин, - из рук его кто-то принял меня и посадил за ширмы, несмотря на которые и на платок, я мог видеть прислугу, носившую блюда в соседнюю комнату.
Около полуночи меня взяли за руки и повели в те комнаты, в которых перед этим ужинали. В первой из этих комнат я ничего не мог видеть сквозь платок, кроме множества свечей и столов, за которыми сидели люди и писали. Из этой комнаты меня привели в до-еольно большую залу, также очень ярко освещенную. Руку мою опустили, я остановился, и с меня сняли платок.
Я стоял посреди комнаты, в шагах 10 от меня стоял стол, покрытый красный сукном. На крайнем конце его сидел председатель следственной комиссии Татищев, рядом с ним великий князь Михаил Павлович; сбоку от Татищева сидел князь Голицын (Александр Николаевич) и Дибич; третий стул был порожний (Левашева), четвертое место занимал Чернышев… Когда сняли с меня платок, с минуту во всей комнате продолжалось молчание. Наконец, Чернышев махнул мне пальцем и иесьма торжественным голосом сказал: «Приближьтесь». Подходя к столу, я нарушил моими цепями тишину в комнате. Начался опять формальный допрос» 1. [1 «Записки, статьи, письма декабриста И. Д. Якушкина», М., Изд-во АН СССР, 1951, стр. 71-72.]