Как бы особой пристройкой к собору являются церковь преподобного Никона и юго-западный притвор. Последний устроен на том самом месте, где, по преданию, совершилось явление Богоматери Сергию; совсем молодая, 1879 года, стенопись притвора очень недурна; в нем имеются три почтенные гробницы. Так же, как названный притвор, слита воедино с Троицкой и составляет с ним одно дружески-родственное целое — церковь преподобного Никона. Как прислонился Никон, ближайший ученик и преемник Сергия, к своему наставнику, так пристроилась к собору и его церковь, так что мощи ученика покоятся подле мощей учителя. При Никоне, как известно, выжжена была обитель Едигеем в 1408 году, но уже чрез три года воздвигнут новый храм Св. Троицы; при Никоне, в 1422 году, явлены мощи Сергиевы; при нем составлено жизнеописание Сергиево, еще оставшимся тогда в живых, учеником Сергия — Епифанием. Никонова церковь значительно меньше малого Троицкого собора; она тоже блистает золоченой головой, серебряной одеждой иконостаса и раки преподобного; любопытно сравнить характер стенописи наружных стен её 1840 года со стенописью внутренних 1635 года, трижды, впрочем, подновленной.
Когда-то у собора этого была паперть; в ней положены были перенесенные в 1606 году из Москвы тела царя Бориса, его супруги и сына, а затем подле них, в заключение жизни, исполненной глубочайшего трагизма, опущена в землю и дочь Борисова — Ксения. Паперть эта, за ветхостью, уничтожена, и усыпальница семьи Годуновых осталась сиротеть под открытым небом. Так и стоит она до сих пор, подле северо-западного угла храма, грустная, молчаливая; это безобразный кирпичный параллелепипед, безыскусственный до грубости и как бы в укор художественному творчеству, которое не сделало здесь для него ровно ничего, все-таки вызывающий на многие, очень веские мысли... Утверждают, будто на северных вратах собора был написан когда-то, по распоряжению самого Годунова, ангел страшного суда со скрижалями. Что видеть в этом? упрек, жалобу, угрозу или, наоборот, чувство страха? Очень хороши следующие слова об этой усыпальнице А. Муравьева, сводящие к нескольким строкам весь исключительный драматизм, воплотившийся в Годуновскую семью: <Временщик, цареубийца, царь, благодетель церкви и народа, гонитель всех близких к престолу, пораженный со всем родом призраком пораженного им отрока, дважды вырытый из могилы и трижды погребенный, как бы для страшной памяти одного убийства! Сколько ужаса под сводами сей малой палатки вместе с невинностью Феодора и Ксении и бедствиями их кроткой матери! Сколько собственной крови за кровь отрока! О, да примет ее ангел суда на свои страшные весы, да свесит с Дмитриевой и скажет раз решительно: довольно!» Чудесные слова полные глубокого смысла! А что, если в самом деле поверх всего этого может возникнуть мысль о невинности Бориса, какой удивительной силой наливаются тогда сразу и без того необыкновенно сильные контрасты, удачно подобранные Муравьевым? Примирительное настроение к памяти усопших, сказавшееся в словах Муравьева о Борисе, замечательно как общая народная черта наша.
Относительно усыпальницы Годуновых Снегирев вспоминает в своем рассказе самые характерные посмертные судьбы этой семьи. Гроб Годунова, в иноцех Боголепа, был вынут из его царской усыпальницы, выкинут в особо пробитое отверстие и опущен вторично в землю в убогом Варсонофьевском монастыре, вместе с гробами супруги и сына; в 1606 году гробы их с честью вынуты из этой земли и похоронены в трапезе Успенского собора, куда перевезено также по смерти Ксении тело её из Суздальского монастыря; трапеза эта, как сказано, разобрана, и с 1781 года гробница Годуновых обнажена, сиротна, задумчива. Снегирев приводит по поводу усыпальницы чрезвычайно любопытные характеристики царевича Феодора и царевны Ксении, сделанные современным им писателем. Царевич был «отроча зело чюдно, благолепием цветущи, яко цвет дивный на селе от Бога преукрашен, и яко крин в поле цветущ: очи имея велики черны, лицо же ему бело-млечной белостью блистаяся, возрастом средний, телом изобилен; научен бе ото отца своего книжнему почитанию, во ответех дивен и сладко речив вельми». Еще лучше брата была царевна: «отроковица чюдного домышления, зелной красотой лепа, очи имея черны велики, светлостью блистаяся, когда же в жалости слезы от очию испущаше, тогда наипаче светлостью зелной блисташе; брови союзна, телом изобильна, млечной белостью облиянна, возрастом не высока, ни низка, власы имея черны, аки трубы по плечам лежаху... гласы воспеваемые любяше и песни духовные любезве слышати любляше». Трудно сделать лучшее, более типичное описание в нескольких строках, двух светозарных, неповинных существ, черные очи которых закрылись так тяжело, так безвременно.