Сам Дрейк вложил в предприятие тысячу фунтов стерлингов — внушительную по тем временам сумму, практически треть всех расходов. Рассчитывали, что королева отдаст ему один из своих кораблей. Но королева не захотела столь открыто связывать свое имя с «торговой поездкой в Александрию», которая могла закончиться совсем не у берегов Африки. Тогда пайщики приобрели новый восьмидесятитонный корабль «Елизавета». Дрейк снарядил «Пеликана», к тому же ему были приданы маленькая «Мэриголд» и два небольших вспомогательных судна, которые следовало потопить после того, как припасы, погруженные на них, будут использованы экспедицией. Наконец, предусмотрительный Дрейк приказал положить в трюмы кораблей в разобранном виде четыре быстрых бота. Пушки тоже до поры до времени покоились в трюмах. Питание и одежда моряков были заготовлены Дрейком тщательнее, чем обычно. Помимо сухарей и солонины — основы морского рациона — были взяты такие продукты, как чернослив, мед и сыр.
Весной 1577 года, когда приготовления к путешествию были в разгаре, адмирал (в действительности Дрейк еще не был адмиралом, просто так обычно именовали старшего из капитанов эскадры) вдруг исчез из Англии. Мало кто знал, что эти несколько недель он провел в Португалии, где встретился с крупнейшими картографами и штурманами того времени. Ему надо было раздобыть сведения из секретных лоцманских карт португальцев и испанцев и проверить, правда ли, что в Магеллановом проливе существует сильное течение, которое позволяет кораблям проходить из Атлантического океана в Тихий, но вернуться тем же проливом не дает.
Тайных лоцманских карт, связанных с путями через Тихий океан, Дрейку в Португалии достать не удалось, зато он смог встретиться со знаменитым картографом Дураде и приобрести у него новейшую и подробную карту. Достал он и общее руководство для португальских лоцманов, однако о Магеллановом проливе сведения в руководстве были краткими и ненадежными — ведь уже несколько десятилетий никто этим проливом не проходил.
Когда Дрейк вернулся из Португалии, подготовка к плаванию заканчивалась. Его пайщики были деловыми людьми и не впервые снаряжали морскую экспедицию. Загоревший под португальским солнцем, оживленный адмирал вновь окунулся в светскую жизнь, проводил весело время, уверял всех, что отдыхал где-то на юге. Но за весельем скрывалось дело: он подбирал себе спутников. С матросами было сравнительно просто, но вот кандидатов на командные должности было так много, что выбрать нужного человека и не обидеть влиятельного было труднее, чем пересечь Атлантический океан. Дрейк считал, что может полностью положиться на своего брата и на старого друга Тома Доути. Остальные были взяты, потому что их нельзя было не взять; например, как откажешь в месте Уильяму Хоукинсу, племяннику самого Джона Хоукинса, бывшего начальника и одного из пайщиков?
Наконец, Дрейк, полагая, что внешний блеск способствует росту авторитета, приказал тщательно оборудовать и украсить свою каюту, заказал у лучших портных несколько камзолов для торжественных встреч и помимо пажа (своего двоюродного брата Джона), раба-негра и лакея в дополнение к обычным в таких экспедициях трубачу и барабанщику нанял еще трех музыкантов, которые должны были услаждать слух адмирала и поднимать настроение команды.
Всего на борту пяти маленьких суденышек было сто шестьдесят четыре человека, включая ряд знатных офицеров.