Некоторые летучие города, такие как Атлантида, имеют свои собственные Звездные Врата, расположенные в верхней части главной башни. Город-корабль несет большое количество дронов Древних. По-видимому, это единственное вооружение корабля, которое является достаточно мощным средством защиты. Кроме того, на корабле размещено множество других систем, многие из которых можно запустить без МНТ, подключив генераторы наквадаха. Адрес Атлантида имела два адреса: в галактике Пегас, то есть семизначный и в Млечном Пути — восьмизначный.
Адрес в Пегасе
Этот адрес вел на Лантею, но после того, как город покинул её, адрес изменился на неизвестный. Хотя точка отсчета осталась прежней: Адрес в Млечном Пути: Этот адрес также сменился История Древняя история После того, как Таури подверглись нападению ракопауков в галактике Млечный путь, летающий город, получивший в бою серьезные бортовые повреждения — совершил аварийную посадку на Калликанийском Мысе, недалеко от Колхиды которая в это время была расположена намного ближе к экватору планеты. Когда чума, подобная той, которую использовали Орай, распространялась по галактике Млечного Пути, команда Атлантиды покинула свой корабль, и загадочным образом исчезла. Небольшая застава и одна Древняя были оставлены на месте города на Земле. Еще в галактике Пегас, Атлантида приземлялась на планету Лантею.
Здесь Древние построили абсолютно новую сеть звездных врат и заселили галактику человеческой формой жизни, как они сделали в Млечном Пути. Вскоре жизнь начала развиваться в безжизненной галактике. Миллионы лет спустя, во время войны с Рейфами, корабли противника уничтожали все колонии Древних, пока Атлантида не осталась последней. Корабли-ульи вошли в Лантийскую солнечную систему и начали первую осаду Атлантиды. Древним всегда удавалось отбить атаки Рейфов и выиграть каждую битву, но они понимали, что Рейфов было намного больше, и, не видя другого выхода, Совет Атлантиды принял решение погрузить город на дно океана, дабы щит продержался дольше (вода рассеивала энергию выстрелов оружия Рейфов). Атлантида удерживалась на дне океанов при помощи системы зажимов, а городской щит сдерживал натиск океана и удерживал воздух. К концу войны с Рейфами, Лантийский ученый Янус спас доктора Элизабет Вейр из подбитого Прыгуна, который оказался машиной времени, им же разработанной. В это время Совет решил покинуть Атлантиду через звездные врата и вернуться на Землю.
В тайне от Совета доктор Вейр осталась в Атлантиде в стазисной камере, чтобы каждые 3300 лет менять МНТ, питающие щит города. Это было частью плана Януса спасти город от затопления спустя 10,000 лет, как это произошло во временной линии доктора Вейр. По плану Януса, когда уровень энергии упадет до критического, зажимы, удерживающие город разомкнутся и город всплывет, чтобы экспедиция с Земли смогла выжить. Мелия, член Совета Атлантиды записала сообщение для всех, кто найдет город в будущем: … в надежде распространить новую жизнь в галактике, в которой казалось, ее нет. Вскоре новая жизнь росла и процветала. Здесь мы построили систему звёздных врат, начав сеть цивилизаций, которые будут путешествовать между звездами, делясь знаниями и дружбой. Вскоре, тысячи миров получили плоды этой формы жизни. Но однажды наш народ вступил в темный мир, где дремал страшный враг. Никогда прежде мы не сталкивались с существами, чья сила превосходила бы нашу собственную. Из-за нашей самонадеянности мы были неготовы и превзойдены в численности. Враг пожирал беззащитные миры как чума, пока наконец не осталась только Атлантида. Великий щит этого города был достаточно мощным, чтобы противостоять их ужасному оружию, и мы пробыли под осадой много лет. Чтобы спасти последних из нашего вида, мы погрузили наш великий город на дно океана. Звёздные врата Атлантиды были единственной связью между Землей и этой галактикой, и оставшиеся в живых решили использовать их для возвращения в мир, который некогда мы считали домом. Там последние оставшиеся в живых жители Атлантиды прожили остаток своей жизни. Этот город был оставлен, в надежде, что наш вид однажды вернется.
Экспедиция в галактику Пегас. Открытие
В 2005 году экспедиция с Земли нашла 8-значный адрес в галактику Пегас. Земляне прибыли в город, погруженный на дно океана. Город был практически в идеальном состоянии. Но, как оказалось, МНТ, снабжающие город энергией, были истощены, и экспедиции ничего не оставалось, кроме как покинуть город и перейти на какую-нибудь другую планету. Но этого люди сделать не успели: сработал защитный механизм и Атлантида всплыла на поверхность. Так экспедиция обосновалась в городе Древних. Узнав о существовании Земли, Рейфы отправили к Атлантиде три корабля-улья. Так началась Вторая осада Атлантиды. Не видя другого способа, кроме как «самоуничтожиться», люди сделали Атлантиду невидимой и взорвали над городом ядерную бомбу (предварительно подняв щит). Рейфы подумали, что Атлантида погибла, а вместе с ней и единственный путь к Земле. Из-за этого среди Рейфов началась гражданская война.
В 2006 году все, за исключением Тил’ка, прибыли в Атлантиду на «Одиссее» в поисках путей решения конфликта с Орай. При помощи «черной дыры», расположенной в галактике Пегас, удалось заблокировать суперврата Орай в Млечном Пути. В то время, как Кэмерон Митчелл и Саманта Картер работали над этой проблемой, Дэниэл Джексон и Вала Мал Доран искали в базе данных Древних упоминания об оружии Мерлина. Вознесшаяся Моргана Ле Фей, притворившись голограммой, дала подсказку, где искать оружие.
В том же году, в пространстве между Пегасом и Млечным Путем был найден крейсер класса «Аврора» «Трия», на котором были живые Лантийцы. «Трия» летела на релятивистской скорости, и благодаря этому для экипажа прошло всего лишь десять лет. Попав в Атлантиду, Лантийцы выгнали землян из города, но и сами там не задержались: в город вторглись Асуране и всех их убили. Земляне вернулись в Атлантиду, уничтожили репликаторов с помощью расщепителя нанитов. Используя один МНТ, установленный Асуранами для поддержания щита, экспедиция передала два других в Млечный Путь для борьбы с Орай. Атака Асуран В 2007 году на Атлантиду напали Асуране, используя спутник со встроенными вратами. Щит удерживал атаку, но мощность луча была слишком большой. Тогда доктор МакКей предложил покинуть Лантею на Атлантиде. Но сперва нужно было отключить щит города, чтобы перевести освободившуюся энергию на двигатели города. Поэтому с помощью эскадрильи F-302 земляне подогнали под луч спутника астероид, чтобы у Атлантиды было время взлететь и снова активировать щит. Атлантида оторвалась от поверхности воды и начала поднимать щит, но в тот же момент спутник разбил астероид и задел центральную башню Атлантиды через не полностью закрывшийся щит.
Сначала Атлантиду планировали поместить на планету M12-578 но затем экспедиция решила перебраться на планету M35-117 VIRGO-8. В том же году был найден 9-значный адрес, ведущий на корабль Древних «Судьба».
Возвращение на Землю
В начале 2009 года Рейф Тодд связался с командованием Атлантиды и сказал, что его заместитель Кенни взбунтовался и, украв несколько МНТ, создал огромный Улей для атаки на Землю. Земляне не успели атаковать Улей, и он ушёл в гиперпространство. «Дедал», крейсер землян и другие звездолеты Командования Звездных Врат вступали в бой с Ульем. Но бой был неравным. Атлантида в это время находилась в Пегасе. Ричард Вулси принял решение отправиться на Атлантиде к Земле. Доктор Карсон Беккет пилотировал город. Питаемая тремя МНТ, Атлантида покинула поверхность планеты и вошла в гиперпространство, но на границе Млечного Пути гипердвигатель вышел из строя. Тогда доктор Зеленка предложил использовать экспериментальный тоннельный двигатель и пройти через червоточину к Земле за несколько секунд. Но риск был велик: в случае введения неправильных расчетов в навигационный компьютера и расчета мощности Атлантида могла взорваться. После прибытия Атлантида открыла огонь по Улью. Но, поскольку у Супер Улья было преимущество в мощности орудий, Атлантида в результате обстрела была сдвинута в с орбиты в атмосферу Земли. Команда Атлантиды очутилась перед выбором: сесть на Землю или продолжить огонь. Ричард Вулси приказал продолжить огонь. Группа Шепарда, в конечном итоге, уничтожили Улей, но Атлантида уже вошла в атмосферу и рисковала сгореть в ней при снижении, так как щит вышел из строя. Через несколько минут Атлантида вышла на связь и экспедиция сообщила, что город находится в невидимом режиме в Бермудском Треугольнике.