Особое внимание митрополит Никодим уделял епархиям, расположенным вокруг Москвы, опасаясь, что при объявленном им соединении с католиками епископы могут не подчиниться, и потому на кафедры туда назначались самые преданные его чада.
Перед рукоположением во священство митрополит Никодим задавал вопрос ставленнику: «Обещаешь ли, что если я перейду в католичество, то и ты последуешь за мной?» И если кандидат отвечал: «нет», то его быстро затирали. Этот прием широко использовался никодимовцами и в последующее время, когда практически у каждого столичного ставленника перед рукоположением спрашивали о его отношении к экуменизму. И только в том случае, когда оно было положительным, — рукополагали.
Особенную поддержку Ротов получал в лице евреев и порочных меньшинств. Еврею обычно советовали сменить фамилию, и после этого рукополагали, а мужеложество среди клириков, по слову преп. Иосифа Волоцкого, всегда было одним из главных оснований всякой ереси.
Ротов стремился снабдить своих питомцев докторскими званиями. Теперь богословом считался только тот, кто имел соответствующее образование и ученую степень. Мнение простецов, хотя бы это были люди святой жизни, ни во что не ставилось. Такие приемы необходимы были Рогову для того, чтобы в случае возмущений со стороны простого народа богословская комиссия, состоящая из никодимовцев, могла защитить любую ересь, представив ее сначала одним из церковных мнений, а затем, при помощи «авторитетов», ее утвердить.
Перейдя на Ленинградскую кафедру, Ротов особое внимание уделил экуменизации Санкт-Петербургской Духовной академии, где он в скором времени учредил афро-азиатский факультет для чернокожих иноземцев из Уганды.
Выпускники академии направлялись на учебу в католические и протестантские богословские институты в Германии, Италии, Швейцарии. Ротов стремился привлечь в семинарии наукообразного идола западного «богословия». Для этого его последователями часто рассматривались вопросы, давно имеющие четкие определения в церковной канонической практике. Риторические же полемики вносили путаницу в каноническое право.
Апогеем стараний владыки Никодима в этом направлении стало противоканоническое решение Священного Синода РПЦ от 16 декабря 1969 года, позволявшее православным причащаться в католических храмах и признавшее, таким образом, действенность и благодатность Святых Тайн у еретиков. И хотя это скандальное «разрешение» было отменено в 1986 году, все же гнойная закваска «благодатности таинств еретиков» сохраняется в академическом богословии и по сей день.
Поклонники Ротова часто пытаются доказать, что он был искусным политиком, но отнюдь не предателем Православия; тем не менее, владыка Никодим не прилагал усилий, чтобы воспрепятствовать закрытию в своей епархии православных храмов. К середине 70-х годов в Ленинградской и Новгородской епархиях, которые митрополит Никодим упразднил в одну, оставалось всего около 40 храмов. Защитники Никодима любят ссылаться на то, что время тогда было сложное, однако живший в то же самое время архиепископ Гермоген (Голубев) не позволил властям закрыть ни единой церкви в своей Калужской епархии. Он открыто обличал еретиков-католиков и вступившего с ними в литургическое общение митрополита Никодима. За это архиепископ Гермоген был обманным путем отправлен на покой в Жировицкий монастырь.
Имея возможность часто бывать за границей, Ротов посещает Афон. Он едет туда не случайно, поскольку знает, что Афон, имеющий огромный авторитет в православном мире, может помешать его планам воссоединения с латинянами.
Ротов принимает решение населить Афонские обители постриженными и рукоположенными им монахами, выпускниками Санкт-Петербугской семинарии и академии, считающие католиков братьями, а не еретиками. Он рассчитывал на их поддержку в тот момент, когда будет осуществляться воссоединение. Но претворить свои коварные униатские планы Рогову так и не удалось.
Рассказывают, что где-то в 1965 году митрополит Никодим повстречался с блаженной старицей Пелагей Рязанской, которая ему прямо сказала: «Сдохнешь как собака у ног своего папы». Спустя 13 лет митрополит Никодим отправляется в Ватикан на аудиенцию к новому папе Иоанну Павлу I. Полный желаний поскорее приблизить заветное соединение, Ротов исполняет обязательный для всех обряд целования папской туфли. После непродолжительной беседы Ротову стало плохо, и он, склонившись на колени перед римским первосвященником, испускает дух. При этом папа-еретик прочитал молитву над умирающим, а затем, выступая перед кардиналами, Иоанн Павел I сказал: «Третьего дня скончался в моих объятиях митрополит православный Ленинграда. Какие прекрасные вещи он рассказывал мне о Православной Церкви...».