В то время Гейзенберг был профессором в Лейпциге, и именно в 1933 году начались увольнения преподавателей - евреев. Увольнение профессора математики Леви вызвало негодование в университетском сообществе. Гейзенберг и несколько его коллег планировали коллективно подать в отставку, но перед этим Гейзенберг в конце мая 1933 года навестил Планка в Берлине. Планк, которому было 75 лет, выглядел усталым и постаревшим. Ученый рассказал о встрече с Гитлером. Гейзенберг так вспоминает сказанное Планком в тот день в Берлине:
«Боюсь, что не смогу дать Вам никакого совета. У меня не осталось надежды, что Германия, а вместе с ней и ее университеты могут остановиться на пути к катастрофе. Перед тем как Вы мне расскажете о руинах Лейпцига, которые, наверняка, напоминают берлинские, я хотел сообщить Вам о разговоре, который состоялся у меня несколько дней назад с Гитлером. Я верил, что смогу объяснить ему, какой огромный ущерб увольнения еврейских коллег наносят немецким университетам, а также научным исследованиям в нашей стране, объяснить, что такие действия бессмысленны и глубоко аморальны, так как большая часть евреев, несомненно, чувствует себя настоящими немцами, что в последнюю войну они, как и все, отдавали свои жизни за Германию. Но я не увидел никакого понимания со стороны Гитлера, и даже хуже: нет такого языка, на котором можно было бы объясниться с таким человеком.
На мой взгляд, Гитлер полностью утратил контакт с реальным миром. То, что ему говорит другой человек, он воспринимает как звуковую помеху и немедленно начинает доминировать с помощью своего голоса, вновь декламируя и повторяя одни и те же фразы об упадке последних 14 лет, о необходимости остановить развал в последнюю минуту и так далее.
Все это вместе дает фатальное впечатление того, что он сам, убежденный в этом безумии, старается, чтобы его окружение тоже в него верило, жестко ограничивая все внешнее влияние. Так как он одержим несколькими навязчивыми идеями, он недоступен для голоса разума, он приведет Германию к ужасающей катастрофе.
Вы знаете, что нельзя остановить лавину, когда она уже находится в движении. Разрушение, причиной которого он станет, человеческие жизни, которые он уничтожит, — все это факты, определенные законами природы, хотя мы и не знаем их заранее.
На самом деле решения самого Гитлера не могут изменить хода событий, потому что он, по большому счету, является скорее существом, которого тянет за собой безумие, чем двигателем. Нельзя узнать, что сделают с ним силы, которые он освободил: вознесут на вершину или уничтожат».
Планк посоветовал Гейзенбергу отказаться от коллективной отставки, потому что это не вызовет необходимого резонанса, да и вряд ли будет должным образом освещено в прессе. В конце концов им придется уехать с надеждой вернуться после окончания войны. Совет, который Планк дал Гейзенбергу, является частью его идеи противостояния нацистскому режиму: те, кто обладает авторитетом и не обязан уезжать, должны остаться, чтобы подготовить будущее.
Гейзенберг последовал совету Планка, и его история получила неожиданный поворот. Вначале ученого жестоко преследовали. Из-за еврейского происхождения его кандидатура для получения кафедры, которую оставил его учитель и друг Макс Борн в Гёттингене, была отвергнута министром образования. Потом Зоммерфельд предложил кандидатуру Гейзенберга в качестве своего преемника в Мюнхене, но когда все уже было готово к вступлению в должность, в журнале С С вышла статья Штарка под заголовком «Белые евреи в науке». В этой статье Гейзенберг обвинялся в дружбе с евреями, а также утверждалось, что его слава и Нобелевская премия, полученная в 1933 году, связаны с сотрудничеством с евреями и их друзьями. Эти обвинения говорят о параноидальном характере Штарка и его интеллектуальной деградации. Но нельзя забывать, что на кону была кафедра, и возглавить ее мог единомышленник Штарка, увеличив тем самым его влияние. Деструктивный сплав — амальгаму, типичную для диктатур, — составляют мелочность и безумие.
Гейзенберг не смог получить кафедру в Мюнхене, и СС начала расследование деятельности ученого, которое тянулось целый год. Его несколько раз допрашивали, установили прослушивающие устройства у него дома и на работе, выдвигали различные обвинения. Гейзенберга спасло то, что его дед по матери был знаком с отцом Гиммлера. Он попросил свою мать отправить Гиммлеру письмо, и тот лично написал Гейзенбергу о том, что не согласен с действиями против него и что его оставят в покое.