Путин ушел из администрации без скандала. Возможно, он хотел уехать из города, поэтому из нескольких вариантов трудоустройства выбрал еще один из предложенных Яковлевым. Да, новоизбранный губернатор позвонил управляющему делами Президента России Павлу Бородину. Оба они строители и в какой-то степени — земляки, поскольку Яковлев родился в Якутии, а Бородин полжизни там проработал, поэтому и договорились помогать друг другу. Президентский завхоз забрал к себе Путина сначала на должность начальника отдела, потом довольно быстро перевел его в заместители и руководители управления.
Впрочем, по другой версии, продвижению Путина по службе способствовал глава президентской администрации Анатолий Чубайс, который забрал с собой в Москву нескольких питерских чиновников, например Кудрина. Фактом, однако, остается то, что через несколько месяцев после того, как Путин обжился в Москве, на должность начальника отдела к нему пришел Игорь Яковлев — единственный сын губернатора Санкт-Петербурга. Сына губернатор специально услал подальше от родного города, чтобы не было лишних разговоров, с одной стороны, и соблазнов у молодого человека — с другой. И мне этот факт кажется достаточным, чтобы не искать больше никаких доказательств того, что Яковлев и Путин остались в нормальных отношениях. «Путин — ученик не Собчака, а Яковлева, потому что он воспроизвел модель такого спокойного, консервативного, чиновничьего управления с постепенным приручением, например, средств массовой информации. Кстати, Путин это делает не так изящно, как Яковлев, который под конец позволил себе эпоху либерализма», — журналист Даниил Коцюбинский тоже не поддерживает распространенный в обществе миф о конфликте между двумя бывшими коллегами.
В августе 2005 года в интервью еженедельнику «КоммерсантЪ-Власть» Павел Бородин рассказал свою версию переезда в Москву второго президента России: «Это был 1994 год, по-моему. У меня дочь училась в Петербургском университете и заболела. Я позвонил Яковлеву. Это мой старый друг, отвечал в Ленинграде за ЖКХ. Его не было. Я говорю: «Кто есть?» Мне говорят: «Вот есть Собчак, есть Путин». Я говорю: «А кто Путин?» Мне сказали — зам. Я к нему обратился. Он помог. Я практически его не знал. После выборов в Петербурге пошел к Ельцину и сказал, что знаю Путина Владимира Владимировича как исключительно порядочного человека и прошу дать ему работу. Он говорит: «Ну вы с ним поговорите. Пал Палыч, что бы он хотел делать». Я его пригласил. Он приехал 27 или 28 мая 1996 года. (Эта дата осталась для нас загадкой: толи Павел Бородин ошибся, то ли Владимир Путин приехал в Москву устраивать свою судьбу заблаговременно — второй тур выборов в Санкт-Петербурге, на котором Анатолий Собчак проиграл Владимиру Яковлеву, состоялся 2 июня 1996 года. — «Власть») Я ему предложил должность своего зама по внешнеэкономической деятельности. Путин оказался, еще раз говорю, исключительно порядочным человеком. Он сказал: «Пал Палыч, я не хозяйственник. Я бы лучше работал в администрации президента». Я еще раз пошел к Ельцину. Он вызвал светлой памяти Егорова Николая Дмитриевича и сказал, что вот Бородин рекомендует человека, готовьте распоряжение о назначении Путина начальником контрольного управления. А когда пришел новый глава администрации и увидел визу Егорова и мою, то он порвал это распоряжение.
— Александр Волошин?
— Нет, Чубайс. Он порвал это распоряжение. Он почему-то считал Егорова и меня своими ярыми противниками. Хотя я к нему нормально относился. Я позвонил Владимиру Владимировичу и сказал, что там не получается, давайте ко мне замом управделами. Я его не хвалю, но он действительно сделал огромную работу за те девять месяцев, которые у нас проработал. Оформил российскую собственность в 50 с лишним странах. Из загранкомандировок не вылезал. А потом, когда господин Чубайс решил меня поменять, посмотрел мое окружение, и оказался только один питерский — Путин. Он решил его к себе взять, обкатать, а потом меня заменить. Но не получилось».
Но вернемся к Яковлеву. Действительно получается, что он пространство вокруг себя не зачищал. Во-первых, до выборов у него были прекрасные личные отношения практически со всеми чиновниками городской администрации. Во-вторых, он представлял, насколько сложное экономическое положение в городе, поэтому выгонять профессионалов из администрации в подобной ситуации означало — окончательно подорвать стабильность и шаткое равновесие. За редким исключением он всем предложил остаться, потому что не хотел решать важные кадровые вопросы в пылу политических баталий. «Он сделал предложение всем заместителям, за исключением только Кудрина. Поэтому и комиссия по финансам была затеяна, чтобы показать, что обстановка с финансами в городе безобразная, ведь Кудрин не хотел особо уходить, но я и Артемьев были категорически против него», — подтверждает Щербаков.