Оставив три судна и призовую каравеллу под присмотром Ренса, Дрейк взял с собой в набег четыре пинаса. В них разместились 53 члена команды самого Дрейка и 20 моряков из команды его партнера. В ящики сложили оружие: мушкеты, пистолеты, мечи, пики, луки и бердыши, а также щиты.
На пятый день пути, 28 июля, они достигли острова, лежащего в двадцати пяти лигах от Пиноса. Здесь ранним утром Дрейк высадил своих людей на берег и раздал им оружие. Все утро матросы занимались строевыми учениями, а в полдень взялись за весла, чтобы до захода солнца достигнуть устья Рио-Франсиско — небольшой речки, впадающей в море в пяти лигах к востоку от бухты Номбре-де-Дьос. Как только стемнело, они двинулись дальше, стараясь не производить лишнего шума. Достигнув входа в бухту, пинасы остановились под прикрытием высокого берега, чтобы дождаться рассвета. Ночи, казалось, не будет конца. Молодые, необстрелянные спутники Дрейка начали нервничать. За мысом лежал неизвестный им город, который, в их представлении, был «таким же большим, как Плимут», к тому же полон испанских пехотинцев. Капитан стал опасаться, что его деморализованные товарищи могут не дождаться рассвета и выйдут из повиновения. Неожиданно горизонт осветила поднимавшаяся луна. Вожак решил использовать это обстоятельство и за час до рассвета объявил:
— Эй, парни, солнце встает! Пора!
Уловка сработала; люди навалились на весла. Но в этот момент случилось непредвиденное — в бухту вошло испанское судно из Севильи. Заметив подозрительные пинасы, команда судна тут же направила к берегу шлюпку. Дрейк бросился ей наперерез, вынудив отвернуть в сторону. Затем англичане высадились на берег, где прямо на пляже наткнулись на вооруженную шестью пушками батарею. Часовой, увидев незнакомцев, со всех ног бросился наутек.
— Тревога! — завопил он. — К оружию! Пираты в городе!
Город немедленно проснулся. Пока англичане сбрасывали с лафетов захваченные пушки, послышались удары церковного колокола и грохот барабанов; из домов на улицы стали выбегать кричащие от страха жители.
Выведя из строя береговую батарею, Дрейк велел двенадцати матросам охранять пинасы, а с остальными устремился на холм, возвышавшийся на восточной окраине. Там, по его данным, испанцы собирались установить пушки, ядра которых могли достичь любой точки в городе. Убедившись, однако, что никаких пушек на холме нет, Дрейк быстро спустился вниз и решил идти к рыночной площади. Отряд был разделен на две части: 16 человек под командованием его брата Джона и Оксенхэма получили приказ обогнуть здание казначейства и войти на площадь с востока, тогда как другая группа из 40 человек во главе с ним самим должна была пройти туда по главной улице. Стреляя из мушкетов, под грохот барабанов и завывания труб, англичане промаршировали по городу, стремясь посеять смятение среди жителей. При этом, согласно информации португальца Лопеша Ваша, был убит лишь один житель: услышав шум на улице, бедолага выглянул в окно и получил пулю в лоб.
Ударная группа Дрейка первой достигла площади. Там было обнаружено небольшое скопление солдат, которые возводили возле губернаторского дома баррикаду: она должна была помешать англичанам пройти к Панамским воротам и обеспечить прикрытие для эвакуации жителей и защитников города.
Едва корсары вступили на площадь, испанцы дали по ним залп из аркебуз, но бо́льшая часть пуль упала в песок с недолетом. Сражен был лишь барабанщик Дрейка. Остальные участники штурма произвели ответный залп из мушкетов, после чего пустили в ход свои луки и стрелы, а также копья. В этот момент, стреляя из мушкетов и пистолетов, с криками «Святой Георг!» с восточной стороны на площадь ворвался отряд Джона Дрейка. Не подозревая, как слабы были силы новоприбывших, испанцы побросали оружие и ринулись из города через Панамские ворота.