Изменил Заратуштра и представления людей о богопочитании и молитве. Он первым убедил соплеменников в том, что для общения с Верховным Богом не нужны церкви и храмы, не нужны изваяния Бога и иконы, а нужна только внутренняя духовная нить, связующая каждого человека с Творцом. Молитва стала медитацией — погружением в мир бестелесных сущностей, в мир духов и мир умерших предков. Молитва-медитация — это великий труд души, призванный преодолеть множества препятствий и затруднений. Только поборов низменные желания своего плотного и астрального тела, воплощенная душа может преодолеть земные препятствия. Только так можно достигнуть подлинного просветления, душевного и телесного здоровья и долголетия при жизни, а после смерти тела — блаженного бытия души на райских планетах.
Такая новая молитва Заратуштры сделала совершенно бессмысленным ритуал кровавых жертвоприношений животных перед образами божества. Сама идея жертвоприношения — отказаться от части земных благ ради небожителей, чтобы те воздали приносителю жертвы соответствующими благами в этом плотном мире, — обесценилась. «Всевышнему Богу угодны лишь готовность обладателя души пожертвовать для Него телом и добродетельный, просветленный настрой самой души», — так говорил Заратуштра. Новая молитва не требовала строительства церквей и храмов. «Церковь не в бревнах, а в ребрах», — поучал Заратуштра своих последователей.
Соплеменникам Заратуштры было трудно сразу перейти к новому способу молитвы и богослужения. Духовные усилия, напряженная работа над худыми и пошлыми качествами собственного характера даются людям очень тяжело. Для того чтобы оправдать собственную лень, люди называют свои плохие черты характера хорошими, а хорошие желания — плохими. Усилия по очищению души от эгоистических желаний предполагают наличие в человеке силы воли и особый настрой души. Об этом Заратуштра без устали твердил в своих проповедях и молитвах, называемых «гаты». Гаты — это стихи Заратуштры, взывающие к Единому и Неделимому Богу. В гатах поэт-пророк использует внушение, самогипноз, воздействие повторяющихся звуков молитвы на подсознание. Через несколько лет подсознание молящихся людей воспринимает молитву Заратуштры как приказ для исправления нехорошего характера в лучшую сторону. И когда подсознание включается, то молящиеся зороастрийцы начинают постепенно выздоравливать и меняться. Вот такие «волшебные» стихи Заратуштра написал для простолюдинов, которые сами были не способны сочинить подобные молитвы. Поэтому учение Заратуштры об устройстве человеческой души и переделывании своего характера в лучшую сторону было поэтическим и реформаторским.
В своем учении Заратуштра обозначил четыре внутренние энергии, питающие душу. Первая энергия — эта ментальная, или энергия мысли. Она оценивает вещи с точки зрения их истинности или ложности. Ментальную энергию Заратуштра обозначил в именах Бессмертных Святых: Ахура-Мазда — Властелин Мысли; Спента-Манью — Святой Дух; Воху-Мана — Добрый Помысел. Ментальная энергия мысли в учении Заратуштры не только дает имя будущей вещи, но и творит саму вещь. Причем Святой Дух и Добрый Помысел не были чем-то отдельным от Единого Бога, они были качественными аспектами Властелина Мысли. Как, например, Солнце излучает свет и тепло, так и Ахура-Мазда излучает из себя Спента-Манью и Воху-Ману. Первую энергию души Пифагор для себя отметил как энергию раскрытой теменной чакры — Сахасрары.
Вторая энергия — энергия наития, или интуиции. Интуиция — это прямое знание Истины, восприятие мира не через рассудок и чувства, а через дух, через надсознание. Наитие помогает постигать явления, происхождение которых неясно рассудку, которые не может объяснить логический ум. В доктрине Заратуштры интуиция соединена напрямую с Добрым Помыслом. Развитую интуицию Пифагор представил для себя в виде энергии открытой чакры шишковидной железы.
Третья энергия души — это чувство, определяющее ценность вещей, чувство, измеряющее человеческие отношения, приемлемые или неприемлемые для воплощенной души. Такая душевная энергия связана с подсознанием, она обозначена Заратуштрой священным именем Арта-Вахишта. Или мы можем назвать ее — Наилучшее Суждение, Здравое Суждение, Правосудие, Правда. Эту энергию души Пифагор для себя обозначил энергией открытой сердечной чакры — Анахаты.
Четвертая душевная энергия — это ощущение, позволяющее воспринимать все вещи так, как они существуют сами по себе в действительности, в нейтральном состоянии по отношению к человеку. Эту энергию Заратуштра обозначил двумя священными именами: Спента-Армайти — Святая Покорность и Хшатра-Варья — Желанное Господство. Четвертую энергию Пифагор представил себе как энергетический столб, образованный излучением множества малых чакр, расположенных между солнечным сплетением и пупком.