Для нага и других членов племен северо-востока Индии борьба за независимость была также борьбой за свободу от проникновения на их территории мигрантов — крестьян из перенаселенной Бенгалии.
Вскоре после завершения освобождения северо-востока Индии и Бирмы от японцев нага заявили о себе как об организованной политической силе. Они создали, возможно, при поддержке британцев, региональную политическую партию — Национальный совет нага (Naga Na- tional Council — NCC). Незадолго до обретения Индией независимости, в июле 1947 г., лидер Национального совета нага доктор Запу Ангами Физо возглавил племенную делегацию в Дели, где он встретился с индийскими лидерами М.К. Ганди и М.А. Джинной и выразил желание одновременно с провозглашением независимых Индии и Пакистана объявить о создании суверенной страны нага — Нагаленда. Естественно, оба национальных лидера выступили против такого выделения, заявив, что не допустят дробления указанных доминионов на множество мелких государств. Спустя две недели будущий премьер-министр независимой Индии Джавахарлал Неру пообещал народу нага широкую автономию, но предупредил Физо о том, что о независимом Нагаленде не может быть и речи. Тем не менее 14 августа 1947 г. девять членов Национального совета нага направили в Дели и Нью-Йорк Генеральному секретарю ОНН телеграмму, оповещающую официальных лиц о провозглашении независимости Нагаленда. Губернатор Ассама Акбар Хайдари начал переговоры с лидерами нага, и через год обе стороны пришли к соглашению из девяти пунктов, признававшему право нага на автономное хозяйственное и культурное развитие. Через год Хайдари скончался, а с ним — и хрупкое взаимопонимание между центром и нага. Несмотря на наделение земель нага статусом автономного округа (дистрикта) и предложение им трех мест в легислатуре штата, представители этого племени бойкотировали выборы своего дистрикта в совет в феврале 1952 г., поставив под сомнение легитимность выборной власти в горных районах Ассама. Физо вновь потребовал независимости. И вновь прозвучал ответ Неру: максимум автономии, но в составе Индии. Ситуацию осложнял раздел территории проживания нага между Индией и Бирмой — бывшими частями Британской Индии, а теперь — независимыми государствами. В 1953 г. территории нага посетили индийский премьер Джавахарлал Неру и бирманский премьер-министр У Ну. Реакцией нага на визит был бойкот ими выступления Неру. В подготовке обструкции были обвинены оставшиеся в Ассаме англичане и особенно христианские миссионеры. Попытка индийских властей выслать из Ассама миссионеров спровоцировала кампанию гражданского неповиновения со стороны нага. Вполне в духе гандистских кампаний 1920–1940-х гг. нага отказались платить налоги представителям центральной власти. В рамках этой кампании вожди нага сложили свои полномочия, учителя и школьники бойкотировали занятия в школах и колледжах. Индийские власти ответили на кампанию нага репрессиями, ввели в горные районы войска и полицию, местные советы были расформированы.
В начале 1955 г. ситуация накалилась. Городок Мокучонг, где находилась штаб-квартира нага, был объявлен неблагополучным районом, и власти получили право проводить в любом доме обыски и аресты без получения санкции прокурора. В январе 1956 г. вся система гражданского управления в землях нага была ликвидирована, и район Нагаленда был объявлен зоной беспорядков. Теперь и нага отошли от мирного сопротивления властям и приступили к партизанской борьбе, провозгласив Федеральное правительство Нагаленда (Federal Government of Nagalen — FGN). Партизанские отряды нага объявлялись частями Национальной армии нага (Naga National Army — NNA). Индийские войска в ответ ввели новые части в Ассам. За следующие два года в горах нага было убито 1400 сепаратистов и 162 индийских солдата. Кровопролитие не могло не вызвать беспокойства лидеров нага за судьбу гор и их обитателей. Сепаратисты разделились на умеренных и радикалов. Вслед за этим центральное правительство попыталось договориться с умеренными, но радикалы убили влиятельного сторонника мирных соглашений с Дели Т.Н. Сакхирие. Теперь умеренные нага были вынуждены солидаризироваться с центральным правительством, ибо мирное сопротивление центру оказалось неэффективным, в вооруженном противостоянии умеренные оказывались под двойным обстрелом. Группа умеренных нага во главе с Т.Н. Ангами участвовала в выборах 1957 г. в легислатуру Ассама и нижнюю палату парламента Индии Лок Сабха. Под названием Националистическая организация Нага (Naga Nationalist Organization — NNO) во главе Т.Н. Ангами партия умеренных участвовала в выборах и получила три места в легислатуре штата и одно — в парламенте страны.