После того как Планк прочел записи Клаузиуса, он погрузился в изучение термодинамики. Тема диссертации Планка, которую он защитил в Мюнхене в 1879 году, звучала так: «О втором законе механической теории теплоты». В 1880 году Планк получил место приват-доцента в Мюнхенском университете. Такая должность не предусматривала выплату жалования со стороны университета, но преподаватель мог брать деньги со студентов за занятия.
В годы своего пребывания в Мюнхене Планк написал статью о природе энергии на соискание премии, объявленной Гёттингенским университетом. Ученый получил вторую премию, а первое место не досталось никому. Как сам Планк объясняет в автобиографии, возможно, это произошло, потому что в своей статье он встал на сторону Гельмгольца против Вебера. Так Планк заслужил профессиональное уважение Гельмгольца и после смерти Кирхгофа занял его место в Берлинском университете (хотя это предложение ему было сделано только после того, как от вакансии отказались Больцман и Герц). В Мюнхене и позже, начиная с 1885 года, когда Планк работал как штатный профессор в Киле, он занимался глубоким изучением применения второго начала термодинамики к разным проблемам — химическим реакциям, диссоциации газов и растворов. Глубоко анализируя следствия второго начала термодинамики, Планк пришел к выводам, которые заставили его отдалиться от энергетической теории, сторонники которой, помимо прочего, считали, что первое начало термодинамики является универсальным, а второе следует из него, таким образом, между падением тела и переходом тепла от горячего тела к холодному нет особого различия. Однако Планк возражал: падение тела является обратимым процессом (изменение значения скорости до обратного вернет процесс в исходное положение), а переход тепла от холодного тела к горячему невозможно осуществить спонтанно.
Если существуют законы для энергии, тогда они должны быть применимы ко всем областям физики, должен быть составлен комплекс принципов, как это обычно делается для каждого физического явления.
Уильям Джон Ренкин об энергетической теории
Существовало и более фундаментальное противоречие между энергетизмом и атомизмом. Атомисты утверждали, что материя состоит из атомов и молекул; химические реакции являются следствием комбинирования и диссоциации атомов химических элементов; тепловые феномены зависят от произвольного движения атомов. Представители энергетизма отрицали существование атомов, недоступных для чувственного опыта, и хотели объяснить природные феномены без применения конкретной гипотезы о строении материи.
В этот период — а мы говорим о 80-х годах XIX века — Планк не был ярким сторонником атомизма. Для него принцип возрастания энтропии и принцип сохранения энергии имели универсальную значимость, в то время как для австрийского физика Людвига Больцмана (1844-1906), одного из лидеров атомистов, это были лишь следствия вероятностных законов.
Один из основателей квантовой теории, Арнольд Зоммерфельд (1868-1951), стал свидетелем незабываемой дискуссии Оствальда и Больцмана на конференции в Любеке в 1895 году. Зоммерфельд вспоминал об этом так:
«Реферат об энергетике был прочитан доктором Хельмом. Его поддерживал Вильгельм Оствальд. За ними обоими стояла натурфилософия Эрнеста Маха, отсутствовавшего на этом заседании. Оппонентом был Больцман, его секундантом — Феликс Клейн. Борьба между Оствальдом и Больцманом походила как внешне, так и внутренне на сражение тореро с быком. Но, несмотря на все искусство владения шпагой, тореро на этот раз был побежден быком. Аргументы Больцмана были неотразимыми. Мы, молодые теоретики, были все завоеваны Больцманом».
Оствальд был очень приятным человеком и другом Больцмана, хотя они и были оппонентами. Когда эксперименты Жана Перрена (1870-1942) доказали существование молекул, Оствальд признал свою ошибку и уже в 1909 году написал: «Я убедился, что в недавнее время нами получены экспериментальные подтверждения прерывного, или зернистого, характера вещества, которое тщетно отыскивала атомистическая гипотеза в течение столетий и тысячелетий». Но другие энергетисты, в том числе Мах, остались на своих позициях.