Екатерина была безусловной противницей крепостничества, которое считала отвратительным и пагубным для общества. Это вытекало из ее отношения к свободе, просвещению, гуманизму. Но она оставалась реалисткой в политике, а ведь крепостничество являлось в России той упрямой реальностью, с которой она не могла не считаться. Екатерина понимала: уровень сознания и культуры дворян таков, что крепостное право, представление о том, что «хамы и хамки» даны им в полную собственность в виде живого имущества навечно, является непреложной данностью, вечной и неизменяемой. Екатерина не преувеличивает, когда пишет в своих мемуарах о полном непонимании дворянами, что их крепостные такие же люди, как и они сами. Упомянутая в ее мемуарах угроза оказаться закиданной камнями только за попытку сказать об этом вслух, не является литературным преувеличением — именно такой реакции можно было ждать каждому от помещичьего класса той эпохи. Поэтому самое большее, что могла позволить себе императрица, — это последовательное моральное осуждение крепостничества, смягчение его режущих глаз рабовладельческих крайностей. Вся надежда ее была связана с постепенным, эволюционным процессом, когда с помощью законов, просвещения, смягчения нравов вкупе с разумной регламентацией со стороны государства можно будет — да и то в отдаленном будущем — достичь отмены крепостного права и других институтов бесчеловечного русского прошлого. Это, считала Екатерина, сделать необходимо, ибо, «если мы не согласимся на уменьшение жестокости и умерение... нестерпимого положения (крепостных), то и противу нашей воли сами оную волю возьмут рано или поздно».
Именно поэтому Екатерина мечтала о создании «третьего рода» людей, под которым нужно понимать буржуазию, граждан в узком смысле этого слова. Императрица, преданная идеям Просвещения, верила в чудо перевоспитания людей с помощью доброты, знания и примера, полагала, что образование этого нового класса свободных граждан возможно только «заново», с чистого листа, в упорной работе с природой. В качестве такой «человеческой глины» выступали дети бедных родителей, сироты, а также «отбросы» общества — незаконнорожденные, подкидыши. Поэтому Екатерина всячески поддерживала планы создания И. И. Бецким системы воспитательных учреждений нового типа. Конечно, идея создания «нового рода» людей из подкидышей и сирот, лишенных пороков своих несовершенных предков, была утопична. Как и многие другие благие начинания, замыслы Екатерины и Бецкого грубо искажала реальная жизнь. Порученные вниманию воспитателей подкидыши мерли как мухи от плохого ухода, болезней, во всей системе царило привычное для России воровство и безалаберность, но все же попытка внедрения идей Просвещения не оказалась напрасной. Сам подход к этой проблеме, доброта и гуманизм, проявленные к детям в тот еще очень жестокий век, не пропали даром. Чуть позже из этого корня выросла благотворительность как система защиты, заботы и спасения слабых и больных членов общества.
Воспитанная на «богоборческих» идеях Вольтера, Екатерина была далека от истинной веры в Бога. Рационализм, самоценность позитивного знания, презрение ко всякому обскурантизму, невежеству характерны для ее мировоззрения. Но при людях, в церкви она никогда этого не проявляла, оставалась примерной прихожанкой дворцовых храмов — ведь она была главой Русской Православной церкви! — хотя на укромном балконе во время длинной православной службы раскладывала на столике многочасовые пасьянсы. В 1763 — 1764 годах она провела секуляризацию церковных земель и, несмотря на проявление недовольства церковников, лишила их земельных богатств. Пытавшегося ей возражать Ростовского митрополита Арсения (Мациевича) — единственного мужественного иерарха Русской православной церкви — заточила в монастырь, а потом в крепостную тюрьму Ревеля, где он и умер.