Щекотливые обстоятельства прихода Екатерины к власти, явное желание многих влиятельных людей видеть на престоле Павла I, а не Екатерину II, сделали сына соперником в глазах матери, породили желание отодвинуть его как можно дальше от престола и власти. Она не позволяла ему участвовать в государственной или иной деятельности, не препятствовала своим фаворитам оскорблять и унижать сына, сама крайне сурово выражалась о его способностях и не скрывала перед посторонними людьми своего пренебрежения к Павлу. Сын платил матери той же монетой. Краткие периоды дружелюбных отношений сменялись годами молчаливой, официальной холодности, взаимной подозрительности и недоверия.
Не стал близким для Екатерины и ее родившийся в 1762 году от Г. Г. Орлова сын Алексей, позже получивший фамилию Бобринский. Долгие годы он воспитывался в семье обер-гардеробмейстера императрицы Василия Шкурина (что не способствовало его развитию), а потом был отдан в Шляхетский сухопутный корпус. Он рос личностью ничтожной, влияние гениальной матери на нем никак не проявилось. Посланный учиться за границу, он предался там разгульной жизни, с трудом его вернули в родные пенаты, и фактически все царствование Екатерины он прожил под домашним арестом в своем имении.
После рождения у Павла Петровича и его супруги Марии Федоровны в 1777 году сына Александра Екатерина II отобрала Александра у родителей и стала воспитывать его сама. Так некогда поступила с Павлом императрица Елизавета Петровна. То же Екатерина проделала и со вторым внуком, Константином, родившимся в 1779 году. В те годы в Екатерине как будто пробудилось дремавшее до поры до времени материнское чувство, и она с необыкновенной горячностью и энергией взялась за воспитание внуков, окружив их трогательной любовью и заботой. Особенно восхищалась она Александром: «Я от него без ума и, если бы можно, всю жизнь держала бы подле себя этого мальчугана». Екатерина разработала специальную инструкцию воспитателям мальчиков, среди которых выделялся республиканец-швейцарец Ф.-Ц. Лагарп. Императрица намеревалась отстранить от наследования Павла и провозгласить своим преемником Александра. В письмах за границу она почти не скрывала этого. В сентябре 1793 году Екатерина поспешно женила шестнадцатилетнего внука на четырнадцатилетней принцессе Луизе Баденской (Елизавете Алексеевне). Ходили упорные слухи, что тогда она составила завещание в пользу внука, которое при вступлении Павла I на престол было тайно уничтожено.
В последние годы императрица во многом изменила политическим идеалам начала своего царствования. От прежней терпимости, либерализма, умения считаться с чужим мнением, юмора и самоиронии у Екатерины мало что осталось. Кровавая французская революция весьма ее напугала, она стала опасаться влияния масонов, над которыми ранее потешалась, начала преследовать их как заговорщиков. Она видела корни крамолы там, где раньше усматривала только благо, — в распространении западноевропейской литературы, европейского просвещения. Особую тревогу Екатерины вызывали события в соседней с Россией Польше, национальное движение в которой она воспринимала как якобинское, революционное. Прежде поощряемую ею издательскую деятельность просветителя Н. И. Новикова, драматические произведения Я. Б. Княжнина, выход в свет анонимной книги А. Н. Радищева Екатерина расценивала как посягательства на власть, как государственные преступления, как страшную угрозу безопасности монархического строя.
Особенно непривычно жестоко вела себя Екатерина в деле Радищева, сравнив его с Пугачевым. А ведь раньше многие мысли, высказанные автором в преступной, по мнению Екатерины, книге «Путешествие из Петербурга в Москву», были созвучны ее представлениям и идеям. Не без основания Радищев говорил, что раньше за эту книгу его бы похвалили, а не в Сибирь сослали.