После войны карьера Бенкендорфа на несколько лет забуксовала: он отправился в провинцию, на Украину, где сначала командовал уланской бригадой, а затем драгунской дивизией, дислоцированной в городке Гадяче. Заметив, что друг откровенно дичает, Воронцов спрашивал его из Парижа: «Бога ради, в каком обществе ты вращаешься?» На что Александр Христофорович отвечал: «Общество? Не смеши меня. В Гадяче?» Только исполнение ряда секретных поручений Александра I позволило ему снискать доверие императора. В частности, он вел расследование убийства дворовых помещиком Синявиным и, несмотря на сильную столичную родню виновного, решил дело в пользу крестьян. В 1819 г. Бенкендорф, наконец, получил пост начальника штаба Гвардейского корпуса и чин генерал-адъютанта.
Через два года он передал на имя Александра I записку о «Союзе Благоденствия». Тот факт, что государь оставил доклад «без внимания», впоследствии вспоминался Бенкендорфом с горечью. Он считал, что восстания на Сенатской площади можно было бы избежать, прими правительство своевременные меры. В ходе следствия среди бумаг покойного императора Бенкендорф обнаружил и свою записку, уже в ней перечислялись «главные члены» тайного общества. Однако Бенкендорф открыл существование заговора как бы заранее, не тогда, когда планировал Александр I. За что и пострадал – ему вновь пришлось покинуть столицу и принять должность командира 1-й кирасирской дивизии.
В 1824 г., во время знаменитого наводнения, описанного А. С. Пушкиным в «Медном всаднике», Бенкендорф оказался в Петербурге, во дворце, и вместе с генерал-губернатором М. А. Милорадовичем принял активнейшее участие в спасении утопающих. «Он многих избавил от потопления», – писал позднее А. С. Грибоедов. После бедствия Бенкендорф был назначен временным военным комендантом Васильевского острова и наиболее пострадавшей части столицы, где своими быстрыми и удачными мерами снискал уважение жителей.
Во время восстания 14 декабря Бенкендорф находился в свите молодого императора Николая I. Потом был назначен членом Следственной комиссии, затем – суда над декабристами. Он писал, что глубоко убежден в том, что только люди, умудренные долгими годами службы и хорошо разбирающиеся в работе государственного аппарата, могут управлять страной. Все притязания декабристов он считал дерзким мальчишеством, а нарушение ими присяги – преступлением. Однако во время следствия генерал-адъютант не раз оказывал помощь арестантам и стремился не подвести под удар невиновных. Именно точное исполнение приказа молодого царя – лучше отпустить двух виновных, чем осудить одного невиноватого – позволило ему выдвинуться из круга следователей. Именно Бенкендорфу в следующем году государь поручил создание политической, или «высшей полиции», так называемого III отделения Собственной Его Императорского Величества Канцелярии.
В реальности грозное III отделение выглядело не совсем так, как привык современный читатель благодаря исследованиям советского времени. В нем служило сначала 12, а под конец 36 офицеров. Корпус жандармов, прообраз внутренних войск, составлял 4 тыс. человек. Для сравнения, согласно проекту П. И. Пестеля, для поддержания революционного порядка в стране правительству декабристов понадобилось бы не менее 40 тыс. чел. Тем не менее резонанс от деятельности «высшей полиции» в стране значительно превышал саму эту деятельность и с каждым годом вызывал все более раздраженную реакцию. Причем не только в среде либерально мыслящих литераторов, но главным образом – чиновничества, недовольного самим фактом надзора за соблюдением законодательства.
Во время Русско-турецкой войны 1828–1829 гг. Бенкендорф командовал охраной Николая I и признавал, что это «абсолютно бесполезно», поскольку государь повсюду ездил один. Участвовал во взятии Варны. В 1829 г. – генерал от кавалерии, награжден орденом Св. Владимира 1-й степени, член Государственного совета. С 1832 г. – граф, в 1834 г. – орден Св. Андрея Первозванного. Со времени похода 1828 г. по 1837 г. сопровождал императора Николая I во всех его поездках и путешествиях по России и Европе. Бенкендорф умер 23 августа 1844 г. по дороге домой из Бадена, где находился на лечении. Николай I считал, что в его лице потерял близкого друга. «Он ни с кем меня не поссорил, а примирил со многими» – лучшая эпитафия на могиле главы тайной полиции.