Морякам и солдатам, вербовавшимся в экспедицию, дали понять, что корабли пойдут в Средиземное море, в египетский порт Александрию. Это стало известно испанскому агенту Антонио де Гарасу, однако тот, будучи опытным купцом и разведчиком, не поверил этой информации. Тем не менее, даже ему не удалось выведать, куда же в действительности отправляется Дрейк. 20 сентября 1577 года сеньор де Гарас писал королю Филиппу: «Пират Дрейк собирается идти в Шотландию… чтобы за большую сумму денег возвести на престол принца Шотландского… Они предложили капитану Бингему, знакомому его высочеству, и другим важным персонам сесть на суда, якобы предназначенные для плавания в Индии, под командованием этого моряка Дрейка, что стало для них большой неожиданностью».
Тем временем на Темзе были снаряжены два судна. Это были 16-пушечный корабль «Элизабет» и пинас «Бенедикт», вооруженный несколькими полукулевринами. Еще три судна снаряжались в Плимуте: 18-пушечный галеон «Пеликан», 10-пушечный барк «Мэриголд» и 5-пушечный флибот «Суон», предназначавшийся для транспортировки провизии.
Пока шла подготовка к экспедиции, граф Лестер уведомил королеву о раскрытии католического заговора. По его словам, заговорщики, среди которых находился испанский агент Антонио де Гарас, собирались убить Елизавету и отдать британскую корону Марии Стюарт. Королева тут же предприняла решительные контрмеры: 19 октября она велела арестовать де Гараса, и 20-го числа он был брошен за решетку. Англо-испанские отношения обострились до предела; отряды английских волонтеров под командованием Джона Норриса готовы были переправиться в Нидерланды, чтобы оказать помощь принцу Вильгельму Оранскому в его борьбе с испанской тиранией. Таким образом, политическая обстановка благоприятствовала Дрейку и его компаньонам.
19 сентября 1577 года «Элизабет» и «Бенедикт» ушли из Лондона и спустя некоторое время прибыли в Плимут, где присоединились к остальным трем судам экспедиции.
У берегов Африки
15 ноября 1577 года флотилия Дрейка покинула Плимутскую гавань, взяв курс на юго-запад. Первым шел флагманский галеон «Пеликан», на котором находился сам генерал-капитан экспедиции; мастером по навигации значился Томас Каттил. Рядом с флагманом резал форштевнем волну вице-адмиральский корабль «Элизабет», которым командовал Джон Уинтер (сын Джорджа Уинтера и племянник адмирала Уильяма Уинтера); мастером на нем был Уильям Маркхэм. Следом двигались барк «Мэриголд» под командованием доверенного лица сэра Кристофера Хэттона капитана Джона Томаса (мастер — Николас Энтони), флибот «Суон» под командованием сына лондонского мэра Джона Честера и пинас «Бенедикт», капитаном которого, по всей видимости, был старый товарищ Дрейка Томас Мун.
Общая численность команд доходила до 164 человек. Среди них, помимо моряков и солдат, находилась дюжина молодых и образованных джентльменов из знатных семей, капеллан, сапожник, портной, кузнец, плотник, бочар, хирург-цирюльник, аптекарь, несколько музыкантов и слуг. Четырнадцатилетний Джон Дрейк, кузен генерал-капитана, служил при нем пажом, а одним из слуг был марун Диего. Кроме того, в составе экипажа числился родной брат Фрэнсиса Дрейка — Томас и родственник Джона Хокинса — Уильям Хокинс.
На суда взяли полуторагодичный запас продовольствия, товары, предназначенные для меновой торговли с туземцами, инструменты, четыре разобранных на части пинаса, много холодного и огнестрельного оружия и боеприпасов.
Флагманский корабль экспедиции был построен в 1560 году в венецианских доках. Он имел двойную обшивку, две палубы и три мачты: фок— и грот-мачты несли прямое парусное вооружение, а на бизань-мачте подвешивался латинский парус. Экипаж судна насчитывал от 80 до 85 человек.
Каюта генерал-капитана имела богатое убранство; вся посуда, предназначавшаяся для его стола, и часть кухонной утвари были изготовлены из чистого серебра; во время приема пищи слух Дрейка должны были услаждать четверо музыкантов. Для чего понадобилась эта показная роскошь? Она предназначалась для того, чтобы продемонстрировать славу и богатство Англии и произвести впечатление на иностранных гостей, которые могли оказаться на борту судна в ходе экспедиции.