На берегах реки стоят древние и молодые города - Можайск, Руза, Звенигород, Москва, Жуковский, Бронницы, Воскресенск, Коломна, живописно раскинулись дачи, санатории и дома отдыха.
На протяжении более чем 80 км река протекает в пределах города Москвы, делая три большие петли - Дорогомиловскую, Лужниковскую и Москворецкую и принимая более 40 маленьких речек и ручьев.
В древние времена бассейн Москвы-реки представлял собой край сплошных дремучих непроходимых лесов. И только речные пути да немногочисленные троны и дороги вдоль них давали возможность поддерживать связь между редкими населенными пунктами.
По мере возникновения городов и населенных пунктов на берегах Москвы-реки и особенно в связи с ростом могущества столицы государства значение Москвы-реки как одного из важных путей сообщения с каждым годом увеличивалось.
Через небольшие водоразделы суда и грузы перетаскивались по суше волоком на Дон, Днепр и на реки бассейна Балтийского моря. Это давало возможность столице Московского государства иметь постоянные торговые связи с многими отечественными и иностранными городами. На малых судах можно было добраться из Москвы до Астрахани за 20 дней, а на более крупных стругах за 40 - 42 дня. При этом деревянные струги, плававшие по Москве-реке, поднимали груз до 17 тыс. пудов.
Для того времени это был удобный и относительно быстрый вид транспорта. Таким образом, история Москвы-реки тесно связана с историей столицы. Река способствовала жизни и развитию города. «Она видела, как Москва была еще селом, стояла никем незнаема, как потом возвеличилась, сделалась городом, видела все ее несчастья и славу и, наконец, дождалась ее величия. Теперь эта бывшая деревенька «Кучко» сделалась величайшим и многолюдным городом Европы», - писал Лев Толстой в своем ученическом очерке «Кремль».
В эпоху Петра I была предпринята попытка соединить Москву-реку с Верхней Волгой и Волгу с Балтийским морем и Доном и тем самым объединить реки России в единую водную систему. При жизни Петра I из шести намеченных им водных систем удалось построить в 1719 г. лишь одну Вышневолоцкую систему, соединившую Волгу с Балтийским морем по маршруту Волга - Тверца - водораздел - Цна - Мета - озеро Ильмень - Волхов - Ладожское озеро - Нева.
Спустя сто лет, в 1825 г., началось строительство канала между реками Сестра и Истра для соединения Москвы-реки с Волгой. Строительство канала тянулось более 19 лет. Был прорыт соединительный канал, построены 33 шлюза, создано водохранилище, сохранившееся до наших дней под названием Сенежское озеро, но вскоре, когда открылось движение по Николаевской (ныне Октябрьская) железной дороге, канал забросили, и он пришел в негодность. Прекратилось пополнение Москвы-реки водами из других бассейнов.
Постепенное обмеление Москвы-реки началось с XIV в. и значительно усилилось в XVII - XVIII вв. Ученые объясняют это ростом на берегах рек городов и населенных пунктов, массовой вырубкой лесных массивов, распашкой земель, созданием луговых угодий и выпасов, что ухудшило условия питания рек и способствовало обмелению и засорению их русла.
Поэтому, несмотря на то что сообщение по Москве-реке приобретало все большее значение в экономической жизни столицы, судоходство по ней становилось все более затруднительным. По данным печати, в 50-х гг. прошлого века летом на участке от Москвы до Коломны река так мелела, что в иных местах глубина не превышала 7 вершков. Баржи часто застревали на перекатах, и, для того чтобы протащить их, судовладельцам приходилось нанимать от 200 до 250 рабочих и 40 - 50 лошадей. В отдельных случаях суда так крепко засасывало грунтом, что приходилось продавать их на месте на слом.
Но, несмотря на все трудности, судоходство по Москве-реке не прекращалось. Крупные баржи шли по Оке до Коломны, и здесь грузы перегружались в небольшие суда, которые с огромными препятствиями пробивались до Москвы.
Неоднократно предпринимались попытки улучшить судоходство по Москве-реке. В первой половине XIX в. были сооружены Бабьегородская и Краснохолмская плотины с шлюзами у последней. Однако для больших барж глубины на Москве-реке оставались недостаточными, и перевалку грузов у Коломны пришлось сохранить.
Позднее, в 1873 - 1877 гг., на участке Москвы-реки между Москвой и Коломной была сооружена так называемая Москворецкая шлюзовая система, включающая несколько гидроузлов с плотинами и деревянными шлюзами и рассчитанная на плавание по ней судов с осадкой до 70 см. Эта система несколько улучшила условия плавания и способствовала росту грузооборота по Москве-реке, но больших результатов все же не дала. Река оставалась мелководной и грязной от отходов фабрик и заводов. Попытки властей ограничить право московских заводчиков и фабрикантов сбрасывать в воду отходы производства ни к чему не привели.