Мать Пифагора, Парфенис происходила из знатной семьи, ведущей свой род от самого Анкая. Знаменитый Анкай, о котором упоминал в своих песнях Гомер, был царем славных племен лелегов. Эти народы пришли из Атлантиды и заселили побережье и острова Эллады еще до прихода греческих племен. По преданию, Анкай был сыном самого Посейдона, и поэтому превосходил прочих людей мудростью, славой и добродетелями.
Отец Пифагора славился не только талантами резчика и огранки драгоценных камней, у него было много других добродетелей, среди которых доброта, соучастие и сострадание к ближним являлись главными. Мнесарх был богатым финикийцем, родом из города Тира. В старом добром Тире отец Пифагора долгое время работал резчиком драгоценных камней для перстней и гемм, а затем специализировался на огранке изумрудов. Потом случилось так, что Мнесарх стал успешным хлеботорговцем. Однажды на острове Самосе и во всей Ионии произошел неурожай зерновых. В этот год Мнесарх приплыл из Тира на остров Самос по своим ювелирным делам и устроил бесплатную раздачу хлеба голодающим. За этот благородный поступок он был облагодетельствован жрецами храма Аполлона и удостоен самосского гражданства. Здесь в храмовой роще Самоса он впервые повстречал девушку, в которую не мог не влюбиться. Парфенис также была очарована Мнесархом. Сыграли свадьбу, на которой веселились все жители города Самос. Недалеко от главного порта острова Мнесарх построил для своей семьи имение, господский дом, который был выложен из камней и облицован мрамором. Этот трехэтажный особняк с четырьмя колоннами, мраморными лестницами и скульптурами богов был окружен двухэтажными домами для прислуги, для семей обслуживающего персонала. Между постройками росли фруктовые деревья и пели золотыми голосами птицы. В этом земном раю молодожены нежно любили и лелеяли друг друга. Как говорят, они здесь жили долго и счастливо. Здесь у этих благоверных родителей появились сыновья — Евност и Тиррен. А третьему сыну Парфенис и Мнесарха — Пифагору — суждено было родиться в дороге.
Однажды добродетельный Мнесарх приехал в Дельфы с грузом драгоценных камений и неискушенная Парфенис уговорила супруга испросить у Дельфийского Оракула судьбу ювелирного предприятия. Жрица Аполлона, легендарная Пифия как бы не расслышала меркантильного вопрошания мужа о благоприятности торговли, приращивания денежного могущества и судьбе обратного путешествия. Но, войдя в трансовое состояние, оракул изрекла: «Благословен, Мнесарх, ты пред ликом богов! Жена твоя носит в себе сына, который превзойдет всех людей в красоте, силе и мудрости. Он повторит путь Гермеса, много потрудится на этой планете на благо землян. За это он претерпит от людей горечь покушений и унижений, и будет заживо сожжен вместе с учениками в своей школе в италийском городе Кротоне. Но школа, основанная твоим сыном, не погибнет. Она будет переименована в Ессейскую школу Мертвого моря и даст новых Учителей и светочей человечества. Один из последователей твоего сына по имени Иисус родится через пять веков в Вифлееме, повторит полностью его путь в Гималаях и под Пирамидами, и почит в столь же преклонном возрасте в городе Шринагаре. Люди будут поклоняться твоему сыну, как Богу...»
Мнесарх столь впечатлился данным пророчеством, что изменил имя собственной жены на Пифазис в честь Пифии. Дитя, предсказанное оракулом, родилось в солнцеликой Финикии, в набожном городе Сидоне, когда святое семейство находилось в дороге. В честь Дельфийской Пифии дитя было наречено Пифагором. Еще до рождения ребенок был посвящен своими родителями свету Аполлона. Когда Пифагору исполнился ровно год, то его мать, по заранее данному дельфийскими жрецами совету, понесла его в храм Адонаи, находившийся в Северной Африке, в Ливийской долине. Там великий жрец Адонаи благословил его.
Так Высший мир, поднявшись на ребро,
Как мусор, смел полулюдей планеты.
Лишь тот не падал, кто ваял добро,
И соткан был из творчества и света…
Много странных легенд и преданий дошло до наших дней о рождении Пифагора. Некоторые из них утверждают, что он не был обычным смертным человеком, а был одним из богов, принявших человеческий облик для того, чтобы войти в мир землян и учить человеческую расу мудрости. Многие называли Пифагора сыном бога Аполлона. Особенно впечатляет сопоставление фактов его жизни с биографией Иешу Амашшии (Иисуса Христа) и Аполлония Тианского. Например, Годфри Хиггинс в своем «Апокалипсисе» пишет, что Пифагор и Иисус «были уроженцами почти одной и той же местности. Пифагор родился в Сидоне, а Иисус в Вифлееме, оба города на Ближнем Востоке. Отец Пифагора, как и отец Иисуса, был пророчески извещен о том, что у него родится сын, который явится благодетелем и светочем человечества, за что и будет награжден мучительной смертью. Оба Учителя родились в то время, когда их родители были вне дома. Иосиф и его жена были на пути в Вифлеем для уплаты налогов, а отец и мать Пифагора путешествовали из своей резиденции на острове Самос в финикийский город Сидон по торговым делам. Пифазис, мать Пифагора, имела соитие с духом бога Аполлона, или иначе с духом бога Солнца. Произошло непорочное зачатие. Аполлон в виде огромной огненной фигуры впоследствии явился к Мнесарху и рек ему громовым голосом, что тот не должен возлегать со своею благоверной в течение девяти месяцев — то есть все время ее беременности. История та же самая, по сути, случилась с Иосифом и Марией. Из-за этих обстоятельств Пифагор был известен под тем же именем, что и Иисус, а именно как сын Бога, Яванчарья, Учитель из Эллады. И праведные люди свято верили, что Он был Божественно вдохновлен».