Благодаря огромным ссудам, предоставленным европейским монархам, Орден Храма приобрел нешуточное влияние и получил право давать стратегические советы, а в определенных обстоятельствах навязывать свои решения актуальных политических, военных или торговых вопросов того или иного королевства. Некоторые короли уважали тамплиеров и прислушивались к их советам, как, например, Стефан Английский, который разрешил им свободный въезд в Англию и Шотландию (что позволило ордену выжить в трудные времена), или Альфонс, бездетный король Арагона, завещавший тамплиерам все свое королевство.
Когда в 1133 году этот монарх скончался, тамплиеры решили отказаться от щедрого наследства в обмен на денежную компенсацию, предложенную знатными арагонцами, вероятно, чтобы не провоцировать мусульман, против которых покойный король провел почти триста сражений.
Другие монархи, более покорные папской воле, хотя также брали в долг у тамплиеров крупные суммы, или, возможно, именно поэтому, устраивали против них заговоры, в которые были замешаны и церковные власти, стремясь подорвать огромное могущество, которым обладал Орден Храма. Самым большим рвением в этой связи отличался французский король Филипп Красивый, очень много задолжавший тамплиерам. Кроме того, тамплиеры подчеркнуто демонстрировали свою власть, отменив действие французских законов на части территории его королевства, где возвышалась крепость и располагался штаб ордена. Филипп понимал, что не сможет победить орден самостоятельно, без влиятельной поддержки. Тогда он обратился за помощью к Папе Клименту V, который также был сыт тамплиерами по горло, и они договорились действовать одновременно и неожиданно.
Январской ночью 1307 года наемники Филиппа Красивого арестовали всех членов Ордена тамплиеров, которых удалось захватить врасплох. На следующий день Ватикан приказал всем подчинявшимся ему епископам, аббатам, королям и князьям, чтобы они секвестрировали имущество тамплиеров и без колебаний арестовали всех рыцарей, находящихся в их владениях.
Папа Климент официально распустил Орден тамплиеров и отлучил от Церкви всех магистров и рядовых рыцарей, отдав их привилегии госпитальерам Святого Иоанна, которые в то время представляли собой своего рода личную армию понтифика. Исполняя этот декрет, Верховный Суд Инквизиции подверг преследованию, заключил в тюрьму и вынес приговор множеству тамплиеров, обвинив их в «ереси, клятвопреступлении, содомии и сатанизме». Многие из них под пыткой признались в самых абсурдных преступлениях или умерли во время мучений. Другие провели в застенках остаток жизни или были проданы в рабство, в то время как Ватикан, Франция и другие королевства и епархии присваивали замки, феоды и прочее имущество ордена. Но сколько паписты ни рыскали по всем уголкам Европы, они не могли обнаружить баснословное состояние, которым, по слухам, владели тамплиеры. Последний Великий магистр Жак де Моле скрывался в течение четырех лет, но затем был схвачен Инквизицией, подвергнут зверским пыткам и, наконец, сожжен на костре. С точки зрения его жестоких противников и простого народа, его смерть обозначала окончательное уничтожение Ордена тамплиеров.
Тем не менее не все тамплиеры были схвачены врагами и попали в лапы Инквизиции. Во Франции многие из них нашли защиту у союза каменщиков (maçons), с которым они укрепили связи во время строительства соборов, в Испании они вступили в другие военные или религиозные ордены, а в Германии присоединились к ганзейским рыцарям-тевтонам. Но удивительнее всего было исчезновение из Лa-Рошели громадного флота тамплиеров, который испарился из порта в ту самую ночь, когда Филипп Красивый начал бесчестную облаву на рыцарей-тамплиеров.
Число и тип кораблей, которые составляли флот тамплиеров, доподлинно неизвестны, но все источники называют его «большим» и «могущественным». Также отсутствуют сведения, которые объясняли бы, как эти корабли могли так внезапно исчезнуть в самый подходящий момент. Наиболее приемлемая версия заключается в том, что руководители ордена были предупреждены об опасности своими шпионами при французском дворе или в Ватикане, и располагали несколькими часами или, возможно, парой дней, чтобы избежать опасности. Это объяснило бы, почему корабли были полностью подготовлены к отплытию и на них поднялись готовые к бегству тамплиеры. Согласно некоторым источникам, сам де Моле также взошел той ночью на корабль и был арестован четыре года спустя, когда возвращался для исполнения тайной миссии.