Различные авторы утверждают, что большой флот был разделен не менее чем на две флотилии, которые, покинув порт, поплыли в разных направлениях, чтобы сбить с толку своих преследователей. Часть кораблей направилась в Португалию, другая часть — в Шотландию, и, возможно, третья эскадра вошла в Средиземное море, чтобы укрыться на Сицилии.
Португалия была идеальным местом, где корабли тамплиеров могли, быстро покинув открытое море, укрыться от наблюдения папских кораблей, поскольку находилась относительно недалеко от Ла-Рошели. Кроме того, королевская династия Португалии, в отличие от Франции и Испании, традиционно поддерживала хорошие отношения с орденом. Под покровительством короля Альфонса IV тамплиеры основали альтернативное братство, носившие имя Ордена Рыцарей Христа, первым Великим магистром которого был сам монарх. Впоследствии Великим магистром ушедшего в подполье Ордена Храма будет принц Энрике Мореплаватель.
Известно, что принц Энрике принимал самое активное участие в первых плаваниях к берегам и западным островам Африканского континента и в географических открытиях таких португальских мореходов, таких как Васку да Гама и Педру Алвареш Кабрал. Официальной целью этих экспедиций был поиск морского пути в Индию, поскольку сухопутные караваны подвергались постоянным нападениям со стороны мусульман. Однако очень вероятно, что Энрике, как Великий магистр подпольных тамплиеров, видел древние финикийские и арабские карты, на которых был обозначен огромный неизведанный континент, расположенный к западу от Азорских островов. Возможно, он желал проверить в деле свои корабли и предоставить их капитанам возможность набраться опыта в дальних переходах вдоль берегов Африки, прежде чем отправить межокеанскую экспедицию на поиски потерянного материка. Как мы увидим ниже, мысль о подобном плавании пришла Колумбу после контакта с тамплиерами в Португалии и на Азорах.
Другие корабли из флота тамплиеров отправились в берегам Великобритании, стремясь достичь безопасных портов в Ирландии. Там они вступили в контакт с лидером движения за независимость Шотландии Робертом Брюсом, который вел войну против англичан и их сторонников. Брюс уже контролировал значительную часть территории Шотландии, и на ней не действовали ни папские буллы, ни власть Ватикана, поскольку сам Брюс был отлучен от Церкви за мятеж. Он великодушно принял тамплиеров, которые в свою очередь оказали ему поддержку в его кампании против Англии и ее местных союзников.
Хроники сообщают, что 24 июня 1314 года Брюс с шеститысячной армией противостоял двадцати тысячам английских солдат в решающем сражении при Баннокберне. Отваги и мужества восставших не хватало для того, чтобы восполнить численное превосходство противников, и чаша весов склонялась на сторону англичан. В этот момент позади арьергарда шотландцев появился взвод всадников, вступивших в бой под своими собственными знаменами. Когда англичане узнали эмблемы тамплиеров и увидели алый восьмиконечный крест на груди рыцарей, они обратились в беспорядочное бегство, уступив победу Роберту Брюсу.
После поражения англичан Шотландия стала независимым королевством, не имеющим каких-либо обязательств перед Папой. Орден тамплиеров существовал там открыто и приобрел в собственность ряд земельных наделов, большинство из которых находились к северу от Глазго. Тамплиеры процветали под защитой семьи Сен-Клер, или Синклер, владетелей Росслина, высокородных дворян датского происхождения, состоявших в родстве с Вильгельмом Завоевателем и Стюартами, королевским родом, к которому принадлежала супруга Роберта Брюса, правившим в Шотландии с 1371 года, а в Англии с 1603 по 1714 год.
Тамплиеры сражались под Баннокберном под командованием Генри Синклера, которому Брюс пожаловал княжество Росслин и Оркнейские острова. Некоторые источники указывают, что Синклер владел картами, составленными древними финикийцами и арабами, на которых были обозначены неизвестные земли, расположенные к западу от моря Океан. Великий шотландский магистр решил попытаться достичь этих земель, возможно связанных с пропавшей Атлантидой, и отправил на запад большую морскую экспедицию, о которой пойдет речь в одной из следующих глав. Другая часть его флота вышла в открытое море без заданного курса, возможно собираясь напасть в открытом море на католические корабли.
Без сомнения, те вышедшие из Ла-Рошели корабли, которые добрались до Сицилии, также нашли там надежное укрытие. В середине XI века юг Италии был завоеван викингами, которые разбили занимавших эту область византийцев и арабов. Они образовали на этих землях норманнское королевство, первым королем которого был тамплиер скандинавского происхождения Роберт Евискар. В начале следующего века его наследник Рожер II расширил свои владения и, приняв титул короля Сицилии, завел изысканный двор в Палермо. Рожер II был веселым и щедрым государем, любящим жизнь и понимающим в искусстве. Его подданные называли его le joyeux Roger (веселый Роджер). Во время его правления армия и флот Сицилии вели боевые действия под одним из знамен Ордена Храма, изображавшим череп и две скрещенные берцовые кости на черном фоне, который англичане прозвали Jolly Roger и который и сегодня можно видеть на барельефах, украшающих могилы некоторых тамплиеров в Шотландии.