В расследованиях подобных политических дел всегда есть некая мера. Если продолжать раскручивать надуманные, подчас бредовые обвинения, построенные исключительно на личных признаниях обвиняемых под пыткой, то вскоре вранье неудержимо полезет из-под гладких строчек обвинения и всем это станет видно. Тут важно расследование вовремя закрыть и передать дело в скорый и неправедный суд. Не прошло и двух месяцев после начала расследования, как назначенный 18 августа 1843 года суд, составленный из высших сановников и генералов, прозаседав меньше часа, вынес свой приговор: Наталью, ее мужа и сына, Бестужеву и еще четверых приговорить к смертной казни, причем за «непристойные слова» у Натальи, Степана, Ивана и Бестужевой урезать языки и «тела на колеса положить». Однако государыня, «по природному своему великодушию», смертную казнь «заговорщикам» отменила, предписала всех сечь кнутом, а у Натальи и Анны Бестужевой «урезать язык» и всех сослать в Сибирь...
И вот этот страшный путь на эшафот через многолюдную толпу: известно, что казнь — «привычный пир народа». Женщин и мужчин возвели на эшафот. Начали читать приговор. Любопытно, что приговоренный кроме собственно физической казни подвергался публичному унижению — приговор звучал как пощечина: «Ты, Степан Лопухин! Забыв страх Божий и не чувствуя Ея императорского Величества высочайшей к себе и фамилии твоей показанной милости... А ты, Наталья Лопухина! Тож, забыв вышеуказанные Ея Величества высочайшие милости...» Из женщин первой казнили Лопухину. Один палач обнажил ее по пояс — сорвал с плеч платье (уже одно это — прикосновение палача и публичное обнажение — навсегда губило порядочного человека), а потом схватил за руки и бросил себе на спину. Другой палач принялся полосовать тело преступницы кнутом, сделанным из жесткой свиной, заточенной по краям, кожи. Лопухина страшно закричала. Потом ей сдавили горло, разжали рот и вырвали клещами язык. По традиции палач потряс в воздухе окровавленным кусочком мяса и как сиделец в мясном ряду шутовски закричал: «Кому язык? Дешево продам!» Анна Бестужева, шедшая следом за подругой, успела сунуть в руку палача драгоценный нательный крест и пострадала меньше — палач лишь для виду «пустил кровь», да и язык только слегка «ужалил» — отрезал кончик.
Что было потом? Обычно ссылка для таких людей, как Лопухины, становилась погружением в ад. Преступники лишались всех средств (имения отписывали в казну, лошадей и своры охотничьих собак государыня забрала себе), и они, где пешком, где в простых телегах или на дырявых баржах, двигались месяцами в Сибирь. Любопытно, что в ссылку в Томск вместе с Софьей Лилиенфельд добровольно отправился ее муж — человек, к делу Лопухиных непричастный. Его даже не привлекали к допросам. Такой самоотверженный поступок в истории русской ссылки уникален, хотя жены обычно и повсеместно следовали за мужьями в Сибирь.
Разгневанная всей этой историей Елизавета потребовала от австрийской императрицы Марии-Терезии наказать де Ботта за его «богомерские поступки». Чтобы не ссориться с «соседкой», Мария-Терезия посадила маркиза на некоторое время в крепость Грац, а потом выпустила его на волю, и де Ботта уехал домой, в Италию, в свой уютный дворец в Павии под Миланом. Нетрудно догадаться, что после дела Лопухиных условия содержания Брауншвейгской фамилии ужесточили, охрану сменили, а потом опального императора и его семью из Риги повезли подальше от границы, в глубь России. Как известно, их скитания под охраной по стране закончились пожизненным заключением всей семьи в Холмогорах.
Иван Лопухин был отправлен на самый дальний Восток — в Охотск. Там он и умер около 1750-х годов — кому было интересно знать точную дату смерти безвестного узника! Анну Бестужеву сослали в Якутск, она там обжилась и даже, в отличие от Натальи, стала говорить — язык-то у нее не был весь вырезан! А семью Лопухиных поселили в Селенгинске, в общей казарме, под строгим караулом. Вся их жизнь под неусыпным наблюдением охраны проходила в нищете, холоде и тоске. Не выдержав лишений, в 1747 году умер заболевший какой-то «ножной хворью» Степан Лопухин. Под конец он даже сблизился с женой, с которой ранее жил отдельно. Сообщая о смерти Степана, охранник Лопухиных поручик Ангусаев писал о Наталье, что она «под моим караулом содержится неослабно» по-прежнему.