Фрэнсис Дрейк родился в Девоншире в 1541 г. в семье Эдмунда Дрейка (1518–1585), фермера, ставшего священником на королевской верфи в соседнем Чатеме, и его жены Мэри Милуэй. В Девоне было достаточно Дрейков, и его отец просил знатного Фрэнсиса Рассела стать крестным младенца, но безуспешно. Фрэнсис Дрейк провел юность в безвестности, возможно, из-за того, что его отец оказался втянут в религиозные споры. Уильям Кемден, британский историк и современник Дрейка, писал: «Когда он был еще ребенком, его отец, принявший протестантскую доктрину, попал под действие Закона о шести статьях, изданного королем Генрихом VIII против протестантов, и бежал со своей земли в Кент. После смерти короля Генриха он получил место корабельного священника королевского флота, где читал молитвы матросам, а вскоре после этого был рукоположен в дьяконы и назначен викарием [то есть приходским священником] церкви в Апноре».
Отец Дрейка был слишком беден, чтобы оставить сына дома, и это обстоятельство сыграло в жизни Фрэнсиса ключевую роль. «По причине своей бедности он отдал сына в ученики своему соседу капитану барка [корабля по крайней мере с тремя мачтами], и тот посвятил его во все свои дела, брал его с собой в плавания туда и обратно вдоль берега, а иногда перевозить товары в Зеландию [Данию] и Францию. Юноша… так понравился старику своим трудолюбием, что тот, будучи холост и бездетен, после смерти отписал ему свой барк по завещанию».
Испытывая нужду в деньгах, молодой Фрэнсис ступил на путь работорговли под покровительством своего кузена Джона Хокинса, видного представителя этой бурно развивавшейся в Англии отрасли. В 1562 г. они на трех кораблях отплыли из Плимута, похитили в Гвинее четыре сотни африканцев и продали их в Вест-Индию. Многие пленные погибли в пути. Но по бездушным меркам работорговли путешествие могло считаться коммерчески успешным. В следующие пять лет Дрейк и Хокинс совершили еще три путешествия в Гвинею, где захватили и обратили в рабство еще 1200 африканцев.
Летом 1568 г. Дрейк, которому было всего 27 лет, по-прежнему плавал с флотилией Хокинса. Тогда он вел уже восемь кораблей, которые направлялись с грузом из 57 рабов, награбленного серебра и драгоценностей в Англию, где надеялись получить скромную прибыль. 12 августа разразился шторм – одиннадцать дней он трепал корабли и в конце концов рассеял их. После нескольких недель скитаний по морю Хокинс и Дрейк наткнулись на испанское судно, команда которого рассказала им о гавани у форта Сан-Хуан-де-Улуа. В этом форте недалеко от Веракруса в Мексике всем заправляли испанские чиновники, нередко подвергавшие подозреваемых пыткам в церковных подземельях. Худшие опасения Дрейка по поводу католицизма подтверждались, и он решил держаться настороже. Когда Хокинс и другие английские капитаны подвели свои потрепанные суда к гавани, на них напал большой мексиканский флот. Спастись смог только корабль Дрейка «Юдифь» – что особенно примечательно, поскольку у него не было пушек.
Четыре изнурительных месяца Дрейк вел «Юдифь» через Атлантику и прибыл в Плимут 20 января 1569 г. Еще через две недели домой вернулся потрепанный Хокинс, проклинающий свои неудачи, испанцев и Дрейка, которого он объявил дезертиром. Это обвинение дошло до самых верхов, и королева Елизавета на несколько недель посадила Дрейка в тюрьму, чтобы умиротворить Хокинса и поддержать видимость того, что она не потакает пиратству. Дрейк вышел из заточения в ярости, но он злился не на королеву, чье молчаливое одобрение было ему необходимо, и даже не на Хокинса, а на испанцев. И он имел для этого все основания. Дрейк узнал, что его кузен Роберт Баррет был арестован в Мексике инквизицией, хотя местный губернатор дон Мартин Энрикес ранее дал слово, что английские искатели приключений будут в безопасности. Но затем губернатор решил, что, когда дело касается еретиков, держать слово необязательно. Он арестовал нескольких человек и бросил их в темницу. Часть из них под пытками заставили отказаться от своей веры.
Баррета ждала еще худшая участь. Его сожгли на костре. Дрейк не забыл и не простил этого чудовищного злодеяния. С того времени он глубоко презирал испанскую тиранию и вел единоличный крестовый поход против этого ползучего зла. Он своими глазами увидел, как выглядит всемирная империя испанцев, основанная на пытках и эксплуатации местных племен, и отшатнулся в отвращении. Он отказался от работорговли и поклялся, что будет искать способ отомстить (а также приобрести состояние), преследуя тех, кто торгует человеческими жизнями. Неутомимый и хитрый пират, Дрейк жил своим умом, совершал дерзкие набеги на испанские форты и брал испанцев в плен, но никого не убивал. Он говорил им, что просто «понемногу возвращает себе то, что ему причитается» за то унижение, свидетелем которого он стал в Сан-Хуан-де-Улуа.