После ухода Стрейдлинга Дампир и его люди находились в Панамском заливе. Они захватывали небольшие суда и совершали успешные рейды на побережье, никогда не нападая, однако, на важные населенные пункты. Англичане также с удовольствием охотились на крокодилов. Аллигаторы в то время для англичан были диковинными животными. «Мы застрелили нескольких, среди них один имел длину в 30 футов и был больше крупного быка, — с подробностями, напоминавшими манеру Дампира, писал об этой охоте Фаннелл. — Он был покрыт чешуей с головы до хвоста. У него была огромная пасть, полная зубов, и длинные когти на ногах. Это животное-амфибия, живущее как на суше, так и в воде. Когда они лежат на берегу, то напоминают большие поваленные деревья… Они быстро бегают по земле и обладают такой силой, что могут схватить лошадь или корову и унести ее в воду, где пожирают добычу… Индейцы не очень их боятся. Если аллигатор гоняется за ними по земле, они бегут, делая круги, и эти огромные создания не в состоянии поворачивать свои громоздкие тела столь же быстро, и поэтому индейцы легко убегают от них. Охотясь на аллигаторов, индейцы идут в воду, вооруженные куском железа наподобие гарпуна, заостренного с обоих концов, поперек которого приделаны две железные пластинки. Они держат эти приспособления в руках, и когда аллигаторы раскрывают пасти, чтобы их схватить, всовывают им в пасти куски железа наподобие кляпа. Аллигаторы кладут яйца почти по сотне штук. Их яйца размером с гусиные, но скорлупа почти такая же толстая, как у страусиных».
Как-то англичане увидели испанский фрегат. Дампир распорядился не преследовать его. Но команда настояла на нападении, не считаясь с волей своего капитана. Он фактически был отстранен от командования кораблем. Его люди вывесили на главной мачте «кровавый флаг» в знак их непреклонной воли к сражению, и корабль быстро пошел на сближение с испанским фрегатом. Команда разделилась на две группы, чтобы повысить скорострельность орудий, и добилась этого. Как сообщает Фаннелл, они отвечали 560 выстрелами на 110 вражеских. Всю вторую половину дня длилось ожесточенное сражение, в котором Дампир по-прежнему не принимал никакого участия. Наступившая темнота прервала бой. Англичане заделывали пробоины от вражеских снарядов, готовясь с рассветом вновь начать сражение. Но, когда взошло солнце, они увидели, что испанский корабль исчез. Дампир восстановил свою власть. Он повел корабль на север, к берегам Мексики, захватив по дороге 10-тонный барк, названный им «Дрэген» («Дракон»). Командиром барка он назначил Джона Клиппингтона и дал ему 21 человека.
«Сент Джордж» дал угрожающую течь, и Дампиру пришлось прервать свой путь. Англичане разбили лагерь на берегу и занялись очисткой и ремонтом корпуса своего судна.
Пока шел ремонт «Сент Джорджа», Клиппингтон отправился на пиратский промысел. Ему удалось захватить корабль водоизмещением 40 тонн. Теперь, став обладателем собственного судна, Клиппингтон решил порвать с Дампиром и плыть самостоятельно. 2 сентября 1704 г. Клиппингтон очень любезно расстался с Дампиром, но скрыл от него, что забрал с собой все военное снаряжение, имевшееся на борту «Сент Джорджа», так же как и половину, по крайней мере, продовольствия. Он захватил и патент, выданный Дампиру Адмиралтейством. Но когда Клиппингтон был уже на спасительном расстоянии от «Сент Джорджа», он смягчился и отправил Дампиру известие, что весь порох и пули, за исключением трех бочонков, он оставит у индейцев, откуда каноэ с «Сент Джорджа» вскоре их доставило обратно.
В дальнейшем Клиппингтон захватил несколько испанских судов у мексиканских берегов. Затем он пересек Тихий океан и пиратствовал в китайских водах, а после этого пришел в Индию. Там команда разбрелась в разные стороны, а сам Клиппингтон вернулся в Англию на голландском корабле.
Тем временем в Акапулько испанцы уже начали поджидать манильский галион с грузом китайских товаров. Готовился к встрече с галионом и Дампир. Он был весь в нетерпении: приближался час исполнения его «великого замысла, главного результата всего плавания». Все 64 члена его команды были вполне здоровы; разочарования и распри последних месяцев были на время забыты.
6 декабря 1704 г. громадный корабль показался на расстоянии двух лиг. Отверстия для орудий были закрыты, так как на борту судна, видимо, не опасались «Сент Джорджа». Команда испанского корабля полагала, что «Сент Джордж» — одно из судов, обычно встречавших галионы на последнем участке пути. Для англичан успех дела заключался в том, чтобы настигнуть галион до того, как испанская команда добежит до главных пушек корабля.