С тех пор пираты действовали в Средиземном море, как им заблагорассудится. Доходило до того, что правители береговых городов и провинций заключали с пиратами договоры, предлагая им дань, провизию и укрытие в обмен на собственную безопасность, в связи с чем пираты могли найти безопасное убежище на всех средиземноморских берегах. Воодушевленные такой безнаказанностью, в 68 году до н. э. несколько капитанов, объединившись, высадились в устье Тибра и дошли по суше почти до ворот Рима, и лишь выставленная в последний момент когорта обратила их в бегство. Пираты вернулись на свои корабли и заблокировали Тирренское море, препятствуя проходу кораблей, которые везли необходимые продукты из колоний в Рим.
В результате ситуация осложнилась настолько, что умирающий от голода Рим вынужден был обратиться к авторитетному полководцу Гнею Помпею, специалисту по добыванию каштанов из огня для Республики, который уже разгромил в Испании мятежного генерала Сертория и только что подавил массовое восстание рабов, возглавленное Спартаком. В некотором смысле миссия по уничтожению пиратов казалась ему детской игрой. Сенат выделил в его распоряжение 200 боевых кораблей и доверил ему исключительную привилегию лично отобрать необходимых людей. Методичный и добросовестный вояка, Помпей разделил Средиземное море и его берега на две зоны, западную и восточную, которые, в свою очередь, подразделялись на несколько секторов. Затем его флот начал сплошную зачистку одного сектора за другим с запада на восток и за каких-то 40 дней очистил первую зону ото всех кораблей, независимо от того, какое место они занимали в пиратской иерархии. Тогда он передвинулся в восточную часть и всего через шесть недель вошел в саму Киликию, которую, проведя несколько показательных карательных операций, включил в состав Римской империи на правах провинции.
Столь блестящая кампания еще больше увеличила славу Гнея Помпея, который остался в Киликии, где раздавал земли раскаявшимся пиратам, поскольку было решено превратить их в земледельцев. Затем ему была дарована высшая власть над Малой Азией, в которой требовалось навести порядок и разрешить множество споров о границах. Возможно, он получил такое поручение, поскольку уже там находился, но похоже, что одной из причин было нежелание римских властей видеть его в столице. Деятельный стратег превосходно исполнил эту миссию и позже повторил подобный подвиг в Африке. Начиная с этого момента, его легионы стали называть его Помпеем Великим, повторяя прозвище Александра. Спустя некоторое время Помпей вошел в состав первого триумвирата, вместе с Крассом и Юлием Цезарем, неумеренные амбиции которого стали причиной произошедшей между ними гражданской войны. Осенью 48 года до н. э. Помпей попал в Египте в засаду и был убит. Его знамя поднял его младший сын, Секст Помпей, порывистый девятнадцатилетний юноша.
После подлого убийства отца Секст был объявлен его наследником и командующим немногочисленными войсками, которые оставались верными помпеянцам. После окончательной победы Юлия Цезаря в 45 году до н. э. сын его покойного соперника, не отказавшись от своего обета, бежал в Испанию, где сражался с римскими гарнизонами, размещенными на Пиренейском полуострове. Как известно, Юлий Цезарь был убит через год, в знаменитые мартовские иды, заговорщиками, возглавляемыми Брутом и Кассием. Убийцы бежали, устрашившись народного гнева, и тогда был образован новый триумвират во главе с Марком Антонием, который, решив отомстить за смерть своего покровителя, заключил союз с Секстом Помпеем, поручив ему командование эскадрой, которая должна была контролировать западную часть Средиземного моря. Однако Секст воспользовался римскими кораблями, чтобы укрепить свою собственную власть на берегах Испании. После такого оскорбления Марк Антоний сместил его с поста командующего и объявил вне закона.
Вероятно, Секст с радостью вернулся к положению изгоя. Руки его были развязаны, и он получил возможность в свое удовольствие беспокоить римские владения. Естественно, он не вернул корабли, а сформировал из них наводящий страх пиратский флот, который в течение нескольких лет держал в плотной блокаде Апеннинский полуостров. Его самой крупной операцией было взятие острова Сицилия в 39 году до н. э., что вынудило Марка Антония заключить новый договор: Секст поддержит его в его борьбе с Октавианом (будущим императором Августом) в обмен на официальное назначение его наместником Сицилии и соседних островов. Это назначение так и не было утверждено, несмотря на то что пиратские корабли Помпея преследовали корабли Октавиана и успешно провели несколько небольших сражений. Но в 36 году до н. э. Марк Агриппа, во главе могучего флота, нанес Сексту Помпею сокрушительное поражение у берегов Сицилии. Побежденный пират начал отступление в Малую Азию, но был схвачен и вскоре казнен.