Торговля с Китаем процветала в течение пятидесяти лет, прежде чем были предприняты шаги для защиты Акапулько от врагов Испании. В 1579 году Дрейк даже не пытался взять курс к берегам Акапулько, зная, что манильское судно покинет порт по крайней мере за месяц до того, как он сможет туда добраться. А в 1587 году Кавендиш, курсировавший в пределах видимости города, также понял, что галеон давно покинул порт, и даже если взять его штурмом, там будет мало чем поживиться. Во время плавания Кавендиша 30 октября 1587 года вице-король писал: «У вашего величества нет ни единого орудия [1]». Однако из соображений экономии средств никаких шагов для укрепления Акапулько предпринято не было.
Когда в конце 1614 года весть о грядущем появлении голландского пирата Спеилбергена достигла Мексики, там были предприняты лихорадочные попытки построить импровизированный форт для защиты города. Солдат и «добровольцев» согнали со всего королевства на спешное рытье траншей и возведение орудийных платформ на холме Эль-Морро, что в северной части гавани Акапулько. Численность гарнизона, обычно насчитывающего 40 солдат, была увеличена до 400 человек. Четырнадцать орудий, с большим трудом доставленные из Мехико, были как раз вовремя установлены на новых огневых позициях. Когда Спеилберген подошел к Акапулько, все работы по укреплению порта были завершены. Увидев защищенный порт, голландец счел более целесообразным испросить перемирия для обмена пленных испанцев на продовольственные запасы, нежели штурмовать город.
В 1616 году в Акапулько пришло письмо от короля (так называемая цедула), предписывающее властям Новой Испании построить фортификационные сооружения, и уже к концу того же года строительство укреплений шло полным ходом. Инженером, отвечающим за проектирование и строительство форта, был голландец Адриан Бут. Укрепленная башня, находившаяся на холме и используемая для временной защиты города при недавнем визите Спеилбергена, получила название Сан-Диего-де-Акапулько.
Это укрепление представляло собой строение неправильной формы с пятью бастионами по периметру. Строительные работы по сооружению фортификационных укреплений города были завершены 15 апреля 1617 года. В период с 1617-го по 1742 год в замке Сан-Диего было установлено от тридцати до пятидесяти орудий. Немногим позднее на берегах южной стороны гавани также были установлены орудия, так что враг на подходе к городу оказывался под перекрестным пушечным огнем. По всей вероятности, новый форт производил устрашающее воздействие на пиратов и, возможно, в 1624 году, во время «визита» Шапенама, спас Акапулько от разграбления. Насколько нам известно, больше ни одна из пиратских экспедиций не подходила к городу, хотя Тоунлей (1685 год) и Ансон (1742 год) с разведывательной целью посылали свои лодки в порт Акапулько, после чего каждый из них предпочитал ожидать прихода манильских судов в более безопасном и менее защищенном месте. В 1776 году во время землетрясения форт Сан-Диего был разрушен, но на том же самом месте построили новый замок, возведение которого завершилось в 1783 году.
Как и в Гуатулько, те немногие испанцы, проживающие в городе, среди которых были государственные чиновники и ремесленники, большую часть года проводили вне Акапулько, приезжая в порт лишь на период с ноября по апрель. Наивысшим должностным лицом был представитель короля Испании в Акапулько. Он также имел титул генерал-лейтенант побережья Южного моря и нес персональную ответственность за все части и подразделения военно-морского флота Испании на всем тихоокеанском побережье. Личный состав гарнизона, постоянно расквартированного в порту, варьировал от сорока до ста солдат с двумя или тремя офицерами. Во время же прибытия и нахождения в порту манильских судов численность гарнизона увеличивалась до двухсот или более солдат. В начале XVIII столетия в городе также действовала гражданская милиция, которую набирали из негров, мулатов и китайцев крепкого телосложения и по расовым признакам делили на группы.