На полагающуюся ему часть добычи Генри Морган смог зафрахтовать свое собственное судно, на котором продолжал сопровождать Минга в его набегах. В 1660 году они напали на Сантьяго-де-Куба и грабили город в течение целой недели, причем, прежде чем уйти, подожгли оборонительные сооружения. Два удачливых товарища продолжали плавать вместе до 1662 года, когда коммодор был призван Адмиралтейством, чтобы возглавить королевский флот, сражавшийся в Голландии. Морган принял командование, унаследовал или подделал корсарский патент, выданный Мингу, и в 1663 году принял крещение огнем. Он получил сообщение о богатом и незащищенном мексиканском местечке Сан-Хуан-де-Вильяэрмоса, которое никогда не подвергалось нападению пиратов, поскольку находилось довольно далеко от берега. Морган высадился на берег со своими людьми, подошел по суше к Вильяэрмосе и разграбил ее, не встретив сопротивления. Вернувшись с добычей, пираты обнаружили, что какая-то испанская флотилия нашла и сожгла их корабли, убив часовых. Возмущенному столь бесчестным поступком пирату удалось украсть четыре корабля в соседнем порту, с которыми он среди бела дня напал на Гран-Гранаду, пополнив свою и без того богатую добычу.
В 1667 году Генри Морган был избран адмиралом Береговых братьев, старинного братства буканьеров с острова Тортуга. Через некоторое время английское правительство поручило ему перехватить испанский флот, который предположительно направлялся отвоевывать остров Ямайка. Морган взял корабли королевского флота, но не подчинился приказу, а отправился к Эспаньоле, чтобы напасть на Пуэрто-Принсипе. Там ему не удалось захватить большую добычу, поскольку жители были предупреждены и бежали со своим имуществом в глубь острова. Намереваясь возместить свои расходы, Морган собрал на Ямайке флот из 25 различных кораблей, с которыми в 1668 году взял приступом панамский город Портобелло. Там он был окружен испанскими войсками, выдерживал осаду в течение месяца, и, в конце концов, ему удалось ускользнуть с грузом золота и драгоценных камней и выкупом в 250 000 песо (около восьми миллионов долларов по нынешним деньгам), уплаченных губернатором в обмен на обещание не разрушать город.
Слава Генри Моргана достигла уже обоих берегов Атлантики, вызывая восхищение у британцев и ненависть у испанцев. Тогда знаменитый пират решил взять передышку, воспользовавшись перемирием между Испанией и Англией. Он приобрел на Ямайке усадьбу площадью 850 акров, неподалеку от города Чеплтон, где поселился со своей семьей. Это место до сих пор носит название «долины Моргана». Но его заслуженный отдых продлился не слишком долго. Несмотря на официальное прекращение войны, испанские корсары продолжали мародерствовать на Антильских островах. Озабоченные вопросом безопасности, власти Ямайки в 1670 году обратились к Моргану с просьбой взять под свое командование все корабли, находившиеся на рейде. Прославленный пират получил в свое распоряжение огромный пиратский флот, равного которому не видело Карибское море, насчитывающий 38 кораблей и корветов, общая команда которых составляла более 2000 человек. Одного его появления хватило, чтобы корабли мародеров испарились. Морган решил их проучить на будущее и без раздумий напал на город Панаму. Испанский наместник Хуан Перес де Гусман, подготовил маневр, который считал очень хитрым и надежным. Он держал взаперти два стада волов, собираясь выпустить их против не ожидающих этого нападавших. Но в нужный момент эта военная хитрость не дала результата. Авторитетные источники свидетельствуют, что «волы были без труда обращены пиратами в беспорядочное бегство, что стало одним из самых комических эпизодов в военной истории». Сконфуженный Перес де Гусман, прежде чем покинуть город, поджег его.
Этот забавный эпизод привел в восторг жителей Ямайки, но не вызвал такой радости в Лондоне, поскольку английское правительство не желало нарушать недавно заключенный с Испанией мир. Морган был арестован за неподчинение приказу и привезен в Англию в 1670 году. Там он провел почти два года, дав подписку о невыезде и внеся в залог крупную сумму, ожидая, пока король решит его судьбу. Карл II не решился осудить героя Портобелло и Панамы, отважного патриота своей страны, которым восхищались его соотечественники. Напротив, он посвятил его в рыцари и назначил его губернатором Ямайки. Соотношение сил между европейскими державами в очередной раз изменилось, и этим назначением король доверял защиту острова лучшему из возможных начальников, ввиду вероятного нападения французского флота. Этого нападения так и не случилось, и сэр Генри Морган наслаждался своим положением более десяти лет, пока не умер естественной смертью в своем имении Чеплтон. Ему было всего 52 года, но излишества его прежней пиратской жизни безнадежно подорвали его здоровье.