Эти же опасения тридцать два года спустя приобрели характер суеверия, широко распространившегося за пределы Ватикана по всему Риму. Установка балдахина работы Бернини потребовала прочного основания для четырех несущих колонн, и в июне 1626 года, когда Бернини начал раскопки в районе крипты, он практически сразу же наткнулся на человеческие останки. Взрыв суеверий был вызван тем, что вслед за этим произошло несколько смертей среди тех, кто участвовал в работах, причем люди умирали один за другим, а потом заболел папа Урбан VIII, и тогда римляне потребовали немедленного прекращения реконструкции. От папы ждали решения — принять которое было не так-то просто, — отказаться от постройки навеса или продолжить работы; Урбан, «сознавая, что намерения у него самые благие и что все совершаемые действия не имеют иной цели, кроме желания воздать честь и славу Господу», осмелился продолжить раскопки. Выяснилось, что под алтарем собора, вокруг могилы апостола, находятся несколько слоев захоронений, в которых нашли не только скелеты мучеников, но и останки, датируемые более ранними временами, с явными следами огня. К счастью, Р. Убальди, каноник собора Св. Петра, составил детальный отчет о строительных работах; он хранился в архивах Ватикана и оставался неизвестным широкой публике вплоть до 1891 года, когда его обнаружил профессор Армеллини. Убальди сообщает:
Были обнаружены две усыпальницы, и каждая из них содержит по два тела. Формы и контуры вполне различимы, а головы обращены к алтарю. Тела облачены в длинные одежды до пят, темные, почти черные от времени, и обмотаны пеленами, как младенцы; пелены покрывали и головы. Эти тела лежали бок о бок. Сами усыпальницы, стоило к ним прикоснуться, рассыпались в прах, и за исключением нескольких фрагментов одежды ничто не уцелело после прикосновения. Невозможно составить ясное или хотя бы приблизительное представление об именах похороненных или об их внешности, но традиция говорит определенно, что рядом с телом святого Петра хоронили первых патриархов и отцов нашей Церкви, чья кровь стала семенем, из которого произросла святая и великая республика…
По мере продолжения работ обнаруживали все новые останки, которые осторожно перекладывали в гробы из кипариса, едва заканчивался очередной этап раскопок, а потом ставили как можно ближе к тем местам, которые они занимали на протяжении минувших веков.
Убальди продолжает:
Стали копать там, где должно стоять второе основание, напротив первого, прямо перед исповедальней. Не более чем в трех или четырех футах в глубину нашли массивный гроб из мраморных плит, но поскольку он не сильно мешал закладке опоры, сочли необходимым лишь срезать его заднюю стенку. Когда стенку отрезали, все поразились, увидев внутри пепел и значительное количество костей, слипшихся вместе и обгоревших. Всем пришло на ум воспоминание о знаменитом пожаре времен Нерона, за три года до мученичества святого Петра, когда христиан ложно обвинили в поджоге и признали виновными в преступлении, а затем доставили в цирк при Садах Нерона, расположенный как раз на Ватиканском холме, и там подвергли мучениям.
Во время закладки четвертого основания, с евангельской стороны алтаря, нашли могилу с двумя телами.
Лица были вполне различимы, а просторные одеяния достигали ступней. На одном теле было рубище с открытыми плечами, а на другом можно было различить великолепную материю стихаря, проработанного на два пальца шириной от края узором из маленьких завитков. Нижние одежды также просторные, монашеского типа, темного, почти черного цвета. Все покрывал толстый слой пыли, за исключением волос, длинных, свободно свисающих, каштанового оттенка; они выглядели так, словно их недавно подстригли. Несколько костей нашли также в небольшом ящике в стороне. Многие высказывали предположение, что это тела первых пап, греков по национальности.
Когда составили план раскопок, стало ясно, что тела святых были уложены как спицы в колесе, указывая на центральное место, где располагался саркофаг святого Петра. «Эти тела окружали апостола Петра, будто живые на синоде или соборе», — писал Убальди.