Дрейк опросил членов команды «Мэри». Трубач Джон Брюэр (паж сэра Кристофера Хэттона), корабельный плотник Эдвард Брайт и некоторые другие заявили, что воровал не брат генерал-капитана, а Даути. Тогда решено было обыскать каюты обоих подозреваемых. Среди вещей Томаса Дрейка ничего подозрительного не нашли, зато в каюте Даути обнаружили кое-какую мелочь, принадлежавшую португальцам и не внесенную в общую опись: пару перчаток, горсть монет и небольшое кольцо. Оправдываясь, Даути сказал, что эти вещи не имели особой ценности и были открыто, при свидетелях, подарены ему одним из португальских пленников. Принятие подобных «презентов» не считалось преступлением.
Отстранив Даути от командования призом, Дрейк приказал ему перейти на борт «Пеликана», чтобы командовать там солдатами в его отсутствие; сам же генерал-капитан временно остался на борту «Мэри». Вслед за Даути на флагманский корабль был отправлен и доверенный человек Дрейка — Джон Брюэр. Ему, по всей видимости, было поручено провоцировать Даути с целью последующей его компрометации. Брюэр успешно справился с поставленной задачей. В один из дней Даути набросился на него с бранью, употребив выражения, которые весьма задели Дрейка (по мнению некоторых авторов, Даути велел матросам стащить с Брюэра штаны и отлупить его палками). Генерал-капитан приказал Даути подойти к борту «Мэри» на шлюпке и, отказавшись выслушать его, крикнул:
— Оставайтесь в лодке, Томас Даути, ибо я отправляю вас на «Суон», где отныне вы будете содержаться под стражей!
Джон Честер, командовавший «Суоном», приставил к заключенному надзирателя в лице Хью Смита, которому было велено «не вступать с ним в беседы и не брать из его рук никаких вещей». Мастер «Суона», Джон Сэроколд, имел репутацию грубой скотины и, вероятно, должен был позаботиться о том, чтобы сделать пребывание Даути на борту флибота невыносимым.
В конце февраля корабли экспедиции достигли острова Фернанду-ди-Норонья, расположенного к востоку от побережья Бразилии, а 10 марта приблизились к Заливу Всех Святых, в глубине которого находился португальский город Сан-Салвадор-де-Баия. Здесь Дрейк хотел высадиться на берег и пополнить запасы дров и воды, но, посоветовавшись с Нуньо да Силвой, решил не рисковать: вход в залив обычно патрулировали сторожевые галеры, поэтому английские суда отошли от бразильского побережья на приличное расстояние.
28 марта «Мэри» неожиданно пропала из виду, но, как пишет Флетчер, «на следующий день, 29 марта, она нашла нас снова — к ее и нашей несказанной радости: на ней находились 28 наших людей и лучшая часть всей нашей провизии, состоявшая из напитков; ее недолгое отсутствие породило много сомнений и грусти во всей команде».
В районе тропика Козерога бразильский берег резко поворачивает на запад. Учитывая это, Дрейк приказал изменить курс с южного на юго-западный, и 5 апреля, в три часа пополудни, впередсмотрящий заметил на горизонте полосу земли. На расстоянии трех лиг от берега лот показал глубину двенадцать саженей. «Люди устали после продолжительного перехода, — сообщается в отредактированной версии записок Флетчера, — всем нужен был отдых. Но вместо этого берег как-то внезапно скрылся из глаз, все заволокло густым туманом, наступила такая тьма египетская, что корабли потеряли друг друга из виду. Затем началась буря, вода и небо смешались: казалось, дно морское разверзается. Ветром нас несло к берегу, где, как казалось, были опасные отмели. В этот час мы возблагодарили судьбу за то, что она послала нам опытного кормчего португальца… Благодаря ему мы успели вовремя повернуть назад, и только один из кораблей наскочил на мель, но благополучно с нее снялся».